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復雜體系構建

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創(chuàng)建者:匿名 創(chuàng)建時間:2026-01-04
復雜體系構建圖1

復雜體系構建的實例教程

之前本公眾號介紹過GROMACS中膜蛋白體系構建。按照官方的介紹,通過將磷脂構象盒力場準備好,然后在模擬盒子內(nèi)進行磷脂的組裝,最后將蛋白嵌入在磷脂膜內(nèi)。上述步驟雖然可以較為準確的構建模擬體系,但是并不方便調(diào)整,例如磷脂多樣性的選擇以及膜蛋白在膜內(nèi)的位置和角度。本次向大家介紹一種方便的體系構建方法:利用CHARMM-GUI工具構建。 首先可以打開在線網(wǎng)站(https://charmm-gui.org/ ),找到輸入生成選項以及膜的構建選項。這里我們可以看到可以構建純磷脂膜體系,也可以構建膜蛋白-膜復合體系。在此我們以較為復雜的膜蛋白體系為例。 通過直接輸入蛋白的PDB ID。該網(wǎng)站就可以幫我們搜索到需要的蛋白 蛋白選擇之后,我們還可以選擇蛋白在膜內(nèi)的的旋轉(zhuǎn)角度和平移方向及距離。 點擊下一步驟之后,我們可以看到磷脂類型的選項。該工具可以非常方便的選擇不同比例的磷脂類型。在此選擇上下層膜都為50%的DOPC和50%的POPC。確定體系大小并點擊顯示體系信息之后,我們可以明確看到磷脂雙層膜的組成成分和數(shù)量。并進一步選擇體系中的離子濃度和類型。 在構建過程中,我們可以預覽體系構型,并根據(jù)實際情況進行位置和角度的調(diào)整。該工具另外一個非常方便的地方在于可以很好的產(chǎn)生對應的力場,不需要自己去繁瑣的改動和增加。在此我們可以選擇力場類型,模擬軟件,溫度和系綜等細節(jié)信息。 最后我們可以查看此工具生成的mdp文件、立場文件、構型等文件。確認無誤之后便可以進行類似于之前介紹過的模擬。在此需要注意,此處存在多個預平衡文件,因為膜蛋白體系比較復雜,所以需要逐漸對體系進項平衡,保持模擬穩(wěn)定性。
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之前,本公眾號介紹過一系列體系的模擬以及gromacs的使用辦法和教程。本次,將為大家介紹一種進階版的模型構建方法。 在之前的介紹中,我們了解到可以通過insert-molecules和editconf等命令構建模擬初始體系。例如構建一個大小為5 nm的盒子并添加指定數(shù)目的溶劑分子,溶劑分子在盒子內(nèi)隨機分布: gmx insert-molecules -ci AAA.gro -nmol 1000 -box 5 5 5 -o box.gro 但是如果需要對這個體系進行指定操作,例如不是隨機分布而是有規(guī)律的排列,此時可以用到genconf命令,對溶劑或者溶質(zhì)分子進行指定的操作: gmx genconf -f AAA.gro -nbox 8 8 8 -o box.gro 在這個命令中,我們對分子進行了定向排布,各方向上排列8個,呈陣列狀。 除此之外,目前還會經(jīng)常遇到的問題是兩相體系構建比如水油界面等體系。此時就需要進行兩相分開。對于初學者或者沒有一定編程能力的同學而言,這種體系較為復雜,不過我們還是可以轉(zhuǎn)換思路,通過gromacs的指令進行操作。
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中國有全球最大的交通路網(wǎng)、最大的人口基數(shù),中國的實際交通狀況紛繁復雜,適用于中國環(huán)境的駕駛場景數(shù)據(jù)更需要從真實世界數(shù)據(jù)出發(fā),建立豐富和全面的駕駛場景庫,從而解決智能駕駛面臨的長尾問題。從企業(yè)側(cè)及行業(yè)側(cè)的迫切需求及海量數(shù)據(jù)的實踐應用出發(fā),智能駕駛泛場景數(shù)據(jù)體系的建立迫在眉睫。 中汽數(shù)據(jù)有限公司(以下簡稱“中汽數(shù)據(jù)”)圍繞智能駕駛泛場景的應用與推廣,聚焦行業(yè)共性難題,從數(shù)據(jù)、場景、標準、評價多個維度展開研究及實踐,完成智能駕駛泛場景數(shù)據(jù)體系架構構建、跨仿真器通用場景數(shù)據(jù)驅(qū)動引擎工具鏈開發(fā),并以標準及白皮書等形式面向國際持續(xù)輸出“中國經(jīng)驗”,全方位促進智能駕駛技術研發(fā)落地。2022年3月4日,中汽數(shù)據(jù)面向全行業(yè)發(fā)布“智能駕駛場景數(shù)據(jù)體系”系列成果。 成果一:首次發(fā)布面向智能駕駛的泛場景數(shù)據(jù)體系架構 相對于傳統(tǒng)的“場景”概念,“泛場景”的概念是從基礎數(shù)據(jù)拓展到了業(yè)務應用,從智能駕駛系統(tǒng)核心安全理念出發(fā),覆蓋智能駕駛?cè)芷趹梅懂牎F渲校簣鼍皵?shù)據(jù)不僅支持智駕系統(tǒng)研發(fā)及驗證,而且貫穿從設計、研發(fā)、驗證,并將場景延續(xù)到智能駕駛多個上下游領域,支持智能網(wǎng)聯(lián)汽車全生命周期生產(chǎn)研發(fā)。 中汽數(shù)據(jù)發(fā)布的“面向智能駕駛的泛場景數(shù)據(jù)體系架構”,是以基礎數(shù)據(jù)及行業(yè)需求為出發(fā)點,通過場景環(huán)境數(shù)據(jù)、車輛信息及駕駛?cè)藛T信息等數(shù)據(jù)采集,數(shù)據(jù)清洗、數(shù)據(jù)標注、數(shù)據(jù)融合及數(shù)據(jù)分析等數(shù)據(jù)處理,打造包含功能場景庫、測試用例庫及訓練數(shù)據(jù)集的基礎場景庫,完善并豐富智能駕駛場景的現(xiàn)有理論。與傳統(tǒng)場景數(shù)據(jù)架構單純側(cè)重面向功能驗證不同,泛場景數(shù)據(jù)體系架構延伸到企業(yè)研發(fā)、行業(yè)管理及全業(yè)務應用領域,提出從設計、準入、研發(fā)到測試、驗證評價、再到制造、使用、應用的完整技術服務體系,實現(xiàn)企業(yè)與行業(yè)的優(yōu)勢互補。
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針對這些電廠普遍存在的問題,云酷科技從三個維度入手來搭建智慧安全體系:基于三維可視化的人員定位管控、設備監(jiān)控以及作業(yè)安全管控,分別對應人員安全、設備安全及作業(yè)安全。 人員安全:人員定位管控 人員安全是所有安全工作的前提,所有的安全工作都應以人為本。通過高精度UWB定位技術與虛擬現(xiàn)實技術、大數(shù)據(jù)分析、圖像識別以及人臉識別技術的融合,配合以三維模型的視覺輸出,實現(xiàn)動態(tài)的生產(chǎn)設備信息、人員基本信息、人員位置信息、生產(chǎn)作業(yè)信息全面監(jiān)控,做到人員安全的智慧化管理。 設備安全:鍋爐防磨防爆管控 云酷科技用信息技術賦能鍋爐防磨防爆傳統(tǒng)管理業(yè)務,通過三維可視化平臺,利用日常運行與檢查過程中的各類數(shù)據(jù),為運行、檢修人員的設備狀態(tài)監(jiān)控、劣化趨勢評估、防護措施選取、檢修工作安排等工作提供便捷的輔助工具,實現(xiàn)變被動應對為主動干預。 作業(yè)安全:安全全過程管控 安全全過程管控平臺通過動態(tài)標準安措庫、電子化風控庫等信息手段,形成涵蓋標準庫維護、現(xiàn)場作業(yè)風控學習、現(xiàn)場風控考試、現(xiàn)場安全痕跡記錄、事故分析與追溯等全閉環(huán)的安全管控體系,有效解決現(xiàn)場安全風險識別、現(xiàn)場作業(yè)安全執(zhí)行監(jiān)督以及安全管理責任劃分與追溯的管理目標,使外委人員的安全管理落到實處、變被動安全為主動安全。 智慧電廠概念寬泛,要想建成真正意義上的全面智慧電廠,不論是對電廠還是服務商來說,都還有很長的路要走。新技術的快速發(fā)展逐漸讓這條道路變得越來越寬也越來越短,例如5G技術、云計算技術等都已在智慧電廠建設中展露頭角,相信在不遠的將來,所有的電廠都會變成更高效、更環(huán)保、更安全的智慧電廠。
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通過大規(guī)模蒙特卡洛仿真,評估系統(tǒng)在這些隨機擾動下的性能表現(xiàn),并以統(tǒng)計指標(如失效概率、置信區(qū)間)來衡量驗證結果的置信度 04 構建持續(xù)迭代的可驗證仿真體系 實現(xiàn)高置信度的自動駕駛仿真并非一蹴而就的技術集成,而是一個持續(xù)迭代、系統(tǒng)化的工程過程。它要求我們從物理第一性原理出發(fā),深刻理解每一個環(huán)節(jié)的誤差來源,并為之設計可量化的驗證指標和標準化的閉環(huán)驗證流程。 本文提出的“三大挑戰(zhàn)”與“三大技術路徑”框架,旨在將抽象的“置信度”概念,分解為一系列具體的、可執(zhí)行的工程任務。通過對傳感器、靜態(tài)場景和動態(tài)場景進行分層驗證與模型對齊,我們可以逐步縮小仿真與現(xiàn)實之間的差距,最終構建一個物理可信、數(shù)據(jù)可依、工程可用的高置信度仿真驗證體系。只有這樣的體系,才能真正成為加速自動駕駛技術安全落地、提升研發(fā)效率的核心驅(qū)動力。 基于物理級的傳感器模型、高精度的自研渲染引擎與 GS 場景重建技術,aiSim 能夠精準還原真實傳感器輸入和復雜道路環(huán)境,并通過自適應場景泛化能力實現(xiàn)對不同城市、天氣與光照條件的穩(wěn)定遷移。依托這套可驗證的物理一致性框架,aiSim 有效縮小了仿真與現(xiàn)實之間的差距,構建了可工程落地的高置信度仿真體系
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復雜體系構建圖2

復雜體系構建的最新內(nèi)容

在橡膠制品(如密封件、輪胎、減震器)的開發(fā)中,高精度仿真已成為優(yōu)化設計、預測耐久性的核心環(huán)節(jié)。仿真結果的可靠性,根本上取決于輸入材料模型的準確性。 當前行業(yè)普遍的痛點在于:傳統(tǒng)的標準測試數(shù)據(jù),無法充分表征橡膠在實際復雜工況下的非線性、時間相關與疲勞損傷行為,導致仿真與實物性能存在顯著偏差。 為實現(xiàn)仿真驅(qū)動設計,關鍵在于構建一個精準、完備的材料參數(shù)體系。這要求測試方案必須超越基礎力學性能范疇
01 引言 隨著自動駕駛功能復雜度的指數(shù)級增長,單純依賴道路測試進行驗證的成本高昂、周期漫長且無法窮盡所有可能的邊緣場景。仿真測試因此成為研發(fā)流程中不可或缺的一環(huán),它能夠以低成本、高效率的方式大規(guī)模生成和復現(xiàn)高風險的“邊緣案例”與“關鍵場景”,從而加速算法的迭代與驗證。 然而,仿真的價值完全取決于其結果的置信度。一個高置信度的仿真平臺,其輸出應在統(tǒng)計意義上與真實世界的傳感器數(shù)據(jù)、車輛行為和環(huán)境交互保持一致
聚四氟乙烯(PTFE)作為一種典型的高分子材料,憑借其卓越的耐腐蝕性、低摩擦因數(shù)和化學穩(wěn)定性,經(jīng)常作為往復液壓密封件使用。 然而,由于其長期處于承載條件下,故產(chǎn)生的壓縮蠕變會引起尺寸的變化,發(fā)生密封件根部擠壓損壞現(xiàn)象,在密封系統(tǒng)中影響密封性能。壓縮蠕變和磨損均會引起PTFE材料尺寸的變化,因此,深入研究 PTFE 的壓縮蠕變機理,建立科學的檢測方法,對提升 PTFE 制品的工程可靠性具有重要意義
隨著光伏電站規(guī)模的不斷擴大和復雜度的提高,傳統(tǒng)的運維和管理方式已經(jīng)難以滿足現(xiàn)代光伏電站的需求。光伏智慧運維系統(tǒng)應運而生,構建高質(zhì)量管理體系。 一、光伏智慧運維系統(tǒng)的原理 主要包括能源監(jiān)測與數(shù)據(jù)采集、智能控制與優(yōu)化調(diào)度、信息化平臺與運維管理。 首先通過安裝在光伏電站上的監(jiān)測設備,可以實時采集光伏發(fā)電系統(tǒng)的各項數(shù)據(jù),包括電壓、電流、功率和溫度等。這些數(shù)據(jù)通過物聯(lián)網(wǎng)技術傳輸?shù)皆破脚_
Gromacs是目前廣泛使用的分子模擬軟件,其在生物、材料等領域的模擬表現(xiàn)出較為突出的優(yōu)勢。之前,本公眾號介紹過一系列體系的模擬以及gromacs的使用辦法和教程。本次,將為大家介紹一種進階版的模型構建方法。 在之前的介紹中,我們了解到可以通過insert-molecules和editconf等命令構建模擬初始體系。例如構建一個大小為5 nm的盒子并添加指定數(shù)目的溶劑分子,溶劑分子在盒子內(nèi)隨機分布
之前本公眾號介紹過GROMACS中膜蛋白體系的構建。按照官方的介紹,通過將磷脂構象盒力場準備好,然后在模擬盒子內(nèi)進行磷脂的組裝,最后將蛋白嵌入在磷脂膜內(nèi)。上述步驟雖然可以較為準確的構建模擬體系,但是并不方便調(diào)整,例如磷脂多樣性的選擇以及膜蛋白在膜內(nèi)的位置和角度。本次向大家介紹一種方便的體系構建方法:利用CHARMM-GUI工具構建。 首先可以打開在線網(wǎng)站(https://
智能駕駛是中國未來十年科技發(fā)展面臨的最重要的機遇之一。駕駛場景數(shù)據(jù)是智能駕駛技術產(chǎn)品研發(fā)、測試驗證及落地應用的關鍵基礎數(shù)據(jù)。中國有全球最大的交通路網(wǎng)、最大的人口基數(shù),中國的實際交通狀況紛繁復雜,適用于中國環(huán)境的駕駛場景數(shù)據(jù)更需要從真實世界數(shù)據(jù)出發(fā),建立豐富和全面的駕駛場景庫,從而解決智能駕駛面臨的長尾問題。從企業(yè)側(cè)及行業(yè)側(cè)的迫切需求及海量數(shù)據(jù)的實踐應用出發(fā),智能駕駛泛場景數(shù)據(jù)體系的建立迫在眉睫
1月24日,“仿真大講堂”第1期線上公益講座成功舉辦,本期報告題目為“復雜系統(tǒng)體系的建模與仿真—系統(tǒng)工程與仿真的融合”,由中國仿真學會制造系統(tǒng)仿真專業(yè)委員會主任委員、航天科工集團先進制造專家組副組長、復雜產(chǎn)品智能制造系統(tǒng)技術國家重點實驗室總技術負責人、“仿真大講堂”特邀專家朱文海老師主講。 在一個半小時時間里,朱文海老師圍繞“復雜系統(tǒng)體系的建模與仿真-系統(tǒng)工程與仿真的融合
水凝膠電解質(zhì)基柔性鋅離子混合電容器(ZIHCs)由于其集成了鋅電池和電容器的互補優(yōu)勢,正逐漸成為一種新興的、極具潛力的儲能設備。然而,鋅離子混合電容器仍面臨著能量密度和循環(huán)壽命之間失衡和鋅負極枝結晶的問題。與此同時,如何實現(xiàn)高性能的水凝膠電解質(zhì)仍然存在一些挑戰(zhàn):1)繁瑣的制備過程,需要長時間的高溫加熱(60-90 °C,
螺旋是自然界中普遍存在的一類精美且有序的結構實體。研究分子的螺旋自組裝不僅能夠助力我們理解天然手性的形成,也為我們制備手性傳感器、手性催化劑、手性光學器件提供有效方法。然而,目前大多數(shù)通過自下而上構建螺旋型組裝形態(tài)的報道都是采用傳統(tǒng)后組裝的方法,即將分子合成和分子組裝的過程從時間尺度上隔離開