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Gromacs是目前廣泛使用的分子模擬軟件，其在生物、材料等領域的模擬表現出較為突出的優勢。之前，本公眾號介紹過一系列體系的模擬以及gromacs的使用辦法和教程。本次，將為大家介紹一種進階版的模型構建方法。在之前的介紹中，我們了解到可以通過insert-molecules和editconf等命令構建模擬初始體系。

之前本公眾號介紹過GROMACS中膜蛋白體系的構建。按照官方的介紹，通過將磷脂構象盒力場準備好，然后在模擬盒子內進行磷脂的組裝，最后將蛋白嵌入在磷脂膜內。上述步驟雖然可以較為準確的構建模擬體系，但是并不方便調整，例如磷脂多樣性的選擇以及膜蛋白在膜內的位置和角度。本次向大家介紹一種方便的體系構建方法：利用CHARMM-GUI工具構建。

隨著計算機技術的發展和計算能力的提升，以模擬和計算的方式去探究實驗科學中無法看到的分子機制和細節對目前的科學研究具有極大的促進作用。在分子動力學模擬領域，Gromacs軟件表現出獨有的優勢。本次簡要介紹Gromacs的模擬流程和力場構建問題。 1. Gromacs模擬流程 1.1 結構準備 Gromacs的結構輸入文件主要為pdb和gro格式。

目前理論、模擬和實驗可謂解決科學問題的三輛并駕齊驅的馬車。今天以KALP15蛋白為例，主要介紹基于Gromacs進行膜蛋白體系的構建和模擬。1. 蛋白結構預處理。首先通過可視化軟件（VMD、pymol等）檢查結構文件中的分子成分，去除不需要的組分。然后通過pdb2gmx命令講原始結構文件進行轉換并選擇相應力場。2. 選擇合適的膜組分。

圖5 模擬過程中體系總能量的變化結語通過GROMACS模擬，本研究構建并分析了匹格列酮四聚體的自組裝行為，希望為相關科研與工程實踐提供有效參考。如果您對本案例感興趣，歡迎關注公眾號“320科技工作室”，獲取完整模擬案例與參數文件，或定制屬于您的個性化分子模擬方案！

在分子動力學的模擬研究中，一款開源、自由、免費的軟件GROMACS得到了廣泛的應用。. 它可以用于幾百萬個粒子體系的分子動力學模擬研究，特別是生物體系，比如磷脂雙分子層生物膜、蛋白質、藥物分子等。另外，GROMACS能夠非?？焖俚赜嬎惴擎I作用，因此也可用于非生物體系，如聚合物、一些有機物、無機物等。

而GROMACS作為高性能的開源MD模擬軟件，為研究油水界面張力、乳化劑作用、納米顆粒輔助分離等提供了強大的技術支持。本案例基于GROMACS，建立油水混合體系的分子動力學模型，模擬其在常溫下的自發相分離過程，并考察油分子的溶劑可及表面積的變化。初始模型的構建在本案例中，我們采用烷烴（正十六烷） 作為油相，構建一個油水混合初始體系。

結語通過GROMACS模擬，本研究構建并分析了乙醇-水混合體系的互溶行為，揭示了兩種液體互溶的內在機制。希望為相關科研與工程實踐提供有效參考。如果您對本案例感興趣，歡迎關注公眾號“320科技工作室”，獲取完整模擬案例與參數文件，或定制屬于您的個性化分子模擬方案！

GROMACS（GROningen MAchine for Chemical Simulations）是一款高效的分子動力學模擬軟件，廣泛應用于生物分子模擬、材料科學和化學反應動力學等領域。由于其高度優化的計算性能，GROMACS成為了研究液-液萃取過程和有機物分子行為的理想工具。二、初始模型的構建本案例主要探究乙醚有機物在水和甲苯之間的分配，模擬乙醚的萃取過程。

09動力學模擬成品模擬隨著兩個平衡階段的完成, 體系已經在需要的溫度和壓強下平衡好了。

初始模型的構建 在本案例中，我們模擬對象為氯化鈉水溶液-真空體系，水分子采用spce水模型。

1，初始模型構建：初始模型是 氣體-液體-氣體模型，使用PACKMOL構建2，選擇力場：CO2可用TRAPPE，EPM2力場，油用OPLS-AA力場3，進行分子動力學模擬：能量最小化-平衡動力學-生產動力學4，統計界面張力數據，還可分析密度分布，擴散系數，相互作用力參數等 5，提供LAMMPS in文件，data文件; GROMACS：mdp，top，inp

關鍵詞：頁巖油，分子動力學，lammps，gromacs，界面張力，最小混相壓力摘要：分子模擬方法在探究納米尺度下分子間相互作用方面展現出巨大的技術優勢。因此，本文采用分子動力學模擬方法，研究礦物表面潤濕性。通過我這套LAMMPS, GROMACS代碼，你可以實現不同氛圍氣體，不同溫度下的潤濕性-接觸角計算。

而GROMACS作為一種高效的開源MD模擬軟件，在模擬液體在外場影響下的行為方面具有強大的技術支持。本案例基于GROMACS，研究水分子在外加電場強度下的形狀演變。初始模型的構建在本案例中，我們模擬對象為純水納米水球，水分子采用spce水模型。

二、初始模型的構建在本案例中，我們模擬純水納米液滴的蒸發過程，水分子采用spce水模型。

借助?GROMACS?這一高性能開源 MD模擬軟件，我們在本案例中對?Ih冰進行拉伸模擬，可視化冰晶格在不同應變階段的演變，為設計抗脆裂冰結構與調控極端低溫材料性能提供前瞻性思路。初始模型的構建水的相圖非常復雜 (圖1)，而Ih型冰是常壓下冰的最穩定的晶型，因此在本案例中我們的研究對象為Ih型冰。

以Gromacs在北鯤云超算平臺完成溶菌酶在水中的動力學模擬為例整個步驟分為10步結構處理，文件上傳，生成拓撲文件，定義單位盒子并填充溶劑，添加離子，體系能量最小化，NVT平衡，NPT平衡，動力學模擬成品模擬的部分可以到我們以前發布的文章中查看。

力場生成后需要準確將力場文件以及對應的模擬參數文件逐個寫入top文件。如圖所示： 力場生成后我們可能還需要手動修改蛋白-配體結構文件。在此我們就可以通過使用對應命令來構建盒子并且添加溶劑。如圖所示 之后的模擬就可以按步驟利用對應的mdp文件生成tpr并且進行模擬。

Gromacs作為一個經典的分子動力學模擬軟件，因其精度高，使用便捷等優點被廣泛使用。眾所周知，在分子動力學模擬中，保證模擬結果精確性的最重要因素之一就是力場的準確性，尤其是非鍵相互作用和電荷的準確性。對于核酸和蛋白質等體系，Gromacs擁有自帶的力場包例如amber、charmm以及opls可以自動識別并提供相應的參數和電荷，這些參數經過開發者的測試具有較高準確性。

分子動力學簡介（gromacs軟件）1.1分子動力學基本原理1.2 linux 系統介紹1.3 分子動力學軟件介紹（gromacs）2. gromacs 進行分子動力學模擬2.1 配體分子的處理2.2 蛋白結構的處理2.3 修改蛋白坐標文件2.4修改拓撲文件2.5構建盒子并放入溶劑2.6平衡系統電荷2.7能量最小化2.8 nvt平衡2.9 npt平衡2.10 產出動力學模擬