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Spike蛋白及宿主蛋白ACE2的對接2.蛋白-多肽對接2.1蛋白-多肽相互作用簡介2.2蛋白-多肽分子預(yù)處理2.3蛋白-多肽分子對接2.4對接結(jié)果展示與分析實(shí)例講解與練習(xí)：新冠靶點(diǎn)3CL與多肽/類多肽抑制劑的對接3.含金屬離子的蛋白靶點(diǎn)與小分子對接3.1 金屬酶蛋白-配體的相互作用介紹3.2相關(guān)蛋白及配體分子的收集與預(yù)處理3.3金屬離子的處理與準(zhǔn)備3.4金屬輔酶蛋白-配體的對接

對蛋白結(jié)構(gòu)進(jìn)行加氫處理，并將處理后的結(jié)構(gòu)作為分子對接的初始模型，采用AutoDockTools 1.5.6進(jìn)行處理，保存蛋白原有電荷，并生成pdbqt文件用于對接。2.2 配體結(jié)構(gòu)準(zhǔn)備化合物結(jié)構(gòu)使用chemdraw繪制，采用MOPAC程序優(yōu)化分子結(jié)構(gòu)，計(jì)算PM3原子電荷，采用AutoDock Tools 1.5.6處理配體結(jié)構(gòu)，生成相應(yīng)的pdbqt文件用于后續(xù)對接。

其中vina.exe是用來做對接，vina_split.exe用來分割對接構(gòu)象結(jié)果。在運(yùn)算之前，從下載好的文件夾中復(fù)制這兩個(gè)程序至6NJS文件夾中。同時(shí)將保存的蛋白及原配體的.PDB文件也放置在該文件夾中，其中6njs.pdb為蛋白文件，KQV701.pdb為原配體文件。

針對前三天學(xué)習(xí)問題的答疑第四天上午 拓展對接使用場景（上） 1.蛋白-蛋白大分子對接1.1蛋白-蛋白對接的應(yīng)用場景1.2相關(guān)程序的介紹1.3 受體和配體蛋白前期優(yōu)化準(zhǔn)備1.4 載入受體和配體分子1.5蛋白蛋白相互作用對接位點(diǎn)設(shè)定1.6蛋白蛋白對接結(jié)果分析與解讀實(shí)例講解與練習(xí)：新冠病毒spike蛋白及宿主蛋白ace2的對接2.蛋白-多肽對接2.1蛋白-

針對前三天學(xué)習(xí)問題的答疑第四天上午 拓展對接使用場景（上） 1.蛋白-蛋白大分子對接1.1蛋白-蛋白對接的應(yīng)用場景1.2相關(guān)程序的介紹1.3 受體和配體蛋白前期優(yōu)化準(zhǔn)備1.4 載入受體和配體分子1.5蛋白蛋白相互作用對接位點(diǎn)設(shè)定1.6蛋白蛋白對接結(jié)果分析與解讀實(shí)例講解與練習(xí)：新冠病毒spike蛋白及宿主蛋白ace2的對接2.蛋白-多肽對接2.1蛋白-多肽相互作用簡介

因此收集靶點(diǎn)蛋白質(zhì)和受體親和力數(shù)據(jù)，評(píng)估 PDB 結(jié)構(gòu)中配體的生物相關(guān)性對藥物虛擬篩選、分子對接、蛋白質(zhì)功能注釋及相關(guān)軟件設(shè)計(jì)具有重要意義。 具體步驟： 1. 蛋白和小分子的準(zhǔn)備 如下列途徑： 2.

3-5-蛋白質(zhì)制備α折疊 3-6-PDB結(jié)構(gòu)的6-蛋白制備選擇 3-7-蛋白質(zhì)制劑缺失殘留問題 3-8-蛋白質(zhì)制備結(jié)構(gòu)驗(yàn)證 4-1-分子對接算法 4-2-分子對接類型 4-3-分子對接模式 4-4-分子對接軟件 4-5-分子對接自動(dòng)對接VINA高分子制劑 4-6-分子對接自動(dòng)對接VINA配體制備

1.6 蛋白蛋白對接結(jié)果分析與解讀 實(shí)例講解與練習(xí)：新冠病毒Spike蛋白及宿主蛋白ACE2的對接 2、蛋白-多肽對接 2.1 蛋白-多肽相互作用簡介 2.2 蛋白-多肽分子預(yù)處理 2.3 蛋白-多肽分子對接 2.4 對接結(jié)果展示與分析

然后通過手動(dòng)或者對接的方式將蛋白和小分子組合。這樣就可以初步得到蛋白-配體復(fù)合物的構(gòu)象。如下圖： 之前的模擬介紹過如何生成蛋白質(zhì)的力場。如果此時(shí)使用gmx pdb2gmx -f AA.pdb -o AA.gro命令來建立力場時(shí)，會(huì)發(fā)現(xiàn)gromacs無法識(shí)別小分子并產(chǎn)生相關(guān)的力場。

蛋白-蛋白對接基礎(chǔ)目標(biāo)：了解基于序列和基于結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)復(fù)合物預(yù)測手段。 7 Translat和rotation mover7.1 Low resolution的全局搜索7.2 High resolution的精細(xì)調(diào)整7.3 FoldTree AM10:00~10:50 七.

由此表明，來源于不同天然I型cis-AT PKS的對接域同樣能夠用于mPKSeal策略。圖 5. 不同天然I型cis-AT PKS的mPKSeal策略研究由不同分類的對接域形成的mPKSeal策略研究。在前期研究中，基于蛋白-蛋白共進(jìn)化的生物系統(tǒng)聚類分析，研究人員將不同PKS來源的對接域進(jìn)一步劃分為不同類別：H1a–T1a, H1b–T1b，H2–T2等。

蛋白-蛋白對接基礎(chǔ)目標(biāo)：了解基于序列和基于結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)復(fù)合物預(yù)測手段。 7 translat和rotation mover7.1 low resolution的全局搜索7.2 high resolution的精細(xì)調(diào)整7.3 foldtree七.

蛋白質(zhì)及配體結(jié)構(gòu)獲取在本教程中，我們將使用T4溶菌酶L99A/M102Q(PDB ID：3HTB)為例，從PDB蛋白數(shù)據(jù)庫 (RCSB PDB)下載其晶體結(jié)構(gòu)，去掉晶體水，PO4和 BME。 蛋白及配體力場獲取只有在力場的.rtp文件中存在構(gòu)建塊的條目時(shí)，拓?fù)洳拍茏詣?dòng)組裝。

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多場主題活動(dòng)將囊括熱門彩繪款、漫畫美睫、角蛋白翹睫術(shù)以及黑科技延長甲技術(shù)教學(xué)和“抖音爆滿拓客系統(tǒng)、門店新流量”分享等，讓與會(huì)者能夠深入了解行業(yè)前沿技術(shù)，拓寬視野，提升技能。對于想要探索快時(shí)尚賽道新入口的業(yè)內(nèi)人士和消費(fèi)者來說，9月的廣州秋季美博會(huì)無疑是一個(gè)不容錯(cuò)過的機(jī)會(huì)。

場景1—— 構(gòu)建HPC&AI環(huán)境、徹底解決算力不足問題 場景2 —— 利用云計(jì)算進(jìn)行大規(guī)模模擬 如：調(diào)度云上數(shù)百卡資源2小時(shí)完成數(shù)千蛋白結(jié)構(gòu)分析、對數(shù)百億虛擬化合物進(jìn)行2D/3D相似性檢索、對數(shù)億至十億規(guī)模化合物進(jìn)行虛擬對接、并行進(jìn)行數(shù)十至數(shù)百FEP計(jì)算 。

多場主題活動(dòng)將囊括熱門彩繪款、漫畫美睫、角蛋白翹睫術(shù)以及黑科技延長甲技術(shù)教學(xué)和“抖音爆滿拓客系統(tǒng)、門店新流量”分享等，讓與會(huì)者能夠深入了解行業(yè)前沿技術(shù)，拓寬視野，提升技能。對于想要探索快時(shí)尚賽道新入口的業(yè)內(nèi)人士和消費(fèi)者來說，9月的廣州秋季美博會(huì)無疑是一個(gè)不容錯(cuò)過的機(jī)會(huì)。

北鯤云CEO 馮建新 ：AI制藥計(jì)算的場景非常多，比如從蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測，到篩選對接，到分子動(dòng)力，到晶型預(yù)測等，每個(gè)場景又涉及到不同的計(jì)算環(huán)節(jié)，每個(gè)環(huán)節(jié)用到的軟件，硬件，數(shù)據(jù)源也有非常多的選擇，所以就導(dǎo)致對底層的需求變化非常大，計(jì)算復(fù)雜度和不確定性都比較高。

共享300,000平米展示面積 、3,000+參展企業(yè)、200,000+海內(nèi)外專業(yè)觀眾 展品范圍 營養(yǎng)保健品：功能性食品、膳食補(bǔ)充劑、運(yùn)動(dòng)營養(yǎng)品、養(yǎng)生滋補(bǔ)品、孕嬰童產(chǎn)品、維生素、蛋白粉、魚油類產(chǎn)品、葡萄籽膠囊、螺旋藻、保健酒、保健茶、委托生產(chǎn)、貼牌加工等。