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一，軟件介紹 GROMACS是一個用于分子動力學(xué)模擬和能量最小化的計算引擎。 科技的發(fā)展已然遍布世界，對于事物的探討尤其是對微觀動力學(xué)現(xiàn)象的研究越來越依賴于計算機。. 由此，模擬技術(shù)與實驗、理論三者的結(jié)合是現(xiàn)在以及未來被認(rèn)可和推廣的研究手段。. 分子動力學(xué)模擬不僅可以解釋實驗現(xiàn)象，驗證理論結(jié)果，而且還發(fā)揮著預(yù)見性作用。. 其在生物、醫(yī)藥、材料、化學(xué)等學(xué)科領(lǐng)域均有廣泛應(yīng)用。.

關(guān)鍵詞：GROMACS；小分子；自組裝；分子動力學(xué)；回轉(zhuǎn)半徑背景介紹小分子自組裝過程廣泛存在于材料、生命與能源體系中，其微觀機理關(guān)乎膠束/囊泡形成、層狀有序相的出現(xiàn)以及功能納米結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性。相比僅觀察宏觀現(xiàn)象，分子動力學(xué)（MD）能在原子尺度直接揭示小分子的自組裝機理，直觀體現(xiàn)其自組裝過程，從而為藥物，納米材料設(shè)計提供理論依據(jù)。

它通過追蹤分子在特定條件下的運動軌跡，能夠為我們提供關(guān)于分子結(jié)構(gòu)、動力學(xué)性質(zhì)和熱力學(xué)行為的詳細信息。GROMACS（GROningen MAchine for Chemical Simulations）是一款高效的分子動力學(xué)模擬軟件，廣泛應(yīng)用于生物分子模擬、材料科學(xué)和化學(xué)反應(yīng)動力學(xué)等領(lǐng)域。由于其高度優(yōu)化的計算性能，GROMACS成為了研究液-液萃取過程和有機物分子行為的理想工具。

關(guān)鍵詞：GROMACS；油水；相分離; 分子動力學(xué)；packmol在化學(xué)、材料科學(xué)及生物醫(yī)藥等領(lǐng)域，油水相分離是一個重要的研究課題，廣泛應(yīng)用于石油開采、環(huán)境污染治理、化妝品配方優(yōu)化及生物膜研究等方向。由于油水界面的分子相互作用復(fù)雜，采用分子動力學(xué)（Molecular Dynamics, MD） 方法進行模擬研究成為一種高效且精確的手段。

利用 Visualizer 模塊構(gòu)建基礎(chǔ)分子模型 腐蝕介質(zhì)粒子：HCO3- 、H3O+、H2O以及咪睉啉類緩蝕劑分子 建立界面模型利用 amorphous cell 模塊分別構(gòu)建包含緩蝕劑分子的無定形組織結(jié)構(gòu)，采用(NVT)進行分子動力學(xué)模擬，平衡后統(tǒng)計體系密度的平均值，并把該值作為計算體系中緩蝕劑膜的密度。

關(guān)鍵詞：GROMACS；電場；水球; 分子動力學(xué)；packmol在材料科學(xué)、電氣工程以及生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域，水球行為在外加電場下的變化具有重要意義。電場對水分子的影響不僅關(guān)系到液體的表面張力，還與電介質(zhì)的性能、微流控技術(shù)的應(yīng)用及生物細胞的電場響應(yīng)等問題密切相關(guān)。因此，通過分子動力學(xué)（MD）模擬研究電場下水球行為成為一種有效且精確的手段。

相比宏觀實驗，分子動力學(xué)（MD）模擬可直接揭示 Na+、Cl- 以及水分子在界面處的分布與取向，為理解表面張力、離子特異性（Hofmeister 效應(yīng)）等提供原子級證據(jù)。而GROMACS作為一種高效的開源MD模擬軟件，在模擬鹽水溶液氣液界面方面具有強大的技術(shù)支持。本案例基于GROMACS，研究氯化鈉氣液界面體系中離子和水分子的分布情況。

Sophia關(guān)鍵詞：GROMACS；冰；拉伸; 分子動力學(xué)模擬冰（尤其是六方冰?Ih）的微觀力學(xué)性能直接影響到極地工程、寒區(qū)交通、冷熱循環(huán)材料以及航空航天器在超低溫環(huán)境中的安全與可靠性。傳統(tǒng)宏觀實驗很難捕獲納米尺度下冰的裂紋萌生與氫鍵斷裂細節(jié)，而分子動力學(xué)（MD）模擬恰能在原子層面揭示這些本質(zhì)機理。

關(guān)鍵詞：頁巖油，分子動力學(xué)，lammps，gromacs，界面張力，最小混相壓力摘要：分子模擬方法在探究納米尺度下分子間相互作用方面展現(xiàn)出巨大的技術(shù)優(yōu)勢。因此，本文采用分子動力學(xué)模擬方法，研究礦物表面潤濕性。通過我這套LAMMPS, GROMACS代碼，你可以實現(xiàn)不同氛圍氣體，不同溫度下的潤濕性-接觸角計算。

基于Forcite模塊的分子動力學(xué)研究藥劑與礦物相互作用實例（一）關(guān)鍵詞：相互作用 MS Forcite 分子動力學(xué) 徑向分布 筆名：楊過Forcite模塊是分子動力學(xué)計算的主要模塊，研究范圍廣，可以對多種周期性體系進行計算分析，在礦物分選領(lǐng)域中主要是計算分析藥劑與礦物相互作用，在不同計算參數(shù)條件下可以實現(xiàn)藥劑與礦物相互作用模型的預(yù)測與分析，從而得到表面相互作用機理。

關(guān)鍵詞：頁巖油，分子動力學(xué)，lammps，gromacs，界面張力，最小混相壓力摘要：分子模擬方法在探究納米尺度下分子間相互作用方面展現(xiàn)出巨大的技術(shù)優(yōu)勢。因此，本文采用分子動力學(xué)模擬方法，研究體相CO2/原油的混相機理。通過我這套LAMMPS, GROMACS代碼，你可以實現(xiàn)不同氣體，不同油種類，不同溫度下的油氣界面張力和最小混相壓力計算。

關(guān)鍵詞：GROMACS；酒精-水混合物；互溶性；分子動力學(xué)；氫鍵分析背景介紹酒精與水的互溶行為在化學(xué)、材料、生物醫(yī)藥等多個領(lǐng)域中具有重要意義。例如，藥物溶液設(shè)計、溶劑工程、生物膜相互作用等都依賴于對醇-水體系微觀結(jié)構(gòu)的深入理解。傳統(tǒng)實驗雖然能觀察到宏觀性質(zhì)變化，但在分子尺度上的機理揭示仍需借助分子動力學(xué)模擬。

關(guān)鍵詞：Materials Studio，分子動力學(xué)模擬，均方位移，界面聚合通過界面聚合制備納濾膜的方法廣泛應(yīng)用與膜分離技術(shù)領(lǐng)域。該篇工作通過研究PIP單體在水中和PIP在PPTA水和中擴散的分子動力學(xué)模擬。

圖3煤樣的XRD分析 圖4煤樣分子結(jié)構(gòu)圖最后計算糊精抑制劑在煤樣、石英、高嶺石表面相互作用的分子動力學(xué)計算，采用Materials Studio 2019軟件中Forcite模塊對糊精與三種礦物相互作用模型進行搭建并計算。通過Build layers將優(yōu)化好的糊精添加到已經(jīng)擴胞優(yōu)化好的三種礦物完全解理面表面，并添加一定的真空層。

對體系進行分子動力學(xué)模擬。使用力場為文獻中常用的COMPASS力場，對體系分別進行200ps的NVT和200PS的NPT（可進行不同溫度以及壓力下的模擬）分子動力學(xué)模擬。對最終輸出的體系進行500PS的NVE分子動力學(xué)體系。收集其MSD和RDF，以及擴散系數(shù)。如圖為分子動力學(xué)模擬后的模型圖(部分圖)：4.

關(guān)鍵詞：黏度,周期擾動法，SPC/E水分子，分子動力學(xué)，lammps目前分子動力學(xué)計算黏度主要有以下方法：（1）基于 Green - Kubo 關(guān)系的方法。從微觀角度出發(fā)，利用壓力張量自相關(guān)函數(shù)積分計算黏度。理論基礎(chǔ)強，能考慮復(fù)雜微觀因素，但計算量極大，對計算機性能和時間要求高，積分上限選擇需謹(jǐn)慎。（2）愛因斯坦關(guān)系法。通過分析粒子擴散行為間接求黏度，依據(jù)愛因斯坦關(guān)系，由粒子擴散系數(shù)計算。

02SIMULIA SIMPACK Simpack是專家級機電系統(tǒng)運動學(xué)動力學(xué)仿真分析軟件，是世界上第一款采用完全遞歸算法、利用相對坐標(biāo)系建立模型的多體動力學(xué)軟件。利用Simpack軟件，可以描述并預(yù)測復(fù)雜機械系統(tǒng)的運動學(xué)及動力學(xué)性能，分析系統(tǒng)的振動特性、受力狀況以及零部件的運動位移、速度、加速度等。

分子動力學(xué)（MD）模擬能夠在原子尺度揭示高熵合金在循環(huán)載荷下的微觀過程，為理解其抗疲勞機理提供重要依據(jù)。然而，目前針對高熵合金在正弦波循環(huán)應(yīng)力下的MD研究仍較為有限，尤其是不同成分、溫度及加載頻率對疲勞行為的影響仍需深入探索。本研究擬通過分子動力學(xué)模擬，對其開展研究。