分子生物學
關(guān)注創(chuàng)建者：匿名 創(chuàng)建時間：2026-01-04
分子生物學的視頻教程
Comsol紅細胞介電分選入門教程視頻
流式細胞分選是對細胞（或微粒）的物理、生理、生化、免疫、遺傳、分子生物學性狀及功能狀態(tài)等進行定性或定量檢測的一種現(xiàn)代細胞分析技術(shù)。 Comsol紅細胞介電分選入門教程操作視頻 感謝月聞同學建模錄制。
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J-OCTA分子動力學軟件概述
作為一種全球趨勢，不僅化工制造商，汽車、航空航天和電氣制造商也在將分子到微米尺度的模擬應用于材料設計。 本視頻我們將討論模擬方法和應用案例。J-OCTA是基于OCTA系統(tǒng)的，OCTA系統(tǒng)是20年前在日本作為國家項目開發(fā)的。J-OCTA與機器學習相結(jié)合，稱為材料信息學。與大家分享了J-OCTA的歷史、用戶趨勢和最新技術(shù)。
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【J-OCTA教程】1.1 J-OCTA分子動力學軟件概述.mp4
J-Octa分子動力學軟件概述 多尺度仿真技術(shù)是新材料研發(fā)的有效手段。作為一種全球趨勢，不僅化工制造商，汽車、航空航天和電氣制造商也在將分子到微米尺度的模擬應用于材料設計。 本視頻我們將討論模擬方法和應用案例。J-OCTA是基于OCTA系統(tǒng)的，OCTA系統(tǒng)是20年前在日本作為國家項目開發(fā)的。J-OCTA與機器學習相結(jié)合，稱為材料信息學。
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分子生物學的實例教程
分子生物學實驗室廣泛應用于大專院校教學、科研機構(gòu)以及醫(yī)療衛(wèi)生機構(gòu)的科學研究。在進行植物組織培養(yǎng)之前，需要全面了解所需的基本設備條件，以便靈活利用現(xiàn)有房屋或者進行新建、改建實驗室。實驗室的規(guī)模應根據(jù)工作目的和規(guī)模確定，避免規(guī)模太小影響效率，尤其是對于工廠化生產(chǎn)的目標而言。分子生物學實驗室的設計和規(guī)劃必須科學合理。中壹聯(lián)實驗室裝修公司小編將詳細闡述分子生物學實驗室設計的原則、各功能區(qū)布局及設備配置。
一、分子生物學實驗室設計原則
1.無菌操作保障：植物組織培養(yǎng)及大多數(shù)分子生物學實驗需要在嚴格的無菌條件下進行。實驗室設計的首要原則是確保無菌操作，從而防止污染。無菌操作不僅包括設備和器材的無菌，還涉及到操作環(huán)境的潔凈度。因此，在分子生物學實驗室設計時各區(qū)域的壓力控制和氣流組織形式必須科學合理，以防止交叉污染和氣溶膠傳播。
2.提高工作便利性：對分子生物學實驗室設計中實驗室布局要最大限度地提高工作的便利性和效率。合理的對空間進行利用和設備安排能減少實驗操作中的時間浪費和工作混亂，提高實驗的成功率和重復性。
3.資源節(jié)約與環(huán)境控制：植物組織培養(yǎng)需要人工控制溫度、光照、濕度等培養(yǎng)條件。在分子生物學實驗室建設時就應該要充分考慮到實驗室的節(jié)能環(huán)保，確保設備高效運作的同時，節(jié)省能源和資源。
二、分子生物學實驗室功能區(qū)布局
分子生物學實驗室由可以分為化學實驗室（準備室）、洗滌滅菌室、無菌操作室（接種室）、培養(yǎng)室、細胞學實驗室以及PCR實驗室等多個功能區(qū)。以下中壹聯(lián)實驗室裝修公司小編將詳細介紹每個功能區(qū)的具體設計和設備配置。
1.化學實驗室（準備室）
化學實驗室主要負責藥品的貯備、稱量、溶解、配制和培養(yǎng)基的分裝等工作。
展開 來源：生輝SynBio
作者：鄭集楊
有這樣一位研究人員，他本科畢業(yè)于應用化學系，博士獲得的是高分子物理的學歷，而在 2011 年回國后，他卻轉(zhuǎn)而從事起了微生物學的相關(guān)研究，在此期間，他又得以
與合成生物學結(jié)緣
并于 2017 年正式投身到了合成生物學的研究之中。
從高分子物理到微生物再到合成生物學，這一擁有高度交叉學科背景的研究人員，便是來自于中科院深圳先進院合成生物學研究所的
金帆研究員
。
金帆研究員，2002 年 7 月畢業(yè)于中國科學技術(shù)大學應用化學系，2007 年獲得了香港中文大學高分子物理化學專業(yè)的理學博士學位，師從吳奇院士。在回國工作之前，其還分別在伊利諾伊斯州大學香檳分校和 UCLA 開展過博士后的研究。歸國后的2011-2019年，其先在中國科學技術(shù)大學擔任教授后于2019年加入到了合成所。
圖丨金帆博士（來源：受訪者提供）
從高分子物理跨向合成生物學，在兩門交叉學科之中進行轉(zhuǎn)變的過程，金帆切身感受到了這兩門學科在研究基礎框架上的顯著差異：
“高分子物理與生物學在研究上的最大區(qū)別，在于高分子物理有著一套
明確的基礎理論框架
，而這個在生物學中是沒有的。從基礎理論框架出發(fā)的研究結(jié)果是
理性的、可理解的
，而生物學科目前還在現(xiàn)象上疲于奔命。”
展開 天然生物聚合物，在性能上可以與合成聚合物競爭，有時甚至超過合成聚合物。其中，基于蛋白質(zhì)的材料是一類應用十分廣泛的可持續(xù)材料。
基于此，來自芬蘭國家技術(shù)研究中心的Pezhman Mohammadi以及南洋理工大學的Ying Yu、Ali Miserez團隊共同
對基于蛋白質(zhì)的材料進行了全面綜述。
作者從歷史的角度開始這篇綜述，了解早期為獲得承載蛋白的主要序列所做的努力，然后是測序和蛋白質(zhì)組學技術(shù)的最新發(fā)展，這些技術(shù)極大地加速了細胞外蛋白的測序。接下來，作者介紹了四大類蛋白質(zhì)材料，即纖維材料、具有高可逆變形能力的生物彈性體、硬塊狀材料和生物粘合劑。在每一節(jié)中都專注于一級和二級結(jié)構(gòu)級別的設計，并討論它們與機械響應的相互作用（圖1）。
相關(guān)綜述論文以“Protein-Based Biological Materials: Molecular Design and Artificial Production”為題于2023年1月24日發(fā)表在《Chem. Rev.》上。
圖1 蛋白質(zhì)基生物材料的分子設計和人工生產(chǎn)
1. 細胞外蛋白質(zhì)的測序：歷史視角
在過去十年中，下一代測序(NGS)和蛋白質(zhì)組學技術(shù)及其相關(guān)生物信息學軟件的快速發(fā)展大大緩解了這些限制，提供了一系列加速發(fā)現(xiàn)的強大工具，尤其是在協(xié)同使用時。雖然這些先進的方法占據(jù)了蛋白質(zhì)發(fā)現(xiàn)的中心舞臺，但仍然需要傳統(tǒng)的生化和分子生物學方法來識別調(diào)節(jié)蛋白質(zhì)材料最終功能的重要分子特征，例如PTM或交聯(lián)化學。一旦獲得這些信息，再加上對序列-特性關(guān)系的深入了解，就可以將其轉(zhuǎn)化為通過DNA重組技術(shù)人工制造基于蛋白質(zhì)的材料。
展開 1-1 概述
2-1-蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能組成
2-2-蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能肽鍵和相互作用
2-3-蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能α螺旋和β片
2-4-蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能肽鍵和Ramachandran圖
2-5-蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能結(jié)合能
2-6-蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能蛋白質(zhì)如何折疊
2-7-蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能結(jié)構(gòu)水平
2-8-蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能功能水平
2-9-蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能酶動力學基本概念
3-1-可用的蛋白質(zhì)制備結(jié)構(gòu)
3-2-制備的蛋白質(zhì)制備結(jié)構(gòu)
3-3-蛋白質(zhì)制備同源性建模
3-4-蛋白制備穿線法
3-5-蛋白質(zhì)制備α折疊
3-6-PDB結(jié)構(gòu)的6-蛋白制備選擇
3-7-蛋白質(zhì)制劑缺失殘留問題
3-8-蛋白質(zhì)制備結(jié)構(gòu)驗證
4-1-分子對接算法
4-2-分子對接類型
4-3-分子對接模式
4-4-分子對接軟件
4-5-分子對接自動對接VINA高分子制劑
4-6-分子對接自動對接VINA配體制備
4-7-分子對接自動對接VINA網(wǎng)格制備
5-1-自動對接VINA腳本
5-2-自動對接VINA分析-I
5-3-Autodock VINA分析- II
6-1-虛擬篩選為什么它很重要
6-2-虛擬篩選簡要信息
6-3-虛擬篩選大分子和配體的制備
6-4-虛擬篩選網(wǎng)格準備
6-5-虛擬篩選ADMET分析
6-6-虛擬篩查Lipinksi五規(guī)則
6-7-虛擬篩查結(jié)果分析
6-8-虛擬篩選腳本
7-1-故障診斷問題
7-2-出版質(zhì)量圖制備
展開 此外，該學科還擁有葡萄生理與分子生物學實驗室、葡萄基因組學實驗室、葡萄酒化學實驗室、葡萄酒分析與質(zhì)量控制實驗室、國際標準的葡萄酒感官鑒評室和環(huán)境優(yōu)雅的葡萄酒文化傳播中心等，既可滿足日常教學需要，又可為本科生開展科技創(chuàng)新活動提供保證。
培養(yǎng)目標 本專業(yè)培養(yǎng)具有生物學、化學、現(xiàn)代釀酒葡萄學和葡萄酒釀造學、葡萄酒鑒賞、食品工程學、企業(yè)管理和市場營銷學的基本理論和技能，能在釀酒葡萄栽培與管理、葡萄酒釀造、生命科學及相關(guān)領域從事科研教學、生產(chǎn)設計與管理、貿(mào)易營銷、新技術(shù)、新產(chǎn)品研發(fā)的高級科學與工程技術(shù)人才和管理人才。
專業(yè)特色 葡萄與葡萄酒專業(yè)綜合了園藝學、生物工程、機械設備、食品科學與工程、感官品評學科的特色，屬于理、工、農(nóng)、人文交叉性的綜合學科專業(yè)，既具備了相關(guān)學科科學技術(shù)的前瞻性，又有獨特的工藝技術(shù)和深厚濃郁的文化內(nèi)涵。
主干課程 普通生物學、普通微生物學、分析化學、有機化學、植物生理學、生物化學、分子生物學、葡萄酒微生物學、葡萄酒化學、葡萄酒分析與質(zhì)量控制、釀酒葡萄品種學、釀酒葡萄栽培與生態(tài)學、葡萄酒釀造學、葡萄酒感官鑒評學、葡萄酒工程學、實用企業(yè)管理學、市場營銷學等。
所授學位 工學學士
就業(yè)方向 畢業(yè)后可從事酒類企業(yè)管理、葡萄酒生產(chǎn)、營銷貿(mào)易、文化推廣、新產(chǎn)品新技術(shù)開發(fā)等領域的工作，就業(yè)部門包括相關(guān)的國家機關(guān)、大專院校、科研院所、質(zhì)量技術(shù)檢測監(jiān)督、知識產(chǎn)權(quán)保護、產(chǎn)品策劃與設計、國際文化交流等。
深造情況 本學院擁有食品科學和工程一級學科博士學位授予點，設有6個二級學科博士學位授予點和7個碩士點，成績優(yōu)秀者可免試推薦攻讀研究生，部分可以碩博連讀或與國外大學聯(lián)合培養(yǎng)。
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分子生物學的最新內(nèi)容
關(guān)鍵詞：GROMACS；小分子；自組裝；分子動力學；回轉(zhuǎn)半徑
背景介紹
小分子自組裝過程廣泛存在于材料、生命與能源體系中，其微觀機理關(guān)乎膠束/囊泡形成、層狀有序相的出現(xiàn)以及功能納米結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性。相比僅觀察宏觀現(xiàn)象，分子動力學（MD）能在原子尺度直接揭示小分子的自組裝機理，直觀體現(xiàn)其自組裝過程，從而為藥物，納米材料設計提供理論依據(jù)。
本案例基于GROMACS軟件，模擬分析匹格列酮四聚體的分子自組裝過程
分子動力學模擬-礦物表面潤濕性1個月前
關(guān)鍵詞：頁巖油，分子動力學，lammps，gromacs，界面張力，最小混相壓力
摘要：分子模擬方法在探究納米尺度下分子間相互作用方面展現(xiàn)出巨大的技術(shù)優(yōu)勢。因此，本文采用分子動力學模擬方法，研究礦物表面潤濕性。
通過我這套LAMMPS, GROMACS代碼，你可以實現(xiàn)不同氛圍氣體，不同溫度下的潤濕性-接觸角計算。這套代碼還可以把氣體換成油，水中加入表面活性劑，助溶劑，離子等，進行研究。
光鑷是一種科學儀器，它利用高度聚焦的光束在亞微觀水平上操縱物體，可以用來抓取單個細胞或分子，因此在生物學、醫(yī)學和納米化學中有許多應用。
為了確保這些設置的正常功能，所用光束在整個聚焦過程中需要具有穩(wěn)定的結(jié)構(gòu)。雖然多種不同的基本高斯模式，Hermite或Laguerre高斯模式是該任務的良好選擇，但Chu等人首先提出的設置[Opt.
Sophia
關(guān)鍵詞：GROMACS；冰；拉伸; 分子動力學模擬
冰（尤其是六方冰?Ih）的微觀力學性能直接影響到極地工程、寒區(qū)交通、冷熱循環(huán)材料以及航空航天器在超低溫環(huán)境中的安全與可靠性。傳統(tǒng)宏觀實驗很難捕獲納米尺度下冰的裂紋萌生與氫鍵斷裂細節(jié)，而分子動力學（MD）模擬恰能在原子層面揭示這些本質(zhì)機理。借助?GROMACS?這一高性能開源 MD模擬軟件，我們在本案例中對?Ih冰進行拉伸模擬
關(guān)鍵詞：頁巖油，分子動力學，lammps，gromacs，界面張力，最小混相壓力
摘要：分子模擬方法在探究納米尺度下分子間相互作用方面展現(xiàn)出巨大的技術(shù)優(yōu)勢。因此，本文采用分子動力學模擬方法，研究體相CO2/原油的混相機理。
通過我這套LAMMPS, GROMACS代碼，你可以實現(xiàn)不同氣體，不同油種類，不同溫度下的油氣界面張力和最小混相壓力計算。這套代碼還可以把氣體換成水，在氣體/水中加入表面活性劑
關(guān)鍵詞：GROMACS；NaCl；氣液界面; 分子動力學；packmol
海水淡化、海氣相互作用及儲能電解質(zhì)等領域，需要研究鹽溶液在氣?液界面處的微觀結(jié)構(gòu)和動態(tài)行為。相比宏觀實驗，分子動力學（MD）模擬可直接揭示 Na+、Cl- 以及水分子在界面處的分布與取向，為理解表面張力、離子特異性（Hofmeister
1-1 概述
2-1-蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能組成
2-2-蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能肽鍵和相互作用
2-3-蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能α螺旋和β片
2-4-蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能肽鍵和Ramachandran圖
2-5-蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能結(jié)合能
2-6-蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能蛋白質(zhì)如何折疊
2-7-蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能結(jié)構(gòu)水平
2-8-蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能功能水平
關(guān)鍵詞：CP2K；烷烴；裂解；高溫；分子模擬
在有氧氣的情況下，物質(zhì)在高溫下發(fā)生的分解稱為燃燒，而在沒有氧氣的情況下則稱為熱解。烷烴的質(zhì)量越大，支鏈越多，熱解的速率通常也會越大。烷烴的裂解涉及到C-C和C-H鍵的斷裂，是自由基機理。本案例將通過CP2K軟件實現(xiàn)烷烴的熱解反應。
初始模型的構(gòu)建
首先通過packmol軟件將10個正葵烷插入到3*3*3 nm3的立方盒子中，輸入文件如圖1所示
關(guān)鍵詞：GROMACS；酒精-水混合物；互溶性；分子動力學；氫鍵分析
背景介紹
酒精與水的互溶行為在化學、材料、生物醫(yī)藥等多個領域中具有重要意義。例如，藥物溶液設計、溶劑工程、生物膜相互作用等都依賴于對醇-水體系微觀結(jié)構(gòu)的深入理解。傳統(tǒng)實驗雖然能觀察到宏觀性質(zhì)變化，但在分子尺度上的機理揭示仍需借助分子動力學模擬。
本案例基于GROMACS軟件，模擬分析乙醇-水混合液體系的互溶過程與氫鍵網(wǎng)絡特征
關(guān)鍵詞：CP2K；烷烴；裂解；高溫；分子模擬
在有氧氣的情況下，物質(zhì)在高溫下發(fā)生的分解稱為燃燒，而在沒有氧氣的情況下則稱為熱解。烷烴的質(zhì)量越大，支鏈越多，熱解的速率通常也會越大。烷烴的裂解涉及到C-C和C-H鍵的斷裂，是自由基機理。本案例將通過CP2K軟件實現(xiàn)烷烴的熱解反應。
初始模型的構(gòu)建
首先通過packmol軟件將10個正葵烷插入到3*3*3 nm3的立方盒子中，輸入文件如圖1所示
