Rosetta從頭蛋白抗體設計、結構優化及在藥物研發中的應用

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2023年4月28日 14:08

第一天
時間	內容	主要知識點
AM9:00~9:50	一. 從蛋白質折疊到蛋白質設計目標：了解本方向內容、理論基礎、研究意義。	1 蛋白質折疊與結構預測簡介 1.1 主鏈二面角與二級結構 1.2 側鏈堆積與三級結構 2 蛋白質設計簡介 2.1 蛋白質設計的分類及應用
AM10:00~10:50	二. Rosetta基礎三. 蛋白質結構viewer 、Linux和Python基礎教學目標：能夠使用vim編輯器簡單編輯文件，能夠使用PyMOL或ChimeraX查看蛋白質結構。	3 Pose/mover/scorefunction 4 LINUX 入門命令 4.1 用戶屬組及權限目錄文件屬性4.2 LINUX基礎命令環境變量 4.3 shell常用命令練習 4.4 conda介紹
AM11:00~12:00
PM14:00~14:50	四．結構擾動與結構優化五．序列設計PackRotamer和FastDesign 目標：了解Rosetta封裝好的應用（以relax為例）和RosettaScript編寫應用（以pack/min/pack為例）。	5 Minmover, MC Mover, Fastrelax mover 5.1 Movemap 6 RosettaScript組成和要素 6.1 Filter ResidueSelector TaskOperation 6.2 DSSP/Disulfidize Mover
PM15:00~15:50
PM16:00~17:00
第二天
時間	內容	主要知識點
AM9:00~9:50	六. 蛋白-蛋白對接基礎目標：了解基于序列和基于結構的蛋白質復合物預測手段。	7 Translat和rotation mover 7.1 Low resolution的全局搜索 7.2 High resolution的精細調整 7.3 FoldTree
AM10:00~10:50	七. 抗體設計目標：熟悉抗體模型預處理流程, 掌握RAbD常用命令	8 抗體結構文件的處理 8.1 PyIgClassify 8.2 抗體抗原對接模型 8.3 CDR區優化 8.4 Framework區優化案例實踐：? SSD和MSD設計任務
AM11:00~12:00
PM14:00~14:50	八. CartisenDDG 突變掃描九. RosettaScript應用目標：熟悉RosettaScript開發流程，了解序列與結構設計原理，完成從頭蛋白質設計的操作練習。	9 序列與結構設計 9.1 Input和Output flags控制輸入輸出 9.2 CleanAtom結構預處理 9.3 ROSETTACLASH.LOG和 RosettaCommons 9.4 ResFile等輔助文件 9.5 小改中改與大改 9.6 練習答疑案例實踐：? FastDesign設計任務
PM15:00~15:50
AM16:00~17:00
PM15:00~15:50
PM16:00~17:00