J-OCTA分子動力學軟件
關(guān)注創(chuàng)建者：上海庭田信息科技有限公司 創(chuàng)建時間：2023-07-05
J-OCTA分子動力學軟件的視頻教程
【J-OCTA教程】1.1 J-OCTA分子動力學軟件概述.mp4
J-Octa分子動力學軟件概述 多尺度仿真技術(shù)是新材料研發(fā)的有效手段。作為一種全球趨勢，不僅化工制造商，汽車、航空航天和電氣制造商也在將分子到微米尺度的模擬應用于材料設(shè)計。 本視頻我們將討論模擬方法和應用案例。J-OCTA是基于OCTA系統(tǒng)的，OCTA系統(tǒng)是20年前在日本作為國家項目開發(fā)的。J-OCTA與機器學習相結(jié)合，稱為材料信息學。
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J-OCTA分子動力學軟件概述
作為一種全球趨勢，不僅化工制造商，汽車、航空航天和電氣制造商也在將分子到微米尺度的模擬應用于材料設(shè)計。 本視頻我們將討論模擬方法和應用案例。J-OCTA是基于OCTA系統(tǒng)的，OCTA系統(tǒng)是20年前在日本作為國家項目開發(fā)的。J-OCTA與機器學習相結(jié)合，稱為材料信息學。與大家分享了J-OCTA的歷史、用戶趨勢和最新技術(shù)。
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J-OCTA分子動力學軟件的實例教程
近日，庭田科技宣布將于2023年10月份攜手JSOL公司與賽默飛世爾科技MSD材料結(jié)構(gòu)部門（原FEI公司），共同舉辦一場以“全生命周期材料解決方案：J-OCTA與AVIZO的多尺度分析”為主題的研討會（原定于8月份的會議由于場地問題調(diào)整至10月份）。
此次研討會是科技界一次重要的學術(shù)盛事，庭田科技邀請到JSOL公司的Ozawa先生和賽默飛世爾科技的何沛霖先生，他們將深度解析和分享J-OCTA分子動力學軟件與AVIZO圖像分析軟件的最新應用與發(fā)展趨勢。
庭田科技以其強大的技術(shù)實力和創(chuàng)新精神，堅定地走在科技發(fā)展的前沿。此次研討會將為參與者提供一個學習交流的平臺，分享全球最新的科技理念和創(chuàng)新策略，為新材料科技發(fā)展注入新的活力。
研討會的重點將集中在兩大軟件解決方案： “J-OCTA分子動力學軟件”和“AVIZO三維數(shù)據(jù)可視化軟件”。J-OCTA是由JSOL公司開發(fā)的杰出分子動力學軟件，專注于新材料微觀結(jié)構(gòu)的精準模擬，為復雜材料提供深度的理論基礎(chǔ)。另一方面，AVIZO軟件作為賽默飛世爾科技的核心產(chǎn)品，是一款功能強大的三維數(shù)據(jù)可視化工具，廣泛應用于材料科學、生物醫(yī)學、地球科學及工業(yè)檢測等領(lǐng)域。
庭田科技此次的研討會將于10月24日在上海海鷗千禧大酒店以及10月26日在西安志誠麗柏酒店舉辦。庭田科技期待著來自全國各地的科技研究者和行業(yè)精英的參與，共同探討并影響科技行業(yè)的未來發(fā)展。
庭田科技的這場科技盛會，憑借其前瞻性的主題和豐富的內(nèi)涵，無疑將在全球科技行業(yè)產(chǎn)生深遠影響。庭田科技一直秉承科技創(chuàng)新的理念，推動行業(yè)不斷前進。期待庭田科技此次全生命周期材料解決方案研討會，能為全球科技行業(yè)的未來發(fā)展提供新的視角和啟示。
展開 庭田科技有限公司攜手JSOL公司與賽默飛世爾科技MSD材料結(jié)構(gòu)部門（原FEI公司），誠摯邀請您參加10月份的“全生命周期材料解決方案：J-OCTA與AVIZO的多尺度分析研討會”（原定于8月份的會議由于場地問題調(diào)整至10月份）。這是一場專業(yè)的學術(shù)盛會，匯集了新材料及其CAE行業(yè)的領(lǐng)先人物，將為您提供前沿知識和優(yōu)質(zhì)的交流平臺。
我們榮幸邀請到JSOL公司的Ozawa先生和賽默飛世爾科技的何沛霖先生，他們將現(xiàn)場分享“J-OCTA分子動力學軟件”和“AVIZO圖像分析軟件”的全球最新應用實例。無論您的工作領(lǐng)域是新材料、航空航天、汽車、輪胎、電子封裝材料、生物材料還是核電、鋰離子電池等，我們相信您都將從此次研討會中獲得寶貴的洞見。
請您收到此邀請函后，盡快確認您的參會意愿并完成報名。參會確認及報名表請在7月25日前通過郵件發(fā)送至info@anscos.com。如果您有任何疑問，歡迎隨時聯(lián)系胡女士，電話：400 633 6258，或聯(lián)系我司相應的銷售經(jīng)理。
我們期待著在研討會上與您的相見。我們深信，這次研討會將對您的工作和研究帶來啟發(fā)。在此，我們對您一直以來對庭田科技的關(guān)心和支持表示由衷的感謝。期待您的光臨！
展開 眾所周知，采用機器學習方法，基于定量結(jié)構(gòu)-性質(zhì)關(guān)系(QSPR)，可以從分子和晶體結(jié)構(gòu)預測物理性質(zhì)。現(xiàn)在，「J-OCTA軟件」1可以進行逆分析，利用京都大學長町實驗室開發(fā)的mol-infer數(shù)據(jù)接口，可以實現(xiàn)從物理性質(zhì)逆推分子結(jié)構(gòu)。這是一種非常新穎的分子結(jié)構(gòu)生成方法，具有廣闊的應用前景。
第一，利用人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)(Artificial Neural Network, ANN)從分子結(jié)構(gòu)預測物理性質(zhì)。第二，通過混合整數(shù)線性規(guī)劃(Mixed Integer Linear Programming, MILP)求解人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的逆運算，能夠在相反的方向上執(zhí)行快速而準確的運算，這是單獨使用人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)所不可能實現(xiàn)的。
首先，基于1297組數(shù)據(jù)集訓練分子結(jié)構(gòu)和物理性質(zhì)之間的關(guān)系。圖1展示的是測試過程中使用的分配系數(shù)。
圖1. mol-infer的訓練數(shù)據(jù)集和目標性質(zhì)（分配系數(shù)=10.0）
其次，使用MILP執(zhí)行逆運算。設(shè)目標分配系數(shù)為10.0，生成種子分子的圖結(jié)構(gòu)和對應官能團的樹結(jié)構(gòu)（見圖2），用來預測分子結(jié)構(gòu)。
通過「J-OCTA軟件」1預測的分子結(jié)構(gòu)如圖3所示，得到了4種同分異構(gòu)體。對于預測的分子結(jié)構(gòu)，再次采用正向方法計算其物理性質(zhì)，結(jié)果表明其分配系數(shù)為9.8，證明預測的分子結(jié)構(gòu)基本滿足目標物性。
【1】J-OCTA分子動力學軟件 —— 通過對材料從原子級別到微米級別的模擬計算，從本質(zhì)上理解元素組成和性能之間的關(guān)系。軟件可以滿足幾乎所有材料的分析，比如橡膠、塑料、薄膜、涂料及電解質(zhì)材料等?？蓪⑵渥鳛椤?知識發(fā)現(xiàn)工具 ”進行靈活運用。
展開 SCIGRESS 先進的分子建模和可視化功能使得研究者可以方便的導入多種實驗方法所得的分子結(jié)構(gòu)，也可以輕松的建立一個新的結(jié)構(gòu)。除了豐富的建模工具外， SCIGRESS也提供了強大的計算引擎和全面的分析工具。
分子動力學計算引擎Materials Explorer是由日本FUJITSU公司開發(fā)的一種高效的商業(yè)化的多用途分子動力學軟件包。Materials Explorer功能非常強大，有63個力場供選擇，可以用來研究有機物、高聚物、生物大分子、金屬、陶瓷材料、半導體等晶體、非晶體、溶液、流體、液體 和氣體的相變、膨脹、壓縮系數(shù)、抗張強度、粘度、熱導率、缺陷等。小分子藥物與生物大分子的對接以及小分子藥物的構(gòu)效關(guān)系一直是計算機輔助藥物設(shè)計中兩項 非常重要的內(nèi)容。Scigress繼承了CAChe的功能，提供了這兩項計算功能。此外，Scigress還包括了使用廣泛的半經(jīng)驗量化計算模塊。通過 Scigress，研究者可以完成掃描分子勢能面，確定化學反應機理，尋找反應過渡態(tài)，分析紅外紫外光譜，明確分子軌道中的電子躍遷，常規(guī)分子動力學模 擬，計算眾多材料體系的力學與熱力學性質(zhì)，模擬晶體的外延生長與表面吸附的動態(tài)行為，預測小分子在多孔材料中的分布情況，列舉分子的低能構(gòu)象，建立藥物分 子的構(gòu)效關(guān)系模型，完成小分子藥物與生物靶標的對接等多種科研任務(wù)。
SCIGRESS 實現(xiàn)了Client-Server 構(gòu)架。研究者可以簡便的利用位于Microsoft Windows 平臺下的界面進行建模和結(jié)果分析，把大量的計算任務(wù)分配到服務(wù)器或計算集群中進行。這樣就使得研究者可以對更大的體系進行更精確的模擬計算。
展開 3.7 GROMACS
http://www.gromacs.org/
主要針對生物體系，也適當照顧一般化學體系
優(yōu)點
算法好，計算效率高
界面友好
維護服務(wù)好
免費軟件
缺點
兼容性不好
3.8 Materials Explorer
多功能分子動力學軟件
立足于Windows平臺的多功能分子動力學軟件。
J-OCTA分子動力學軟件的相關(guān)專題、標簽、搜索
J-OCTA分子動力學軟件的最新內(nèi)容
J-OCTA軟件作為分子動力學計算軟件，通過對材料從原子級別到微米級別的模擬計算實現(xiàn)對幾乎所有材料的分析。
本次活動我們很榮幸邀請到JSOL 公司的 Ozawa 先生和賽默飛世爾科技的何沛霖先生， 他們將現(xiàn)場分享“J-Octa 分子動力學軟件”和“Avizo 圖像分析軟件”的全球最新應用實例。無論您的工作領(lǐng)域是新材料、航空航天、汽車、輪胎、電子封裝材料、生物材料還是核電、鋰離子電池等，我們相信您都將從此次研討會中獲得寶貴的洞見。
J-OCTA軟件作為分子動力學計算軟件，通過對材料從原子級別到微米級別的模擬計算實現(xiàn)對幾乎所有材料的分析。本文主要講述該軟件在材料研發(fā)領(lǐng)域的表現(xiàn)，著重介紹J-OCTA通過建模、求解、分析等功能在材料多尺度仿真方面的重要作用。
我們榮幸邀請到JSOL公司的Ozawa先生和賽默飛世爾科技的何沛霖先生，他們將現(xiàn)場分享“J-OCTA分子動力學軟件”和“AVIZO圖像分析軟件”的全球最新應用實例。無論您的工作領(lǐng)域是新材料、航空航天、汽車、輪胎、電子封裝材料、生物材料還是核電、鋰離子電池等，我們相信您都將從此次研討會中獲得寶貴的洞見。
請您收到此邀請函后，盡快確認您的參會意愿并完成報名。
此次研討會是科技界一次重要的學術(shù)盛事，庭田科技邀請到JSOL公司的Ozawa先生和賽默飛世爾科技的何沛霖先生，他們將深度解析和分享J-OCTA分子動力學軟件與AVIZO圖像分析軟件的最新應用與發(fā)展趨勢。
庭田科技以其強大的技術(shù)實力和創(chuàng)新精神，堅定地走在科技發(fā)展的前沿。
【1】J-OCTA分子動力學軟件 —— 通過對材料從原子級別到微米級別的模擬計算，從本質(zhì)上理解元素組成和性能之間的關(guān)系。軟件可以滿足幾乎所有材料的分析，比如橡膠、塑料、薄膜、涂料及電解質(zhì)材料等?？蓪⑵渥鳛椤?知識發(fā)現(xiàn)工具 ”進行靈活運用。
上述貢獻是通過J-OCTA分子動力學仿真軟件和Gaussian等分子軌道計算工具計算得出，利用Onsager/Kirkwood方程評價相對介電常數(shù)的結(jié)果如[圖5]所示。
[圖5]PC/C4H8O2S/N2C4H4的相對介電常數(shù)
四、生產(chǎn)過程分析
漿料涂布工藝是鋰離子電池制造過程中的核心技術(shù)之一。也是非常重要的過程，因為涂覆過程中正負極膜的厚度及其厚度比會影響電池的容量/性能特性等。
SCIGRESS 先進的分子建模和可視化功能使得研究者可以方便的導入多種實驗方法所得的分子結(jié)構(gòu)，也可以輕松的建立一個新的結(jié)構(gòu)。除了豐富的建模工具外， SCIGRESS也提供了強大的計算引擎和全面的分析工具。
分子動力學計算引擎Materials Explorer是由日本FUJITSU公司開發(fā)的一種高效的商業(yè)化的多用途分子動力學軟件包。Materials
1、分子動力學簡介：
分子動力學方法是一種計算機模擬實驗方法，是研究凝聚態(tài)系統(tǒng)的有力工具。該技術(shù)不僅可以得到原子的運動軌跡，還可以觀察到原子運動過程中各種微觀細節(jié)。它是對理論計算和實驗的有力補充。廣泛應用于材料科學、生物物理和藥物設(shè)計等。經(jīng)典MD模擬，其系統(tǒng)規(guī)模在一般的計算機上也可達到數(shù)萬個原子，模擬時間為納秒量級。2006年進行了三千二百億個原子的模擬（IBM lueGene
