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在那之前，如果您想先對(duì)J-OCTA軟件進(jìn)行了解，您也可以關(guān)注8月29日19時(shí)仿真show官網(wǎng)及App平臺(tái)，仿真show認(rèn)證機(jī)構(gòu)庭田科技將邀請(qǐng)分子動(dòng)力學(xué)領(lǐng)域湘潭大學(xué)唐現(xiàn)瓊老師為大家?guī)?lái)《J-OCTA跨尺度模擬軟件：一座連接分子模擬、粗粒化與有限元的橋梁》公開(kāi)課，識(shí)別下方圖片中二維碼報(bào)名即可立即觀看并提供回放。

J-OCTA軟件作為分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算軟件，通過(guò)對(duì)材料從原子級(jí)別到微米級(jí)別的模擬計(jì)算實(shí)現(xiàn)對(duì)幾乎所有材料的分析。本文主要講述該軟件在材料研發(fā)領(lǐng)域的表現(xiàn)，著重介紹J-OCTA通過(guò)建模、求解、分析等功能在材料多尺度仿真方面的重要作用。

它們的相對(duì)介電常數(shù)以分子內(nèi)電偶極矩和原子內(nèi)電子極化為特征。上述貢獻(xiàn)是通過(guò)J-OCTA分子動(dòng)力學(xué)仿真軟件和Gaussian等分子軌道計(jì)算工具計(jì)算得出，利用Onsager/Kirkwood方程評(píng)價(jià)相對(duì)介電常數(shù)的結(jié)果如[圖5]所示。[圖5]PC/C4H8O2S/N2C4H4的相對(duì)介電常數(shù)四、生產(chǎn)過(guò)程分析漿料涂布工藝是鋰離子電池制造過(guò)程中的核心技術(shù)之一。

【1】J-OCTA分子動(dòng)力學(xué)軟件 —— 通過(guò)對(duì)材料從原子級(jí)別到微米級(jí)別的模擬計(jì)算，從本質(zhì)上理解元素組成和性能之間的關(guān)系。軟件可以滿足幾乎所有材料的分析，比如橡膠、塑料、薄膜、涂料及電解質(zhì)材料等。可將其作為“ 知識(shí)發(fā)現(xiàn)工具 ”進(jìn)行靈活運(yùn)用。

通過(guò)有限元方法評(píng)估力學(xué)性能（左圖：相分離結(jié)構(gòu)中的應(yīng)變能分布，右圖：納米填料分散結(jié)構(gòu)中的熱通量分布）7、J-OCTA中包含的引擎（求解器）對(duì)于量子化學(xué)和密度泛函理論，J-OCTA捆綁了SIESTA和ABINIT-MP，并提供了與Gaussian等的接口。

粗粒化分子動(dòng)力學(xué)和反向映射計(jì)算雙折射性質(zhì)眾所周知，高分子材料中的大變形會(huì)導(dǎo)致定向雙折射。先前的J-OCTA實(shí)例已經(jīng)介紹了全原子分子動(dòng)力學(xué)（FAMD）[1]和多尺度方法[2]。在使用全原子MD時(shí)，存在的問(wèn)題是模擬的時(shí)間尺度較短。這會(huì)導(dǎo)致變形速率較快，聚合物在變形響應(yīng)中的松弛無(wú)法及時(shí)完成，從而導(dǎo)致過(guò)度定向的狀態(tài)。

研討會(huì)的重點(diǎn)將集中在兩大軟件解決方案： “J-OCTA分子動(dòng)力學(xué)軟件”和“AVIZO三維數(shù)據(jù)可視化軟件”。J-OCTA是由JSOL公司開(kāi)發(fā)的杰出分子動(dòng)力學(xué)軟件，專注于新材料微觀結(jié)構(gòu)的精準(zhǔn)模擬，為復(fù)雜材料提供深度的理論基礎(chǔ)。另一方面，AVIZO軟件作為賽默飛世爾科技的核心產(chǎn)品，是一款功能強(qiáng)大的三維數(shù)據(jù)可視化工具，廣泛應(yīng)用于材料科學(xué)、生物醫(yī)學(xué)、地球科學(xué)及工業(yè)檢測(cè)等領(lǐng)域。

我們榮幸邀請(qǐng)到JSOL公司的Ozawa先生和賽默飛世爾科技的何沛霖先生，他們將現(xiàn)場(chǎng)分享“J-OCTA分子動(dòng)力學(xué)軟件”和“AVIZO圖像分析軟件”的全球最新應(yīng)用實(shí)例。無(wú)論您的工作領(lǐng)域是新材料、航空航天、汽車、輪胎、電子封裝材料、生物材料還是核電、鋰離子電池等，我們相信您都將從此次研討會(huì)中獲得寶貴的洞見(jiàn)。 請(qǐng)您收到此邀請(qǐng)函后，盡快確認(rèn)您的參會(huì)意愿并完成報(bào)名。

不同分子的相對(duì)介電常數(shù)計(jì)算目的和方法介電常數(shù)有三個(gè)分量：電子極化、離子極化和定向極化。在實(shí)驗(yàn)中，它們的總和被認(rèn)為是介電常數(shù)，但在模擬中進(jìn)行計(jì)算時(shí)，應(yīng)選擇合適的方法并對(duì)每種方法分別進(jìn)行計(jì)算。分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算 (MD)MD讓我們可以估測(cè)分子因振動(dòng)和取向產(chǎn)生的極化。

J-OCTA軟件作為分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算軟件，通過(guò)對(duì)材料從原子級(jí)別到微米級(jí)別的模擬計(jì)算實(shí)現(xiàn)對(duì)幾乎所有材料的分析。

（圖片來(lái)源：J. Med. Chem.）展 望 未 來(lái)目前，異功能分子正在成為新藥開(kāi)發(fā)最受關(guān)注的領(lǐng)域之一。但作者也表示，這一領(lǐng)域也具有諸多挑戰(zhàn)。未來(lái)對(duì)異功能分子的研究將主要集中在以下幾點(diǎn)：（1）需要更深入的機(jī)制研究，包括嵌合分子對(duì)POI的特異性和嵌合分子誘導(dǎo)的三元復(fù)合體形成的動(dòng)力學(xué)。

Sophia關(guān)鍵詞：GROMACS；冰；拉伸; 分子動(dòng)力學(xué)模擬冰（尤其是六方冰?Ih）的微觀力學(xué)性能直接影響到極地工程、寒區(qū)交通、冷熱循環(huán)材料以及航空航天器在超低溫環(huán)境中的安全與可靠性。傳統(tǒng)宏觀實(shí)驗(yàn)很難捕獲納米尺度下冰的裂紋萌生與氫鍵斷裂細(xì)節(jié)，而分子動(dòng)力學(xué)（MD）模擬恰能在原子層面揭示這些本質(zhì)機(jī)理。

2-9-蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能酶動(dòng)力學(xué)基本概念 3-1-可用的蛋白質(zhì)制備結(jié)構(gòu) 3-2-制備的蛋白質(zhì)制備結(jié)構(gòu) 3-3-蛋白質(zhì)制備同源性建模 3-4-蛋白制備穿線法 3-5-蛋白質(zhì)制備α折疊 3-6-PDB結(jié)構(gòu)的6-蛋白制備選擇 3-7-蛋白質(zhì)制劑缺失殘留問(wèn)題 3-8-蛋白質(zhì)制備結(jié)構(gòu)驗(yàn)證 4-1-分子對(duì)接算法

關(guān)于舉辦“CP2K從頭算分子動(dòng)力學(xué)、Gaussian量子化學(xué)、LAMMPS分子動(dòng)力學(xué)、ReaxFF反應(yīng)力場(chǎng)”系列專題培訓(xùn)的通知https://mp.weixin.qq.com/s/FqCX-NJGbX5-fpZ7royMJA一、 培訓(xùn)背景：CP2K是一款較為強(qiáng)大的AIMD計(jì)算程序，免費(fèi)開(kāi)源，可高效并行。

[4]張俊,池長(zhǎng)城,湯騰飛,等.五自由度混聯(lián)3D打印機(jī)設(shè)計(jì)與運(yùn)動(dòng)學(xué)分析[J].中南大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版),2020,51(10):2822G2833.[5]曾達(dá)幸,張星,樊明洲,等.3GCUR解耦并聯(lián)3D打印機(jī)結(jié)構(gòu)優(yōu)化與動(dòng)力學(xué)分析[J].中國(guó)機(jī)械工程,2017,28(12):1413G1420.

(Rita Levi-Montalcini)利用Chimera的MD movie工具或者其他可視化軟件對(duì)動(dòng)力學(xué)模擬成品進(jìn)行動(dòng)畫(huà)展示，模擬部分結(jié)果如下所示，綠色原子表示添加的離子。

可以支持包括氣態(tài)，液態(tài)或者固態(tài)相形態(tài)下、各種系綜下、百萬(wàn)級(jí)的原子分子體系，并提供多種勢(shì)函數(shù)支持。LAMMPS 的另一個(gè)優(yōu)點(diǎn)是具有良好的并行擴(kuò)展性。是當(dāng)下一款非常好的分子動(dòng)力學(xué)軟件包。在使用lammps模擬時(shí)候，經(jīng)常會(huì)用到力場(chǎng)參數(shù)，如L-J、eam和Buck勢(shì)函數(shù)，這些參數(shù)可從文獻(xiàn)中獲得，但是文獻(xiàn)查找起來(lái)相對(duì)繁瑣，可能需要查閱多篇論文才能找到需要的勢(shì)參數(shù)。

基于Hertz接觸理論和以共旋坐標(biāo)法為基礎(chǔ)的增量有限元法，在多體動(dòng)力學(xué)軟件RecurDyn中建立蝸輪蝸桿非線性瞬態(tài)動(dòng)力學(xué)模型，并根據(jù)試驗(yàn)要求的多工況加載條件，對(duì)其進(jìn)行應(yīng)力分析和疲勞壽命分析，可以精確地得到尼龍蝸輪齒根處在各加載工況的瞬態(tài)應(yīng)力值，進(jìn)而研究尼龍蝸輪在相應(yīng)時(shí)間歷程下的疲勞壽命。