SCIGRESS--分子動(dòng)力學(xué)及多功能分子設(shè)計(jì)模擬軟件包

         SCIGRESS 先進(jìn)的分子建模和可視化功能使得研究者可以方便的導(dǎo)入多種實(shí)驗(yàn)方法所得的分子結(jié)構(gòu),也可以輕松的建立一個(gè)新的結(jié)構(gòu)。除了豐富的建模工具外, SCIGRESS也提供了強(qiáng)大的計(jì)算引擎和全面的分析工具。

         分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算引擎Materials Explorer是由日本FUJITSU公司開發(fā)的一種高效的商業(yè)化的多用途分子動(dòng)力學(xué)軟件包。Materials Explorer功能非常強(qiáng)大,有63個(gè)力場供選擇,可以用來研究有機(jī)物、高聚物、生物大分子、金屬、陶瓷材料、半導(dǎo)體等晶體、非晶體、溶液、流體、液體 和氣體的相變、膨脹、壓縮系數(shù)、抗張強(qiáng)度、粘度、熱導(dǎo)率、缺陷等。小分子藥物與生物大分子的對接以及小分子藥物的構(gòu)效關(guān)系一直是計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)中兩項(xiàng) 非常重要的內(nèi)容。Scigress繼承了CAChe的功能,提供了這兩項(xiàng)計(jì)算功能。此外,Scigress還包括了使用廣泛的半經(jīng)驗(yàn)量化計(jì)算模塊。通過 Scigress,研究者可以完成掃描分子勢能面,確定化學(xué)反應(yīng)機(jī)理,尋找反應(yīng)過渡態(tài),分析紅外紫外光譜,明確分子軌道中的電子躍遷,常規(guī)分子動(dòng)力學(xué)模 擬,計(jì)算眾多材料體系的力學(xué)與熱力學(xué)性質(zhì),模擬晶體的外延生長與表面吸附的動(dòng)態(tài)行為,預(yù)測小分子在多孔材料中的分布情況,列舉分子的低能構(gòu)象,建立藥物分 子的構(gòu)效關(guān)系模型,完成小分子藥物與生物靶標(biāo)的對接等多種科研任務(wù)。 

         SCIGRESS 實(shí)現(xiàn)了Client-Server 構(gòu)架。研究者可以簡便的利用位于Microsoft Windows 平臺(tái)下的界面進(jìn)行建模和結(jié)果分析,把大量的計(jì)算任務(wù)分配到服務(wù)器或計(jì)算集群中進(jìn)行。這樣就使得研究者可以對更大的體系進(jìn)行更精確的模擬計(jì)算。

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