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關鍵詞：黏度,周期擾動法，SPC/E水分子，分子動力學，lammps目前分子動力學計算黏度主要有以下方法：（1）基于 Green - Kubo 關系的方法。從微觀角度出發，利用壓力張量自相關函數積分計算黏度。理論基礎強，能考慮復雜微觀因素，但計算量極大，對計算機性能和時間要求高，積分上限選擇需謹慎。（2）愛因斯坦關系法。通過分析粒子擴散行為間接求黏度，依據愛因斯坦關系，由粒子擴散系數計算。

關鍵詞：頁巖油，分子動力學，lammps，gromacs，界面張力，最小混相壓力摘要：分子模擬方法在探究納米尺度下分子間相互作用方面展現出巨大的技術優勢。因此，本文采用分子動力學模擬方法，研究體相CO2/原油的混相機理。通過我這套LAMMPS, GROMACS代碼，你可以實現不同氣體，不同油種類，不同溫度下的油氣界面張力和最小混相壓力計算。

模擬結果也可通過計算機圖形學技術直觀地導出，以便專業人員理解。相比風洞實驗而言，復雜的周邊環境和建筑布局也不再構成難題，計算機數值模擬可以不受客觀條件的限制，對各種不同空間布局的城市街區進行風環境模擬，并獲得詳盡數據。在計算機數值模擬風環境的過程中，可以通過調整邊界條件的設定方便地模擬出接近真實的自然風環境。下載地址：王福軍計算流體動力學分析-CFD軟件原理與應用

另一方面，只要使用通用計算機，可以處理的空間尺度約為10納米，時間尺度在使用最近的軟件和硬件（如GPU）時為100納秒量級。這對于處理聚合物的長時間松弛現象等是不夠的。圖2. 左圖：FAMD表示的聚異戊二烯分子結構，右圖：CGMD圖像3、粗粒度分子動力學在粗粒度分子動力學（CGMD）中，一個粒子代表幾個原子的一組（圖2，右）。

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在分子動力學的模擬研究中，一款開源、自由、免費的軟件GROMACS得到了廣泛的應用。. 它可以用于幾百萬個粒子體系的分子動力學模擬研究，特別是生物體系，比如磷脂雙分子層生物膜、蛋白質、藥物分子等。另外，GROMACS能夠非常快速地計算非鍵作用，因此也可用于非生物體系，如聚合物、一些有機物、無機物等。

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Cadence 致力于通過我們在計算軟件方面的核心競爭力推進系統創新。我們的計算流體動力學解決方案是履行這一承諾的重要組成部分。憑借業界領先的網格劃分方法，以及強大的求解器和后處理功能，您很快就會將計算流體動力學視為“Cadence 流體動力學”。Cadence 現在通過收購 OpenEye 將計算軟件的核心競爭力擴展到分子建模和模擬。

GROMACS是一個功能強大的分子動力學的模擬軟件，其在模擬大量分子系統的牛頓運動方面具有極大的優勢。它可以用分子動力學、隨機動力學或者路徑積分方法模擬溶液或晶體中的任意分子，進行分子能量的最小化，分析構象等。它的模擬程序包包含GROMACS力場(蛋白質、核苷酸、糖等)，研究的范圍可以包括玻璃和液晶、到聚合物、晶體和生物分子溶液。

它通過追蹤分子在特定條件下的運動軌跡，能夠為我們提供關于分子結構、動力學性質和熱力學行為的詳細信息。GROMACS（GROningen MAchine for Chemical Simulations）是一款高效的分子動力學模擬軟件，廣泛應用于生物分子模擬、材料科學和化學反應動力學等領域。由于其高度優化的計算性能，GROMACS成為了研究液-液萃取過程和有機物分子行為的理想工具。

利用 Visualizer 模塊構建基礎分子模型 腐蝕介質粒子：HCO3- 、H3O+、H2O以及咪睉啉類緩蝕劑分子 建立界面模型利用 amorphous cell 模塊分別構建包含緩蝕劑分子的無定形組織結構，采用(NVT)進行分子動力學模擬，平衡后統計體系密度的平均值，并把該值作為計算體系中緩蝕劑膜的密度。

基于Forcite模塊的分子動力學研究藥劑與礦物相互作用實例（一）關鍵詞：相互作用 MS Forcite 分子動力學 徑向分布 筆名：楊過Forcite模塊是分子動力學計算的主要模塊，研究范圍廣，可以對多種周期性體系進行計算分析，在礦物分選領域中主要是計算分析藥劑與礦物相互作用，在不同計算參數條件下可以實現藥劑與礦物相互作用模型的預測與分析，從而得到表面相互作用機理。

分子動力學簡介（GROMACS軟件）1.1分子動力學基本原理1.2 Linux 系統介紹1.3 分子動力學軟件介紹（Gromacs）2.

圖3煤樣的XRD分析 圖4煤樣分子結構圖最后計算糊精抑制劑在煤樣、石英、高嶺石表面相互作用的分子動力學計算，采用Materials Studio 2019軟件中Forcite模塊對糊精與三種礦物相互作用模型進行搭建并計算。通過Build layers將優化好的糊精添加到已經擴胞優化好的三種礦物完全解理面表面，并添加一定的真空層。

動力學參數如圖5所示，動力學計算結果如圖6所示。

分子動力學簡介（gromacs軟件）1.1分子動力學基本原理1.2 linux 系統介紹1.3 分子動力學軟件介紹（gromacs）2. gromacs 進行分子動力學模擬2.1 配體分子的處理2.2 蛋白結構的處理2.3 修改蛋白坐標文件2.4修改拓撲文件2.5構建盒子并放入溶劑2.6平衡系統電荷2.7能量最小化2.8 nvt平衡2.9 npt平衡2.10 產出動力學模擬

關鍵詞：GROMACS；電場；水球; 分子動力學；packmol在材料科學、電氣工程以及生物醫學領域，水球行為在外加電場下的變化具有重要意義。電場對水分子的影響不僅關系到液體的表面張力，還與電介質的性能、微流控技術的應用及生物細胞的電場響應等問題密切相關。因此，通過分子動力學（MD）模擬研究電場下水球行為成為一種有效且精確的手段。

對體系進行分子動力學模擬。使用力場為文獻中常用的COMPASS力場，對體系分別進行200ps的NVT和200PS的NPT（可進行不同溫度以及壓力下的模擬）分子動力學模擬。對最終輸出的體系進行500PS的NVE分子動力學體系。收集其MSD和RDF，以及擴散系數。如圖為分子動力學模擬后的模型圖(部分圖)：4.