蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)
關(guān)注創(chuàng)建者：。_4485 創(chuàng)建時(shí)間：2023-04-19
蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)的視頻教程
creo/proe機(jī)械設(shè)計(jì)產(chǎn)品結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì)曲面造型設(shè)計(jì)從入門到精通設(shè)計(jì)視頻教程
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WBBGA基板設(shè)計(jì)：最新芯片基板設(shè)計(jì)與封裝Wire Bond設(shè)計(jì)規(guī)范，項(xiàng)目評(píng)估、項(xiàng)目設(shè)計(jì)、項(xiàng)目后處理
1、本教程是基于目前Cadence公司推出的最新APD+17.4軟件下錄制的視頻，視頻內(nèi)容主要分為：最新的基板設(shè)計(jì)規(guī)范講解、最新封裝Wire Bond設(shè)計(jì)規(guī)范講解、項(xiàng)目評(píng)估、項(xiàng)目設(shè)計(jì)、項(xiàng)目后處理五大模塊，筆者結(jié)合多年的項(xiàng)目設(shè)計(jì)經(jīng)驗(yàn)，以實(shí)際項(xiàng)目精心總結(jié)并錄制了24節(jié)視頻課程，每一節(jié)課程至少40分鐘以上，其中包含了設(shè)計(jì)原理以及原因、設(shè)計(jì)注意事項(xiàng)等寶貴內(nèi)容，甚至精確到每一個(gè)金手指位置、每一個(gè)過(guò)孔擺放等都會(huì)說(shuō)明原因以及收益
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Starccm儲(chǔ)能風(fēng)冷/液冷系統(tǒng)熱管理設(shè)計(jì)策略與仿真-十二大專題電池儲(chǔ)能熱管理設(shè)計(jì)仿真入門進(jìn)階45講
課程針對(duì)工程應(yīng)用，采用的風(fēng)冷電池簇，液冷電池簇作為課程仿真演示對(duì)象，對(duì)風(fēng)冷單個(gè)電池包和液冷單個(gè)電池包模型簡(jiǎn)化方法、網(wǎng)格劃分、仿真模型建立、工況計(jì)算依據(jù)、工況評(píng)價(jià)標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行詳細(xì)的講解，另外一個(gè)模塊是儲(chǔ)能熱管理設(shè)計(jì)和關(guān)鍵零部件選項(xiàng)設(shè)計(jì)。
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蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)的實(shí)例教程
富有想象力的化學(xué)家現(xiàn)在已經(jīng)開始發(fā)現(xiàn)，當(dāng)一個(gè)蛋白質(zhì)被提供給非天然反應(yīng)物、外部刺激或其他生物成分時(shí)，可以支持其他混雜的活性。除了上面討論的血蛋白催化的碳化物和亞硝酸鹽轉(zhuǎn)移外，還有兩個(gè)明顯的例子說(shuō)明了這種創(chuàng)造性的工作（圖2）。
圖2：具有新于自然的反應(yīng)模式的生物反應(yīng)的輔助因子適應(yīng)性的代表例子。（圖片來(lái)源：nature synthesis）
通過(guò)定向進(jìn)化，進(jìn)一步改善酶的參數(shù)和性能，以及底物范圍是可能的。酶固有的機(jī)制多樣性與蛋白質(zhì)工程相結(jié)合，為發(fā)現(xiàn)新的生物催化劑提供了巨大的潛力。
一些關(guān)于新于自然的生物催化轉(zhuǎn)化的報(bào)告突出了自然界、合成化學(xué)和蛋白質(zhì)工程之間的這種合作努力的潛力，以克服長(zhǎng)期的合成挑戰(zhàn)（圖3）。
圖3：New-to-nature的酶催化作用的部分例子。（圖片來(lái)源：nature synthesis）
4. 蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)：促進(jìn)生物催化發(fā)展的另一面
與上面討論的化學(xué)方面的進(jìn)展一道，蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)能力方面的進(jìn)展也促進(jìn)了新的生物化學(xué)的發(fā)現(xiàn)。計(jì)算模型是實(shí)現(xiàn)這一目標(biāo)的有用工具，以設(shè)計(jì)新的酶為目標(biāo)的蛋白質(zhì)模型在過(guò)去20年中受到了極大的關(guān)注。2008年，R?thlisberger等人通過(guò)計(jì)算設(shè)計(jì)了一種催化非生物坎普消解的酶，并且改進(jìn)了最低性能設(shè)計(jì)以表現(xiàn)出改進(jìn)的活性。自該報(bào)告以來(lái)，其他的酶也被計(jì)算設(shè)計(jì)用于自然界中代表性有限的反應(yīng)，包括Diels-Alderases和Morita-Bayliss-Hillmanases。
由于研究人員對(duì)問題的理解有限，所以從頭設(shè)計(jì)的酶的初始活性往往很低，但定向進(jìn)化可以挽救不良的設(shè)計(jì)，以實(shí)現(xiàn)更接近天然酶的速率和選擇性。
計(jì)算設(shè)計(jì)還可以指導(dǎo)對(duì)已知酶功能的擴(kuò)展。
展開 從蛋白質(zhì)折疊到蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)
目標(biāo)：了解本方向內(nèi)容、理論基礎(chǔ)、研究意義。
1 蛋白質(zhì)折疊與結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)簡(jiǎn)介
1.1 主鏈二面角與二級(jí)結(jié)構(gòu)
1.2 側(cè)鏈堆積與三級(jí)結(jié)構(gòu)
2 蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)簡(jiǎn)介
2.1 蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)的分類及應(yīng)用
AM10:00~10:50
二. Rosetta基礎(chǔ)
三. 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)viewer 、Linux和Python基礎(chǔ)教學(xué)目標(biāo)：能夠使用vim編輯器簡(jiǎn)單編輯文件，能夠使用PyMOL或ChimeraX查看蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)。
3 Pose/mover/scorefunction
4 LINUX 入門命令
4.1 用戶屬組及權(quán)限 目錄文件屬性4.2 LINUX基礎(chǔ)命令 環(huán)境變量
4.3 shell常用命令練習(xí)
4.4 conda介紹
AM11:00~12:00
PM14:00~14:50
四． 結(jié)構(gòu)擾動(dòng)與結(jié)構(gòu)優(yōu)化
五．序列設(shè)計(jì)PackRotamer和FastDesign
目標(biāo)：了解Rosetta封裝好的應(yīng)用（以relax為例）和RosettaScript編寫應(yīng)用（以pack/min/pack為例）。
展開 北鯤云超算平臺(tái)賦能蛋白設(shè)計(jì)助推生物制藥行業(yè)發(fā)展
隨著科技進(jìn)步，生物制藥正在被視為改寫人類命運(yùn)的關(guān)鍵。北鯤云超算平臺(tái)蛋白設(shè)計(jì)助推生物制藥行業(yè)發(fā)展，提供蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì)時(shí)所需的龐大的計(jì)算和資源儲(chǔ)存資源，幫助生命科學(xué)與生物制藥的發(fā)展，讓蛋白設(shè)計(jì)為生物制藥發(fā)展加足馬力。
作為云計(jì)算平臺(tái)領(lǐng)域中的代表，北鯤云SaaS平臺(tái)在高性能計(jì)算領(lǐng)域中具備了強(qiáng)大的優(yōu)勢(shì)。在蛋白設(shè)計(jì)中，從高效進(jìn)行基于測(cè)序和藥物篩選，到對(duì)大量的蛋白質(zhì)分子結(jié)構(gòu)與基因序列數(shù)據(jù)進(jìn)行匹配，北鯤云豐富的應(yīng)用場(chǎng)景和高效的運(yùn)行速度，為生物制藥的數(shù)據(jù)化與可視化提供最基礎(chǔ)算力。
同時(shí)北鯤云還針對(duì)當(dāng)前生物制藥企業(yè)落后的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)和計(jì)算能力，給出更經(jīng)濟(jì)、靈活、針對(duì)性強(qiáng)的服務(wù)方案，使生物制藥企業(yè)在產(chǎn)品研發(fā)時(shí)擁有體系龐大的數(shù)據(jù)支撐與模型支持。
當(dāng)前研究人員普遍認(rèn)為蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)的核心初衷是加速生物制藥的發(fā)展，以謀求用更顯的藥品來(lái)解決疑難雜癥。而對(duì)給定的預(yù)期功能，能否設(shè)計(jì)出滿足該功能需求的蛋白，是蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)研究的另一關(guān)注點(diǎn)，在新型生物藥開發(fā)的實(shí)際應(yīng)用層面具有重要意義。北鯤云單節(jié)點(diǎn)206CPU核心，NvidaV100,A100等加速卡支持，多種交互方式，支持超過(guò)300種經(jīng)過(guò)編譯優(yōu)化的可以軟件，使生物信息研究、生命科學(xué)探索、生物制藥發(fā)展、蛋白設(shè)計(jì)等場(chǎng)景的云計(jì)算功能都能輕松達(dá)成，對(duì)推動(dòng)行業(yè)發(fā)展具有重要意義。
展開 天然蛋白質(zhì)基材料的分子設(shè)計(jì)
作者在此部分重點(diǎn)描述了基于蛋白質(zhì)的材料的基本分子設(shè)計(jì)，重點(diǎn)是序列/結(jié)構(gòu)特性關(guān)系以及常見的生化和結(jié)構(gòu)特征，所介紹的材料是根據(jù)它們的結(jié)構(gòu)功能進(jìn)行組織的，并說(shuō)明了基于蛋白質(zhì)的材料利用多肽處理的整個(gè)二級(jí)結(jié)構(gòu)譜。
作者介紹的四種主要的蛋白質(zhì)材料，分別是纖維材料（圖4）、具有高可逆變形能力的生物彈性體（圖5）、硬體材料（圖6）和生物粘合劑（圖7）。在每節(jié)作者將重點(diǎn)放在一級(jí)和二級(jí)結(jié)構(gòu)水平的設(shè)計(jì)上，并討論它們與力學(xué)響應(yīng)的相互作用。
圖4 纖維蛋白材料
圖5 生物彈性蛋白材料
圖6主要由蛋白質(zhì)制成的堅(jiān)硬散裝材料
圖7 生物粘附蛋白
3. 蛋白質(zhì)基材料的生物工程
在此部分，作者綜述了蛋白質(zhì)基材料的生物工程制造，比較了用于生物制造的不同類型的活體宿主，包括它們各自的主要優(yōu)點(diǎn)/缺點(diǎn)和當(dāng)前的局限性。同時(shí)也描述了純化方法，因?yàn)樵谠S多情況下它仍然是蛋白質(zhì)基材料放大的瓶頸。
氣溶膠、靜電紡絲、浸沒、微流體、光刻等各種制造方法已被用于制造長(zhǎng)度尺度從納米到毫米的材料，包括具有潛在醫(yī)療和工業(yè)應(yīng)用的納米球、無(wú)紡納米纖維、復(fù)合材料、薄膜、纖維、粘合劑、水凝膠和氣凝膠（圖8）。
圖8 生物技術(shù)生產(chǎn)的蜘蛛絲蛋白的多種材料應(yīng)用
由于從貽貝中提取天然貽貝足蛋白的純化程序復(fù)雜且成本高，因此開發(fā)了各種重組生產(chǎn)貽貝足蛋白（rMFP）的方法。
展開 rosetta從頭蛋白抗體設(shè)計(jì)、結(jié)構(gòu)優(yōu)化及在藥物研發(fā)中的應(yīng)用（篇二）
一. 從蛋白質(zhì)折疊到蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)
目標(biāo)：了解本方向內(nèi)容、理論基礎(chǔ)、研究意義。
1 蛋白質(zhì)折疊與結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)簡(jiǎn)介
1.1 主鏈二面角與二級(jí)結(jié)構(gòu)
1.2 側(cè)鏈堆積與三級(jí)結(jié)構(gòu)
2 蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)簡(jiǎn)介
2.1 蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)的分類及應(yīng)用
am10:00~10:50
二. rosetta基礎(chǔ)
三. 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)viewer 、linux和python基礎(chǔ)教學(xué)
目標(biāo)：能夠使用vim編輯器簡(jiǎn)單編輯文件，能夠使用pymol或chimerax查看蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)。
3 pose/mover/scorefunction
4 linux 入門命令
4.1 用戶屬組及權(quán)限 目錄文件屬性
4.2 linux基礎(chǔ)命令 環(huán)境變量
4.3 shell常用命令練習(xí)
4.4 conda介紹
四．結(jié)構(gòu)擾動(dòng)與結(jié)構(gòu)優(yōu)化
五．序列設(shè)計(jì)packrotamer和fastdesign
目標(biāo)：了解rosetta封裝好的應(yīng)用（以relax為例）和rosettascript編寫應(yīng)用（以pack/min/pack為例）。
5 minmover, mc mover, fastrelax mover
5.1 movemap
6 rosettascript組成和要素
6.1 filter residueselector taskoperation
6.2 dssp/disulfidize mover
第二天
六. 蛋白-蛋白對(duì)接基礎(chǔ)
目標(biāo)：了解基于序列和基于結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)復(fù)合物預(yù)測(cè)手段。
7 translat和rotation mover
7.1 low resolution的全局搜索
7.2 high resolution的精細(xì)調(diào)整
7.3 foldtree
七.
展開 
蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)的相關(guān)專題、標(biāo)簽、搜索
蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)蛋白質(zhì)從頭設(shè)計(jì)蛋白質(zhì)靶向蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)組學(xué)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè) 優(yōu)化設(shè)計(jì)EDA設(shè)計(jì)工業(yè)設(shè)計(jì)機(jī)械設(shè)計(jì) 蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)模擬amber中對(duì)蛋白質(zhì)n端乙酰化的命令沖壓工業(yè)設(shè)計(jì)機(jī)械設(shè)計(jì)沖壓工業(yè)設(shè)計(jì)機(jī)械設(shè)計(jì)優(yōu)化設(shè)計(jì)機(jī)械設(shè)計(jì)機(jī)械綜合adams優(yōu)化設(shè)計(jì)機(jī)械設(shè)計(jì)熱設(shè)計(jì)熱仿真熱設(shè)計(jì)熱仿真熱設(shè)計(jì)熱設(shè)計(jì)熱仿真熱設(shè)計(jì)熱
蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)的最新內(nèi)容
本文原刊登于Ansys.com：《Boost Your Ansys Workflow: 5 Tips for Faster, More Accurate Structural Checks》
編輯整理：邱成宇 | Ansys 高級(jí)應(yīng)用工程師
在結(jié)構(gòu)工程中，精度和效率是必須滿足的目標(biāo)。由于項(xiàng)目變得越來(lái)越復(fù)雜，能夠在確保符合行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)的同時(shí)簡(jiǎn)化工作流程，對(duì)于取得成功的結(jié)果非常關(guān)鍵。
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仿真、模擬、有限元分析、多物理場(chǎng)……這些術(shù)語(yǔ)是不是早已成為每位仿真人的“日常”？大家是否知曉其背后的技術(shù)原理和演進(jìn)趨勢(shì)，正深刻地改變著世界？Ansys全新推出【Simulation Topics】系列專題，邀您一起探索仿真世界。本專題將以 “一期一會(huì)” 的形式，攜手各領(lǐng)域?qū)＜遥瑖@Ansys全產(chǎn)品線的技術(shù)優(yōu)勢(shì)，帶您深入解析流體、結(jié)構(gòu)、電子設(shè)計(jì)及電磁仿真、光學(xué)、光子學(xué)、半導(dǎo)體、自動(dòng)駕駛
<p class="ql-align-center"><span style="color: rgb(25, 25, 25);"><img src="https://img.jishulink.com/202604/imgs/b357784b0fb54e54b228b4e8a6a37475?image_process=/format,webp/quality,q_40" alt="跟大咖學(xué)設(shè)計(jì) ·
隨著城鎮(zhèn)化進(jìn)程加速和“雙碳”目標(biāo)推進(jìn)，綠色建筑與宜居環(huán)境成為城市發(fā)展的核心議題。“十四五”規(guī)劃明確提出“提升城市建設(shè)智慧化水平，發(fā)展智能建造”，對(duì)建筑能效與環(huán)境適應(yīng)性提出了要求。[1]在這一背景下，建筑風(fēng)環(huán)境仿真技術(shù)正成為優(yōu)化人居環(huán)境、保障建筑安全的關(guān)鍵支撐。CAE風(fēng)環(huán)境仿真技術(shù)，通過(guò)高精度數(shù)值模擬還原真實(shí)風(fēng)場(chǎng)與建筑的相互作用，為建筑可持續(xù)設(shè)計(jì)提供科學(xué)決策依據(jù)。
1. 簡(jiǎn)介
此前，OpticStudio 為一維光柵仿真提供了一維 RCWA 插件。本文介紹了一種類似但功能強(qiáng)大得多的工作流程，該流程基于 Zemax OpticStudio 與 Lumerical RCWA 之間的動(dòng)態(tài)鏈接。
在這一工作流程中，設(shè)計(jì)人員在 Zemax OpticStudio 中構(gòu)建宏觀光學(xué)系統(tǒng)，并在 Lumerical 中構(gòu)建光柵的微結(jié)構(gòu)。兩款軟件中的仿真可無(wú)縫連接
原始文獻(xiàn)：《Mechanical modelling of indentation-induced densification in amorphous silica》
該文章為了模擬非晶態(tài)二氧化硅的壓縮力學(xué)性能，把拉伸與壓縮分開處理：拉伸側(cè)采用熟悉的 von Mises 屈服，壓縮側(cè)則切換到 cap 屈服面。這樣的設(shè)計(jì)，正好對(duì)應(yīng)了非晶二氧化硅在壓痕加載下“既會(huì)發(fā)生剪切塑性，又會(huì)發(fā)生永久致密化
<p class="ql-align-center"><img src="https://img.jishulink.com/202604/imgs/b357784b0fb54e54b228b4e8a6a37475?image_process=/format,webp/quality,q_40" alt="跟大咖學(xué)設(shè)計(jì) · 第24期 | 小噸位季軍-大象隊(duì)作品詳解的圖1"></p><p class=
?13通道高壓電平轉(zhuǎn)換器?是一種專門用于將低電壓邏輯信號(hào)轉(zhuǎn)換為多路高電壓輸出信號(hào)的集成電路，廣泛應(yīng)用于TFT-LCD面板驅(qū)動(dòng)等場(chǎng)景。其核心功能是實(shí)現(xiàn)?多通道、高電壓、高驅(qū)動(dòng)能力?的電平轉(zhuǎn)換。
工作原理：
輸入信號(hào)檢測(cè)：芯片接收來(lái)自定時(shí)控制器（TCON）的低電壓邏輯信號(hào)（通常為2.6V~5.5V），識(shí)別每個(gè)通道的輸入電平狀態(tài)（高或低）?。
內(nèi)部邏輯判斷與控制：根據(jù)輸入信號(hào)和時(shí)序要求（如YDIO
在工業(yè)精密控制領(lǐng)域，氣體質(zhì)量流量控制器（MFC）與質(zhì)量流量傳感器（MFM）的關(guān)系，常被比喻為“大腦”與“眼睛”的協(xié)同，但對(duì)于追求極致效率與穩(wěn)定性的用戶而言，一個(gè)核心的技術(shù)命題始終縈繞：這兩者是否應(yīng)當(dāng)采用一體化設(shè)計(jì)？
作為全球流量測(cè)量與控制領(lǐng)域的技術(shù)先驅(qū)，布瑯軻鍶特（Bronkhorst）以深厚的工程積淀給出了明確的指引——一體化設(shè)計(jì)不僅是物理結(jié)構(gòu)的集成，更是實(shí)現(xiàn)“精準(zhǔn)感知”與“極速執(zhí)行
今日16:00，Ansys官方『Ansys高校系列專題：方程式賽車的智能化仿真設(shè)計(jì)』研討會(huì)研討會(huì)將基于Mechanical、Fluent、Discovery講解賽車結(jié)構(gòu)與熱流體核心仿真，建立從概念驗(yàn)證到詳細(xì)分析的完整研發(fā)流程。感興趣的下滑預(yù)約學(xué)習(xí)??
時(shí)間：5月13日（星期三），16:00-17:00
內(nèi)容簡(jiǎn)介：
1、基于Ansys Mechanical、Fluent、Discovery
