蛋白抗體設計
關注創建者：。_4485 創建時間：2023-04-28
蛋白抗體設計的實例教程
蛋白-蛋白對接基礎
目標：了解基于序列和基于結構的蛋白質復合物預測手段。
7 Translat和rotation mover
7.1 Low resolution的全局搜索
7.2 High resolution的精細調整
7.3 FoldTree
AM10:00~10:50
七. 抗體設計
目標：熟悉抗體模型預處理流程, 掌握RAbD常用命令
8 抗體結構文件的處理
8.1 PyIgClassify
8.2 抗體抗原對接模型
8.3 CDR區優化
8.4 Framework區優化
案例實踐：? SSD和MSD設計任務
AM11:00~12:00
PM14:00~14:50
八. CartisenDDG 突變掃描 九. RosettaScript應用
目標：熟悉RosettaScript開發流程，了解序列與結構設計原理，完成從頭蛋白質設計的操作練習。
展開 了解更多 請關注公眾號：第一性原理計算與應用
扣扣：745729222
抗體設計
目標：熟悉抗體模型預處理流程, 掌握rabd常用命令
8 抗體結構文件的處理
8.1 pyigclassify
8.2 抗體抗原對接模型
8.3 cdr區優化
8.4 framework區優化
案例實踐：? ssd和msd設計任務
八. cartisenddg 突變掃描 九. rosettascript應用
目標：熟悉rosettascript開發流程，了解序列與結構設計原理，完成從頭蛋白質設計的操作練習。
9 序列與結構設計
9.1 input和output flags控制輸入輸出
9.2 cleanatom結構預處理
9.3 rosettaclash.log和 rosettacommons
9.4 resfile等輔助文件
9.5 小改中改與大改
9.6 練習答疑
案例實踐：? fastdesign設計任務
了解更多 請關注公眾號：第一性原理計算與應用
vx：15010498280
qq：745729222
展開 Rosetta是一種生物物理建模工具，根據蛋白質的氨基酸序列有效預測蛋白質的結構，在此基礎上可以從頭設計各種類型的全新蛋白質。基于 Rosetta系列算法的蛋白設計在過去十年中在創新蛋白藥物、抗體、疫苗、新型合成生物學元件及納米藥物等生物大分子研究領域中被廣泛使用。
北鯤云超算平臺賦能蛋白設計助推生物制藥行業發展
隨著科技進步，生物制藥正在被視為改寫人類命運的關鍵。北鯤云超算平臺蛋白設計助推生物制藥行業發展，提供蛋白質結構設計時所需的龐大的計算和資源儲存資源，幫助生命科學與生物制藥的發展，讓蛋白設計為生物制藥發展加足馬力。
作為云計算平臺領域中的代表，北鯤云SaaS平臺在高性能計算領域中具備了強大的優勢。在蛋白設計中，從高效進行基于測序和藥物篩選，到對大量的蛋白質分子結構與基因序列數據進行匹配，北鯤云豐富的應用場景和高效的運行速度，為生物制藥的數據化與可視化提供最基礎算力。
同時北鯤云還針對當前生物制藥企業落后的計算機系統和計算能力，給出更經濟、靈活、針對性強的服務方案，使生物制藥企業在產品研發時擁有體系龐大的數據支撐與模型支持。
當前研究人員普遍認為蛋白質設計的核心初衷是加速生物制藥的發展，以謀求用更顯的藥品來解決疑難雜癥。而對給定的預期功能，能否設計出滿足該功能需求的蛋白，是蛋白質設計研究的另一關注點，在新型生物藥開發的實際應用層面具有重要意義。北鯤云單節點206CPU核心，NvidaV100,A100等加速卡支持，多種交互方式，支持超過300種經過編譯優化的可以軟件，使生物信息研究、生命科學探索、生物制藥發展、蛋白設計等場景的云計算功能都能輕松達成，對推動行業發展具有重要意義。
展開 
蛋白抗體設計的相關專題、標簽、搜索
蛋白抗體設計的最新內容
rosetta從頭蛋白抗體設計、結構優化及在藥物研發中的應用（篇二）
一. 從蛋白質折疊到蛋白質設計
目標：了解本方向內容、理論基礎、研究意義。
1 蛋白質折疊與結構預測簡介
1.1 主鏈二面角與二級結構
1.2 側鏈堆積與三級結構
2 蛋白質設計簡介
2.1 蛋白質設計的分類及應用
am10:00~10:50
二. rosetta基礎
三.
第一天
時間
內容
主要知識點
AM9:00~9:50
一. 從蛋白質折疊到蛋白質設計
目標：了解本方向內容、理論基礎、研究意義。
1 蛋白質折疊與結構預測簡介
1.1 主鏈二面角與二級結構
1.2 側鏈堆積與三級結構
2 蛋白質設計簡介
2.1 蛋白質設計的分類及應用
了解更多 請關注公眾號：第一性原理計算與應用
扣扣：745729222
2023·Biomedicine
生物醫藥專題
CADD、蛋白抗體設計
北鯤云超算平臺賦能蛋白設計助推生物制藥行業發展
隨著科技進步，生物制藥正在被視為改寫人類命運的關鍵。北鯤云超算平臺蛋白設計助推生物制藥行業發展，提供蛋白質結構設計時所需的龐大的計算和資源儲存資源，幫助生命科學與生物制藥的發展，讓蛋白設計為生物制藥發展加足馬力。
作為云計算平臺領域中的代表，北鯤云SaaS平臺在高性能計算領域中具備了強大的優勢。在蛋白設計中，從高效進行基于測序和藥物篩選，到對大量的蛋白質分子結構與基因序列數據進行匹配
