模擬計(jì)算程序LAMMPS 簡(jiǎn)介

LAMMPS即Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator，是“大規(guī)模原子分子并行模擬器”的簡(jiǎn)稱，主要應(yīng)用于與分子動(dòng)力學(xué)相關(guān)的計(jì)算模擬工作。由美國(guó)Sandia 國(guó)家實(shí)驗(yàn)室開發(fā)，所以任何人都可以免費(fèi)得到并使用。可以支持包括氣態(tài)，液態(tài)或者固態(tài)相形態(tài)下、各種系綜下、百萬(wàn)級(jí)的原子分子體系，并提供多種勢(shì)函數(shù)支持。LAMMPS 的另一個(gè)優(yōu)點(diǎn)是具有良好的并行擴(kuò)展性。是當(dāng)下一款非常好的分子動(dòng)力學(xué)軟件包。在使用lammps模擬時(shí)候，經(jīng)常會(huì)用到力場(chǎng)參數(shù)，如L-J、eam和Buck勢(shì)函數(shù)，這些參數(shù)可從文獻(xiàn)中獲得，但是文獻(xiàn)查找起來(lái)相對(duì)繁瑣，可能需要查閱多篇論文才能找到需要的勢(shì)參數(shù)。以L-J勢(shì)函數(shù)為例進(jìn)行說(shuō)明：

第一種方法：

1. 首先了解勢(shì)函數(shù)網(wǎng)站（Mg原子為例）：https://www.ctcms.nist.gov/potentials/

2. 選擇金屬Mg原子：直接點(diǎn)擊元素名稱即可查得該元素對(duì)應(yīng)的L-J力場(chǎng)參數(shù)，點(diǎn)擊Download 可以下載對(duì)應(yīng)的參考文獻(xiàn)，如Mg的L-J參數(shù)如下（Epsilon、Sigma）

3. 由于勢(shì)函數(shù)的擬合方法不同，所以在選擇上也需要作出判斷，如下，Mg的L-J 勢(shì)參數(shù)有三個(gè)，但是不確定哪個(gè)適用于自己的研究體系，所以得認(rèn)真、進(jìn)一步測(cè)試。

4. 點(diǎn)擊Download, 如下界面所示，即轉(zhuǎn)到勢(shì)參數(shù)的文獻(xiàn)，如箭頭所示，分別為L(zhǎng)-J參數(shù)： Epsilon、Sigma

對(duì)比一下，文獻(xiàn)結(jié)果與網(wǎng)站結(jié)果一致！

5. 第三個(gè)Mg原子的勢(shì)參數(shù)如前面一樣，結(jié)果如下，但是第二個(gè)勢(shì)參數(shù)在原文中找不到出處，可能的原因是需要轉(zhuǎn)換單位（所以第二個(gè)勢(shì)參數(shù)得認(rèn)真測(cè)試）。

6. 單位轉(zhuǎn)換：怎么樣將kcal/mol或者kj/mol轉(zhuǎn)成eV?

推薦另一個(gè)網(wǎng)站：http://www.colby.edu/chemistry/PChem/Hartree.html

輸入第三個(gè)勢(shì)參數(shù)進(jìn)行單位轉(zhuǎn)化，進(jìn)入網(wǎng)站后在勢(shì)參數(shù)的位置輸入相應(yīng)值，將自動(dòng)的轉(zhuǎn)換為其他單位：

第二種方法：

1. 推薦另一種勢(shì)函數(shù)的網(wǎng)站：https://www.ctcms.nist.gov/potentials/

還是選擇Mg原子

2. 執(zhí)行以下箭頭所示，選擇紅色框

3. 執(zhí)行以下箭頭所示，點(diǎn)擊鏈接

4. 執(zhí)行以下箭頭所示，往后翻，找到如下箭頭所示文件

5. 這個(gè)網(wǎng)站也會(huì)有金屬Mg原子的勢(shì)參數(shù)，所以在將勢(shì)參數(shù)用到自己的體系是還需要進(jìn)一步測(cè)試！！文件尾端有文獻(xiàn)信息！

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