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蛋白抗體

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創建者：。_4485 創建時間：2023-05-11
蛋白抗體圖1

蛋白抗體的實例教程

蛋白-蛋白對接基礎 目標：了解基于序列和基于結構的蛋白質復合物預測手段。 7 Translat和rotation mover 7.1 Low resolution的全局搜索 7.2 High resolution的精細調整 7.3 FoldTree AM10:00~10:50 七. 抗體設計 目標：熟悉抗體模型預處理流程, 掌握RAbD常用命令 8 抗體結構文件的處理 8.1 PyIgClassify 8.2 抗體抗原對接模型 8.3 CDR區優化 8.4 Framework區優化 案例實踐：? SSD和MSD設計任務 AM11:00~12:00 PM14:00~14:50 八. CartisenDDG 突變掃描 九. RosettaScript應用 目標：熟悉RosettaScript開發流程，了解序列與結構設計原理，完成從頭蛋白質設計的操作練習。
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了解更多 請關注公眾號：第一性原理計算與應用 扣扣：745729222
rosetta從頭蛋白抗體設計、結構優化及在藥物研發中的應用（篇二） 一. 從蛋白質折疊到蛋白質設計 目標：了解本方向內容、理論基礎、研究意義。 1 蛋白質折疊與結構預測簡介 1.1 主鏈二面角與二級結構 1.2 側鏈堆積與三級結構 2 蛋白質設計簡介 2.1 蛋白質設計的分類及應用 am10:00~10:50 二. rosetta基礎 三. 蛋白質結構viewer 、linux和python基礎教學 目標：能夠使用vim編輯器簡單編輯文件，能夠使用pymol或chimerax查看蛋白質結構。 3 pose/mover/scorefunction 4 linux 入門命令 4.1 用戶屬組及權限 目錄文件屬性 4.2 linux基礎命令 環境變量 4.3 shell常用命令練習 4.4 conda介紹 四．結構擾動與結構優化 五．序列設計packrotamer和fastdesign 目標：了解rosetta封裝好的應用（以relax為例）和rosettascript編寫應用（以pack/min/pack為例）。 5 minmover, mc mover, fastrelax mover 5.1 movemap 6 rosettascript組成和要素 6.1 filter residueselector taskoperation 6.2 dssp/disulfidize mover 第二天 六. 蛋白-蛋白對接基礎 目標：了解基于序列和基于結構的蛋白質復合物預測手段。 7 translat和rotation mover 7.1 low resolution的全局搜索 7.2 high resolution的精細調整 7.3 foldtree 七.
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基于 Rosetta系列算法的蛋白設計在過去十年中在創新蛋白藥物、抗體、疫苗、新型合成生物學元件及納米藥物等生物大分子研究領域中被廣泛使用。
此外，HyPore 平臺能夠實現功能蛋白的胞質遞送，包括組蛋白結合納米抗體以及酶顆粒酶 A 和 Cre 重組酶。最后，與電穿孔相比，HyPore 介導的 MRI 造影劑釓布醇在原代人類 T 細胞中的傳遞顯著提高了它們的 T1 加權 MRI 信號強度。總之，HyPore 被提議作為一種簡單、高度通用且經濟高效的技術，用于原代細胞和細胞系的高通量離體操作。 相關論文以題為 Hydrogel-Induced Cell Membrane Disruptions Enable Direct Cytosolic Delivery of Membrane-Impermeable Cargo 發表在《 Advanced Materials 》上 。 【主圖導讀】 圖1 用于鑒定具有細胞溶質大分子遞送能力的聚陽離子材料的實驗程序和定量分析的示意圖。 圖2 葡聚糖納米凝膠有效地在 HeLa 細胞中傳遞大分子。 圖3 葡聚糖納米凝膠的甲基丙烯酸酯取代度對 HeLa 細胞中大分子傳遞的影響。 圖4 葡聚糖納米凝膠陽離子電荷對 HeLa 細胞中大分子傳遞的影響。 圖5 在 HeLa 細胞中納米凝膠介導的大分子傳遞需要交聯的水凝膠網絡。 圖6 葡聚糖納米凝膠可以有效地在 HeLa 細胞中輸送高達40 kDa 的 FITC 葡聚糖。
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蛋白抗體圖2

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第一天 時間 內容 主要知識點 AM9:00~9:50 一. 從蛋白質折疊到蛋白質設計 目標：了解本方向內容、理論基礎、研究意義。 1 蛋白質折疊與結構預測簡介 1.1 主鏈二面角與二級結構 1.2 側鏈堆積與三級結構 2 蛋白質設計簡介 2.1 蛋白質設計的分類及應用
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基于 Rosetta系列算法的蛋白設計在過去十年中在創新蛋白藥物、抗體、疫苗、新型合成生物學元件及納米藥物等生物大分子研究領域中被廣泛使用。
此外，HyPore 平臺能夠實現功能蛋白的胞質遞送，包括組蛋白結合納米抗體以及酶顆粒酶 A 和 Cre 重組酶。最后，與電穿孔相比，HyPore 介導的 MRI 造影劑釓布醇在原代人類 T 細胞中的傳遞顯著提高了它們的 T1 加權 MRI 信號強度。總之，HyPore 被提議作為一種簡單、高度通用且經濟高效的技術，用于原代細胞和細胞系的高通量離體操作。