計算生物學
關注創建者：Yanyan12345 創建時間：2023-01-31
計算生物學的視頻教程
fluent計算流體動力學
講解fluent基本仿真流程及常用仿真功能，包括前處理、材料設置、邊界條件設置、后處理、紊流等基礎知識和相關典型應用實例。
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計算生物學的實例教程
計算生物學和生物醫學國際學術會議（CBBS 2023）
會議官網：http://www.iccbbs.org/
會議時間：2023年8月12-14日
會議地點：湖北武漢
提交檢索：CPCI (WoS), CNKI, Google Scholar, WanFang Data, etc.
會議介紹
隨著計算機技術的發展，生物醫學信息學和計算生物學越來越受到學術界和工業專家的關注。作為一個跨學科的學術會議，CBBS 2023聚焦生物醫學的熱門研究領域，如計算生物學，計算生物學, 生物醫學機器人等， 旨在為計算生物學和生物醫學領域的學者和行業專家提供一個專業的國際交流平臺，促進行業內，行業間的學術交流，共同探討解決新問題，迎接新挑戰，進而激發新的想法和思路，提供更多的合作機會。
出版與檢索
CBBS 2023 錄用并展示的文章將由Atlantis Press出版, 并提交至CPCI (WoS), CNKI, Google Scholar, WanFang Data等數據庫檢索。
組委會成員
大會主席-陳銘教授，浙江大學生命科學學院教授，內蒙古民族大學生命科學與食品學院特聘院長，有豐富的期刊編輯、審稿和會議經驗。
大會主席-Y-h. Taguchi教授，來自日本東京中央大學，主要研究方向為主成分分析、基于張量分解的特征提取及其在生物信息學中的應用。
投稿主題
計算生物學算法 / 人工關節和器官 / 生物電子學 / 生物物理學 / 計算醫學……
投稿方式
作者請將全文或摘要通過郵箱投稿至info@iccbbs.org，并備注投稿人姓名，職稱，單位，常用電話/微信，或其他需求。
要求為全英文原創稿件，須嚴格按照模板排版后提交。摘要投稿僅做交流展示，不提供出版。
如有其他問題請致電13163283137
展開 它服務于生命科學領域的實驗生物學家、藥物化學家、結構生物學家、計算生物學家和計算化學家。為科學家提供易用的生物大分子模擬和藥物設計工具。通過高質量的圖形、多年驗證的技術以及集成的環境，Discovery Studio（DS）將實驗數據的保存、管理與專業水準的建模、模擬工具集成在一起，為研究隊伍的合作與信息共享提供平臺。
Discovery Studio的主要模擬功能：
· 生物大分子：蛋白/核酸的序列分析、蛋白進化分析、蛋白質三維結構的預測與模擬、蛋白質結構表面電荷分析及pKa值預測、膜蛋白的結構預測與模擬、抗體的設計與分析、蛋白理性設計、丙氨酸掃描（computational alanine scanning）、核酸的設計與模擬、蛋白聚集效應預測、蛋白（核酸）-蛋白（核酸）相互作用、X-ray晶體結構解析等
· 計算化學：分子力學計算和分子動力學模擬、量子力學/分子力學（QM/MM）計算等
· 基于靶標結構藥物設計：配體-靶標相互作用（分子對接）、全新藥物設計、me too， me better藥物設計、分子對接、基于結構的虛擬篩選、基于片段的藥物設計等
· 基于配體藥物設計部分：完全基于配體的藥效團設計、基于配體-受體復合物的藥效團設計、化合物數據庫的構建和篩選、藥效團數據庫的構建與保存、定量構效關系（QSAR/QSPR）、基于MMP的SAR分析等
· 有機小分子：虛擬組合化學庫的設計與分析、類藥性篩選、化合物構象搜索和分析、化合物ADMET性質預測等
· DS的應用領域：以小分子化合物、生物大分子的設計與模擬為核心，應用領域涵蓋藥物、化學、生物三大學科，研究領域包括：疾病的發病機理研究、新藥發現和設計、生物信息學、結構生物學、酶學、免疫學、病毒學、蛋白質工程、腫瘤研究等。
展開 CFD 預測和分析用于解釋周圍環境的影響，以增強這些生物模擬研究的確定性。
當癌細胞是惡性的時，其他身體部位會增殖，稱為轉移。這種癌細胞在骨骼中的擴散稱為骨轉移。使用 CFD 模型，可以研究流體剪切應力與癌細胞在支架上擴散之間的相關性。從 CFD 模擬中，觀察到腫瘤生長與骨間質流動之間存在直接相關性。該觀察結果可以使用生物模擬工具增強骨轉移的解決方案。
用于 CFD 預測和生物模擬的 Cadence 產品
計算流體動力學 (CFD) 是多物理場系統分析的一個方面，它使用數值模型模擬流體的行為及其熱力學特性。Cadence 強大的 CFD 套件 – Fidelity CFD可以解決多相流、不可壓縮和可壓縮流、層流、聲學、粒子跟蹤、燃燒現象、熱交換器、擴散、煙霧傳播等問題。我們的 CFD 工具套件已經存在了幾十年，專業化并與行業一起發展。
Cadence 致力于通過我們在計算軟件方面的核心競爭力推進系統創新。我們的計算流體動力學解決方案是履行這一承諾的重要組成部分。憑借業界領先的網格劃分方法，以及強大的求解器和后處理功能，您很快就會將計算流體動力學視為“Cadence 流體動力學”。Cadence 現在通過收購 OpenEye 將計算軟件的核心競爭力擴展到分子建模和模擬。
OpenEye是計算分子設計領域的行業領導者，開創了基于物理學的方法和云原生 Orion? 軟件平臺，以加速人類健康的進步。此次收購使制藥和生物技術公司能夠受益于更強大的藥物發現解決方案，這些解決方案將 OpenEye 的創新分子建模和仿真軟件解決方案與 Cadence 的算法和求解器專業知識、高效、廣泛的數據管理基礎設施以及領先的 AI/ML 和云解決方案相結合。
展開 第八屆全國計算生物學與生物信息學學術會議（NCCBB 2022）暨生物醫學大數據與人工智能大會于7月23日在廣東廣州隆重召開，作為Cloud-HPC的先行者，北鯤云參與本次大會，為參展觀眾展示了專業的生命科學行業云上高性能計算解決方案。
本屆大會匯集國內優秀專家、學者和產業界優秀人才，圍繞人工智能與多維組學大數據交叉融合的大會主題展開深入交流和討論。大會預計安排約100個會議報告，包括主旨報告、特邀專題報告、口頭報告、墻報等形式，將成為具有重要影響力的跨學科學術盛會。
北鯤云作為本次會議贊助商，在會場特設展位與各位專家學者共同探討前沿學科與科技的交叉領域。
今天是大會第一天，炎熱的天氣沒有阻擋各位前來參會的熱情，北鯤云展臺受到了眾多參會者的關注。北鯤云在云上的數字化研發平臺得到了參會者的廣泛肯定，大家紛紛表示希望北鯤云通過其豐富的行業服務經驗，為企業持續提供更加優質的云上高性能計算解決方案。
會議還將持續3天，北鯤云在現場準備了精美禮品等您來領取！期待您的蒞臨交流！
會議之后，北鯤云團隊還將與各業界專業人士進行更深度的交流與合作，讓我們拭目以待。
關于NCCBB 2022
第八屆全國計算生物學與生物信息學學術會議（NCCBB）暨生物醫學大數據與人工智能大會是由中國生物工程學會計算生物學與生物信息學專業委員會聯合中山大學中山眼科中心、中山大學中山醫學院和南方醫科大學等三家單位共同主辦的全國性計算生物學和生物信息學領域的高水平學術會議。會議將促進全國生物、藥學、農學、醫學與計算機等領域專家學者跨界交流與合作，打造前沿交叉科學交流平臺。
展開 在學會第四屆理事會第一次會議上，邊惠潔理事長對新一屆理事會的工作進行了部署，向積極參加科普活動的各單位頒發了“陜西省細胞生物學學會科普活動優秀獎”獎金和榮譽證書，并主持討論通過了成立學會第一個專業委員會的議題。崔洪勇副秘書長進行了中國細胞生物學學會2018年“諾貝爾獎解讀”活動的動員。
會議期間，中國細胞生物學學會細胞工程與轉基因生物分會召開了第三屆委員會第三次會議。分會會長、空軍軍醫大學邊惠潔教授向委員們匯報了近年來分會的工作和取得的成績，傳達了中國細胞生物學學會對分會工作的要求，向積極參加分會活動的各單位頒發了“科普活動優秀獎”獎金和榮譽證書。分會秘書長孔令敏副教授傳達了中國細胞生物學學會的科普工作精神和要求。
資料來源：中國細胞生物學學會官網，11月5日
展開 
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一套基于 MATLAB/Fortran 編寫的二維鍵基近場動力學（Bond-based Peridynamics）數值仿真代碼。程序采用經典的動態松弛算法（Dynamic Relaxation），將動力學方程轉化為解決準靜態問題的工具，模擬二維材料在單軸壓縮載荷下的響應及裂紋擴展過程。
準靜態模擬方案：利用動態松弛代碼，通過人為阻尼迭代，穩定求解準靜態單軸壓縮過程。
關鍵詞：頁巖油，分子動力學，lammps，gromacs，界面張力，最小混相壓力
摘要：分子模擬方法在探究納米尺度下分子間相互作用方面展現出巨大的技術優勢。因此，本文采用分子動力學模擬方法，研究體相CO2/原油的混相機理。
通過我這套LAMMPS, GROMACS代碼，你可以實現不同氣體，不同油種類，不同溫度下的油氣界面張力和最小混相壓力計算。這套代碼還可以把氣體換成水，在氣體/水中加入表面活性劑
1-1 概述
2-1-蛋白質結構和功能組成
2-2-蛋白質結構和功能肽鍵和相互作用
2-3-蛋白質結構和功能α螺旋和β片
2-4-蛋白質結構和功能肽鍵和Ramachandran圖
2-5-蛋白質結構和功能結合能
2-6-蛋白質結構和功能蛋白質如何折疊
2-7-蛋白質結構和功能結構水平
2-8-蛋白質結構和功能功能水平
該葉片的設計尺寸與GE 1.5XLE風力渦輪機相近，長度為42.3米。本模塊通過穩態單向流固耦合(FSI)分析，計算風力渦輪機葉片在氣動載荷作用下的變形。計算過程使用Fluent軟件，并包含計算結果和幾何文件……5
（1）mechanical
（2）Fluent
（3）耦合
聚碳酸酯(PC)是一種常用的工程塑料，具有優異的力學性能和化學性能。PC在加工、貯存和應用中都會與空氣接觸，外部環境極易對其結構和性能產生影響，使得材料發生不同程度的老化，影響其性能和服役壽命。
因此，本文基于高分子材料的老化動力學模型k=f(I)·f(H)·f(T)，式中f(I)為輻照對材料損傷的函數描述，f(H)為濕度對材料損傷的函數描述，f(T)為溫度對材料損傷的函數描述，老化速率
關鍵詞：黏度,周期擾動法，SPC/E水分子，分子動力學，lammps
目前分子動力學計算黏度主要有以下方法：（1）基于 Green - Kubo 關系的方法。從微觀角度出發，利用壓力張量自相關函數積分計算黏度。理論基礎強，能考慮復雜微觀因素，但計算量極大，對計算機性能和時間要求高，積分上限選擇需謹慎。（2）愛因斯坦關系法。通過分析粒子擴散行為間接求黏度，依據愛因斯坦關系，由粒子擴散系數計算。計算相對簡單
關鍵詞：pKa,高精度熱力學計算，DFT，Gaussian，量子化學
胺類化合物在化學、藥物化學和生物化學中扮演著重要角色，它們不僅廣泛應用于藥物設計、催化反應、環境污染治理等領域，而且其酸堿性質直接影響分子的溶解度、生物利用度和代謝途徑。因此，準確預測胺類分子的 pKa 值，對于理解其酸堿行為和調控其化學反應性具有重要意義。pKa 值反映了分子在水溶液中的酸性或堿性強度，通常通過實驗測定，但實驗方法常常受到溶劑效應
該案例重點關注用于計算流體動力學 (CFD) 模擬的動脈瘤網格劃分。流體模擬的網格是使用 ANSYS ICEM-CFD 工具生成的。其中包括 ICEM 文件以及 Fluent 和 CFX 的 CFD 網格文件。
該案例重點關注用于計算流體動力學 (CFD) 模擬的動脈瘤網格劃分。流體模擬的網格是使用 ANSYS ICEM-CFD 工具生成的。其中包括 ICEM 文件以及 Fluent 和 CFX 的 CFD 網格文件。
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分子生物學實驗室廣泛應用于大專院校教學、科研機構以及醫療衛生機構的科學研究。在進行植物組織培養之前，需要全面了解所需的基本設備條件，以便靈活利用現有房屋或者進行新建、改建實驗室。實驗室的規模應根據工作目的和規模確定，避免規模太小影響效率，尤其是對于工廠化生產的目標而言。分子生物學實驗室的設計和規劃必須科學合理。中壹聯實驗室裝修公司小編將詳細闡述分子生物學實驗室設計的原則、各功能區布局及設備配置
