蛋白抗體的案例
Rosetta從頭蛋白抗體設(shè)計(jì)、結(jié)構(gòu)優(yōu)化及在藥物研發(fā)中的應(yīng)用
蛋白-蛋白對(duì)接基礎(chǔ)
目標(biāo)：了解基于序列和基于結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)復(fù)合物預(yù)測(cè)手段。
7 Translat和rotation mover
7.1 Low resolution的全局搜索
7.2 High resolution的精細(xì)調(diào)整
7.3 FoldTree
AM10:00~10:50
七. 抗體設(shè)計(jì)
目標(biāo)：熟悉抗體模型預(yù)處理流程, 掌握RAbD常用命令
8 抗體結(jié)構(gòu)文件的處理
8.1 PyIgClassify
8.2 抗體抗原對(duì)接模型
8.3 CDR區(qū)優(yōu)化
8.4 Framework區(qū)優(yōu)化
案例實(shí)踐：? SSD和MSD設(shè)計(jì)任務(wù)
AM11:00~12:00
PM14:00~14:50
八. CartisenDDG 突變掃描 九. RosettaScript應(yīng)用
目標(biāo)：熟悉RosettaScript開(kāi)發(fā)流程，了解序列與結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì)原理，完成從頭蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)的操作練習(xí)。
展開(kāi) CADD、蛋白抗體設(shè)計(jì)、多組學(xué)如何入手,速看...（生物醫(yī)藥專(zhuān)題系列）
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【篇二】生物醫(yī)藥領(lǐng)域發(fā)文難？(CADD、ROSETTA、多組學(xué)）一區(qū)SCI墊腳石已備好！
rosetta從頭蛋白抗體設(shè)計(jì)、結(jié)構(gòu)優(yōu)化及在藥物研發(fā)中的應(yīng)用（篇二）
一. 從蛋白質(zhì)折疊到蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)
目標(biāo)：了解本方向內(nèi)容、理論基礎(chǔ)、研究意義。
1 蛋白質(zhì)折疊與結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)簡(jiǎn)介
1.1 主鏈二面角與二級(jí)結(jié)構(gòu)
1.2 側(cè)鏈堆積與三級(jí)結(jié)構(gòu)
2 蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)簡(jiǎn)介
2.1 蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)的分類(lèi)及應(yīng)用
am10:00~10:50
二. rosetta基礎(chǔ)
三. 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)viewer 、linux和python基礎(chǔ)教學(xué)
目標(biāo)：能夠使用vim編輯器簡(jiǎn)單編輯文件，能夠使用pymol或chimerax查看蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)。
3 pose/mover/scorefunction
4 linux 入門(mén)命令
4.1 用戶(hù)屬組及權(quán)限 目錄文件屬性
4.2 linux基礎(chǔ)命令 環(huán)境變量
4.3 shell常用命令練習(xí)
4.4 conda介紹
四．結(jié)構(gòu)擾動(dòng)與結(jié)構(gòu)優(yōu)化
五．序列設(shè)計(jì)packrotamer和fastdesign
目標(biāo)：了解rosetta封裝好的應(yīng)用（以relax為例）和rosettascript編寫(xiě)應(yīng)用（以pack/min/pack為例）。
5 minmover, mc mover, fastrelax mover
5.1 movemap
6 rosettascript組成和要素
6.1 filter residueselector taskoperation
6.2 dssp/disulfidize mover
第二天
六. 蛋白-蛋白對(duì)接基礎(chǔ)
目標(biāo)：了解基于序列和基于結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)復(fù)合物預(yù)測(cè)手段。
7 translat和rotation mover
7.1 low resolution的全局搜索
7.2 high resolution的精細(xì)調(diào)整
7.3 foldtree
七.
展開(kāi) 生物醫(yī)藥領(lǐng)域發(fā)文難？(CADD、ROSETTA、多組學(xué)）一區(qū)SCI墊腳石已備好！
基于 Rosetta系列算法的蛋白設(shè)計(jì)在過(guò)去十年中在創(chuàng)新蛋白藥物、抗體、疫苗、新型合成生物學(xué)元件及納米藥物等生物大分子研究領(lǐng)域中被廣泛使用。
《先進(jìn)材料》根特大學(xué)：陽(yáng)離子水凝膠誘導(dǎo)的細(xì)胞膜破壞使膜不透物的直接胞質(zhì)遞送成為可能
此外，HyPore 平臺(tái)能夠?qū)崿F(xiàn)功能蛋白的胞質(zhì)遞送，包括組蛋白結(jié)合納米抗體以及酶顆粒酶 A 和 Cre 重組酶。最后，與電穿孔相比，HyPore 介導(dǎo)的 MRI 造影劑釓布醇在原代人類(lèi) T 細(xì)胞中的傳遞顯著提高了它們的 T1 加權(quán) MRI 信號(hào)強(qiáng)度?？傊?，HyPore 被提議作為一種簡(jiǎn)單、高度通用且經(jīng)濟(jì)高效的技術(shù)，用于原代細(xì)胞和細(xì)胞系的高通量離體操作。
相關(guān)論文以題為
Hydrogel-Induced Cell Membrane Disruptions Enable Direct Cytosolic Delivery of Membrane-Impermeable Cargo
發(fā)表在《
Advanced
Materials
》上
。
【主圖導(dǎo)讀】
圖1
用于鑒定具有細(xì)胞溶質(zhì)大分子遞送能力的聚陽(yáng)離子材料的實(shí)驗(yàn)程序和定量分析的示意圖。
圖2
葡聚糖納米凝膠有效地在
HeLa 細(xì)胞中傳遞大分子。
圖3
葡聚糖納米凝膠的甲基丙烯酸酯取代度對(duì)
HeLa 細(xì)胞中大分子傳遞的影響。
圖4
葡聚糖納米凝膠陽(yáng)離子電荷對(duì)
HeLa 細(xì)胞中大分子傳遞的影響。
圖5
在
HeLa 細(xì)胞中納米凝膠介導(dǎo)的大分子傳遞需要交聯(lián)的水凝膠網(wǎng)絡(luò)。
圖6
葡聚糖納米凝膠可以有效地在
HeLa 細(xì)胞中輸送高達(dá)40 kDa 的 FITC 葡聚糖。
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