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關鍵詞：頁巖油，分子動力學，lammps，gromacs，界面張力，最小混相壓力摘要：分子模擬方法在探究納米尺度下分子間相互作用方面展現出巨大的技術優勢。因此，本文采用分子動力學模擬方法，研究礦物表面潤濕性。通過我這套LAMMPS, GROMACS代碼，你可以實現不同氛圍氣體，不同溫度下的潤濕性-接觸角計算。

關鍵詞：頁巖油，分子動力學，lammps，gromacs，界面張力，最小混相壓力摘要：分子模擬方法在探究納米尺度下分子間相互作用方面展現出巨大的技術優勢。因此，本文采用分子動力學模擬方法，研究體相CO2/原油的混相機理。通過我這套LAMMPS, GROMACS代碼，你可以實現不同氣體，不同油種類，不同溫度下的油氣界面張力和最小混相壓力計算。

關鍵詞：黏度,周期擾動法，SPC/E水分子，分子動力學，lammps目前分子動力學計算黏度主要有以下方法：（1）基于 Green - Kubo 關系的方法。從微觀角度出發，利用壓力張量自相關函數積分計算黏度。理論基礎強，能考慮復雜微觀因素，但計算量極大，對計算機性能和時間要求高，積分上限選擇需謹慎。（2）愛因斯坦關系法。通過分析粒子擴散行為間接求黏度，依據愛因斯坦關系，由粒子擴散系數計算。

關于舉辦“CP2K從頭算分子動力學、Gaussian量子化學、LAMMPS分子動力學、ReaxFF反應力場”系列專題培訓的通知https://mp.weixin.qq.com/s/FqCX-NJGbX5-fpZ7royMJA一、 培訓背景：CP2K是一款較為強大的AIMD計算程序，免費開源，可高效并行。

LJ體系的熱導率模擬 1.1.問題描述 1.2模型說明 具體模型如圖1.1所示。本次模擬采用LJ約化單位，晶體為面心立方結構，晶格參數為0.6，沿x（100）、y（010）方向為10倍晶格長度，z（001）方向為20倍晶格長度。采用compute chunk/atom將模型沿著z方向分成20塊，設置底端0-1倍晶格長度為熱端，中間10-11為冷端。

由于交聯時反應官能團發生反應的隨機性，交聯聚合物往往是復雜的三維交聯網絡，且該三維網絡是由分子鏈組成，所以利用分子動力學模擬方法可以很方便地研究聚合物交聯網絡的性質。

對于研究工具，主要是分子動力學。分子動力學計算是利用原子間的勢函數關系，對每個原子的獨立運動進行計算，是分子運動計算的基礎運算工具，計算結果依靠勢函數，準確度高，可靠性大，但是計算量大，時間成本高。分子動力學適合對少量位錯的運動進行精準計算。本次我們討論研究的是單獨位錯運動的定量計算，所以適合運動分子動力學的方法進行。

整個分子動力學過程通過Lammps實現，其中部分壁面需要在MS中進行調整。

2.2.模型描述對單晶鋁納米壓痕的分子動力學模擬通過原子/分子大規模并行模擬器(LAMMPS)實現，模擬結果采用OVITO進行可視化和晶體結構缺陷分析，位錯運動由位錯提取分析方法（Dislocation extraction analysis，DXA）進行表征。圖1為FCC單晶鋁納米壓痕的分子動力學模擬模型，該模型由面心立方的單晶鋁樣品和半徑分別為40?的虛擬壓頭組成。

關鍵詞：頁巖油,提高采收率，CO2封存，分子動力學，lammps摘要：應用CO2提高致密油采收率具有巨大的發展潛力，目前已經成為致密油藏開發領域的研究熱點。近年來，分子模擬方法在探究納米尺度下分子間相互作用方面展現出巨大的技術優勢。

模擬計算程序LAMMPS 簡介 LAMMPS即Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator，是“大規模原子分子并行模擬器”的簡稱，主要應用于與分子動力學相關的計算模擬工作。由美國Sandia 國家實驗室開發，所以任何人都可以免費得到并使用。

分子動力學（MD）模擬能夠在原子尺度揭示高熵合金在循環載荷下的微觀過程，為理解其抗疲勞機理提供重要依據。然而，目前針對高熵合金在正弦波循環應力下的MD研究仍較為有限，尤其是不同成分、溫度及加載頻率對疲勞行為的影響仍需深入探索。本研究擬通過分子動力學模擬，對其開展研究。

二 模型描述 對藍寶石（Al2O3）拋光的分子動力學模擬通過原子/分子大規模并行模擬器(LAMMPS)實現，模擬結果采用OVITO進行可視化和材料去除分析。圖1為單晶Al2O3的拋光分子動力學模擬模型，該模型由Al2O3樣品、半徑為20Å的虛擬壓頭以及15Å的水膜組成。

圖1(a)彎曲載荷，圖1(b)三點彎曲；圖1(c)彎曲載荷分子動力學模型；圖1(d)三點彎曲分子動力學模型如圖1所示，本模擬根據實際加載狀況創建了Cu-Al合金模型。模型被構造為規則的面心立方（FCC）晶格，其晶體取向[100]、[010]和[001]分別平行于X、Y和Z軸方向。模擬過程中，首先在LAMMPS代碼中設置金屬單位制，并施加周期性邊界條件，并設定時間步長為0.001皮秒。

批處理：為了分析龐大的數據，利用MD建模接口和Python腳本，支持高通量的分子動力學模擬，可以在命令行中構建分子模型并連續執行MD模擬命令。同時，利用Python腳本可以進行多種后處理分析。14. 后處理：可以將其他軟件（LAMMPS等）的計算結果轉換為J-OCTA格式，以便靈活地輸出想要的結果。15. 便于學習的幫助文檔：包含案例手冊及用戶手冊。

對于全原子和粗粒化分子動力學，包含COGNAC、VSOP和GENESIS，并提供了與LAMMPS、GROMACS和HOOMD-blue的接口。耗散粒子動力學（DPD）類似于分子動力學，但未包含在GENESIS和GROMACS中。對于平均場方法，包含SUSHI。對于爬行動力學，包括COGNAC和VSOP的DPD功能與滑動彈簧模型、PASTA和NAPLES。

為獲得循環載荷作用下材料行為的分子模擬和實驗結果間的定量比較與普適性解釋，通常以材料內部的微觀結構變化為特征，極端情況是材料內部無損傷和完全斷裂，介于兩者之間的所有其他狀態都可以認為是不同程度的損傷累積。分子動力學在研究材料的循環加載行為及其微觀作用機理方面正逐漸展現出不可替代的價值。以銅（Cu）為例，作為廣泛應用的工程材料，其力學性能和循環加載下的響應特性是科研和工業界關注的焦點。

圖3初始模型采用LAMMPS進行分子動力學模擬時，將體系劃分為多個同心圓環，圓環的軸心沿著z方向，坐標（x,y）為納米水滴質心坐標，圓環在z方向的切塊厚度dz為1?，在xy平面內的最小半徑為1?，最大半徑為盒子邊長的一半，并劃分為該數目的小塊，運算過程中統計每個小圓環體內的水分子數密度，統計完成后計算出每個小體積元內水的密度，并以液滴底面的中心點為起始點由遠及近地統計不同半徑和不同高度的液滴密度

焦平面光強分布的數值模擬分析和實驗結果表明，使用1030nm飛秒激光可以獲得橫向特征尺寸為200nm、軸向特征尺寸為150nm的納米線，如圖6(j)所示。這一尺寸約為傳統高斯光束聚焦激發技術獲得的納米線特征尺寸的1/3，從而產生近乎球形的體元。此外，根據聚焦條件的改變，還可以沿軸向制作周期性干涉層狀結構，用于制備光子學器件。圖6 超分辨成像技術輔助的雙光子聚合微納3D打印技術。

如分子聲學從超聲傳播速度和衰減及其弛豫效應的測定，可以研究氣體中分子的各種運動之間的能量轉移以及分子間的能量轉移、液體中的各種分子結構有關的動力學過程，以及固體物質的相變、缺陷、晶粒尺寸乃至微觀的分子結構、半導體和超導體中的能隙及能級分布情況等。 當聲波強度較強時，除了線性效應之外，還有非線性效應出現。