【篇二】生物醫藥領域發文難？(CADD、ROSETTA、多組學）一區SCI墊腳石已備好！

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2023年5月11日 11:23

rosetta從頭蛋白抗體設計、結構優化及在藥物研發中的應用（篇二）
一. 從蛋白質折疊到蛋白質設計
目標：了解本方向內容、理論基礎、研究意義。
1 蛋白質折疊與結構預測簡介
1.1 主鏈二面角與二級結構
1.2 側鏈堆積與三級結構
2 蛋白質設計簡介
2.1 蛋白質設計的分類及應用
am10:00~10:50
二. rosetta基礎
三. 蛋白質結構viewer 、linux和python基礎教學
目標：能夠使用vim編輯器簡單編輯文件，能夠使用pymol或chimerax查看蛋白質結構。
3 pose/mover/scorefunction
4 linux 入門命令
4.1 用戶屬組及權限目錄文件屬性
4.2 linux基礎命令環境變量
4.3 shell常用命令練習
4.4 conda介紹
四．結構擾動與結構優化
五．序列設計packrotamer和fastdesign
目標：了解rosetta封裝好的應用（以relax為例）和rosettascript編寫應用（以pack/min/pack為例）。
5 minmover, mc mover, fastrelax mover
5.1 movemap
6 rosettascript組成和要素
6.1 filter residueselector taskoperation
6.2 dssp/disulfidize mover
第二天
六. 蛋白-蛋白對接基礎
目標：了解基于序列和基于結構的蛋白質復合物預測手段。
7 translat和rotation mover
7.1 low resolution的全局搜索
7.2 high resolution的精細調整
7.3 foldtree
七. 抗體設計
目標：熟悉抗體模型預處理流程, 掌握rabd常用命令
8 抗體結構文件的處理
8.1 pyigclassify
8.2 抗體抗原對接模型
8.3 cdr區優化
8.4 framework區優化
案例實踐：? ssd和msd設計任務
八. cartisenddg 突變掃描九. rosettascript應用
目標：熟悉rosettascript開發流程，了解序列與結構設計原理，完成從頭蛋白質設計的操作練習。
9 序列與結構設計
9.1 input和output flags控制輸入輸出
9.2 cleanatom結構預處理
9.3 rosettaclash.log和 rosettacommons
9.4 resfile等輔助文件
9.5 小改中改與大改
9.6 練習答疑

案例實踐：? fastdesign設計任務

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