超越PROTAC——基于功能效應物的異功能分子設計
多特異性分子,是一類通過誘導兩個或更多的蛋白質分子相互靠近,以提高治療潛力的藥物。自2001年,異功能分子以來吸引了越來越多的關注(圖1)。在這些異功能分子中,PROTACs就是其中最成功的的代表.
盡管PROTACs為小分子藥物設計開辟了一條新的途徑,但它們并不適用于所有的蛋白質類別。此外,PROTACs的效果取決于特定的E3連接酶亞基,因此受到E3表達的影響,這限制了它們在特定細胞類型的應用。因此,迫切需要開發更多招募其他效應物的異功能分子,以補充PROTACs的不足之處。
圖1. 用于藥物發現的異功能分子的演變的時間軸。
(圖片來源:J. Med. Chem.)
日前,Wang等發表于J. Med. Chem.評論性文章概述了一些成功開發的異功能分子和工作流程,并著重介紹了了目前的設計策略、優勢及待解決的問題。
除了UPS,自噬機制、內體/溶酶體、磷酸化途徑和核糖核酸酶(RNase)L也被發現可以降解靶蛋白或調節翻譯后修飾(PTMs),使這些細胞系統的組成部分成為設計異功能分子的潛在效應器。
圖2. 基于內源性效應物誘導降解或不同PTM效應的雙功能分子的機制。
(圖片來源:J. Med. Chem.)
1. 溶酶體募集的異功能分子——LYTACs
除了蛋白酶體,內體/溶酶體途徑也是一個重要的蛋白質降解平臺(圖3A)。與泛素介導的蛋白體降解相比,內體/溶酶體途徑作用于更廣泛的底物。在自然溶酶體降解機制的基礎上,LYTACs是通過將LTR配體與POI結合分子相連而設計的(圖3B)。理想情況下,LYTACs可以通過將POI與LTR橋接來發揮溶酶體作用,誘導溶酶體介導的降解(圖3C)。目前,已經成功開發第一代LYTACs(M6Pn-LYTAC)和第二代LYTACs(GalNAc-LYTACs)(圖3D)。
圖3. LYTACs和代表化合物的機制。(A)溶酶體的內源性吞噬過程。(B) LYTACs的合理設計。(C) LYTACs通過利用溶酶體的降解作用降解POI。(D)代表性LYTACs的化學結構和功能。
(圖片來源:J. Med. Chem.)
LYTACs的提出補充了PROTACs的功能,解決了PROTACs不能針對細胞外和膜相關POI的問題。LYTACs作為一種能夠擴大可降解蛋白范圍的有效工具,有著巨大的前景。考慮到LTR在大多數細胞表面廣泛表達,防止LYTACs針對只表達LTR而不表達靶標蛋白的細胞,提高LYTACs的選擇性和安全性也是亟待解決的問題。非特異性糖基修飾的抗體在小鼠體內會被迅速清除,確定如何調整LYTACs的藥代動力學以控制脫靶清除率是另一個需要解決的問題。因此,需要開發更有力的小分子LYTACs。
2. 自噬招募的異功能分子——AUTACs
自噬系統在溶酶體介導的細胞內物質的降解中起著主要作用。在自噬中,蛋白質的降解是從底物的基于S-鳥嘌呤化的K63聚泛素化開始的,然后泛素化的貨物被參與自噬體的受體識別,并在后續過程中被降解(圖4A)。基于自噬系統的重要功能,Arimoto小組提出了一種新型的異功能分子,稱為AUTAC;AUTAC通過招募自噬體選擇性地降解POI(圖4B)。
圖4. AUTACs和代表化合物的機制。(A) 通過自噬體途徑的內源性自噬過程。(B) AUTACs的合理設計。(C) AUTACs/AUTOTACs通過采用自噬體降解POI。(D) 代表性AUTACs/AUTOTACs的化學結構和功能。
(圖片來源:J. Med. Chem.)
第一代AUTACs選擇鳥嘌呤衍生物(cGMP)作為自噬標簽來誘導內源性S-鳥苷化。隨后,研究人員又開發了自噬靶向嵌合體(AUTOTACs),它可以直接將受體p62拴在POI上并誘導POI的選擇性自噬(圖4C,D)。
AUTACs/AUTOTACs的概念進一步擴大了異功能分子的POI范圍,包括聚集的蛋白質、細胞內的碎片,甚至受損的細胞器。然而,AUTACs的發展仍然面臨許多挑戰。例如,AUTACs的效率仍需提高、 AUTOTACs的持續性質需要進一步闡明、脫靶和選擇性問題仍有待闡釋,AUTACs對體內整體自噬過程的影響也有待于探索。最后,自噬的一些關鍵機制還不清楚。
3. 核酸酶誘導的異功能分子──RIBOTACs
RNAs,包括小RNAs,如microRNAs (miRNAs),短干擾RNAs (siRNAs),和長非編碼RNAs,在細胞過程中發揮著非常重要的作用。一個有希望的特異性降解RNA的新策略涉及被稱為RIBOTACs的異質功能分子,它由一個RNA靶向配體、一個RNase招募分子和兩個分子之間的連接體組成(圖5A)。RIBOTACs的功能是將內源性RNase招募到特定的RNA上,激活RNase并誘導目標RNA的選擇性裂解(圖5B)。
圖5. RIBOTACs的機制和代表化合物。(A) RIBOTACs的合理設計。(B)RIBOTACs通過激活和招募RNase L降解RNA。C)RNase L降解RNA的內源機制。(圖片來源:J. Med. Chem.)
RNase L是一種受調控的內切酶,可降解單鏈病毒和細胞RNA。RNase L的功能是二聚體,在ATP催化下,RNase L的非活性單體形式通過2′,5′-oligoadenylate調解而二聚(圖5C)。因此,合成的短的2′-5′A4寡核苷酸被用作RNase L招募劑,生成化合物2(12,圖5D),這是第一個RIBOTAC。
總的來說,RIBOTACs為通過調節mRNA來解決無法治愈的致病性蛋白質提供了一種替代策略。然而,對于RIBOTACs的優化,在滲透性、選擇性、脫靶問題等方面還需要更多的努力。
4. 蛋白質磷酸酶募集的異功能分子
──PHORCs/PhosTACs
磷酸化和去磷酸化是最重要的PTMs,因為它們參與調節多種生物功能。磷酸化是由激酶和蛋白磷酸酶可逆地介導的。激酶向靶標蛋白添加磷酸鹽基團,而蛋白磷酸酶從靶標蛋白上去除磷酸鹽基團(圖6A),Yamazoe等人 在2019年進行了一項概念驗證研究(圖6B)。該小組將PP1招募到AKT(化合物1(15)和化合物4a(16,第一個PHORC))和EGFR(化合物7(17),圖6D)。
圖6. PHORCs/PhosTACs的機制和代表化合物。(A) 磷酸化調節的機制和功能。(B) PHORCs的合理設計。(C) PHORCs通過招募磷酸酶對POI進行去磷酸化。(D) 代表性PHORCs的化學結構。
(圖片來源:J. Med. Chem.)
PHORCs已成為通過改變POI的磷酸化狀態而不是其表達水平來精確調節POI功能的有效工具,為避免PROTAC誘導的蛋白質降解而可能產生的副作用提供了解決途徑。然而,在PHORCs的開發中仍有許多問題需要解決,PHORCs的一些機制仍需精確闡明、非本地底物的去磷酸化、蛋白磷酸酶配體的相對短缺以及需要考慮PHORCs的可藥性。
5. 激酶募集的異功能分子──PHICS
2020年,PHICS被提出為一種由激酶激活劑、POI結合劑和化學連接劑形成的異功能分子(圖7A),它通過誘導底物的易位使其接近而招募激酶來磷酸化POI(圖7B)。PHICS1(20)和PHICS2(21)是第一個設計的PHICS,分別采用內源性絲氨酸/蘇氨酸激酶AMPK和PKC,使BRD4磷酸化;其他一些PHICS也相繼被開發出來(圖7C)。
在激酶招募機制的基礎上,PHICS可以成為調節POI磷酸化狀態的有效工具,它將保留雙功能分子的一些優勢,如同種異體的特異性、高選擇性和快速動力學。此外,它們在重塑激酶特異性方面具更大潛力,可以調節上游激酶未被披露的POI的磷酸化。盡管如此,與靶向蛋白降解相比,只有少數PHICS被開發出來進行概念驗證。它們在體內的效力和可藥性仍有待驗證。
圖7. PHICS的機制和代表化合物。(A) PHICS的合理設計。(B) PHICS通過招募激酶對POI進行磷酸化。(C) 代表性PHICS的化學結構和功能。
(圖片來源:J. Med. Chem.)
6. 乙酰轉移酶募集的異功能分子──AceTAGs
賴氨酸乙酰化和去乙酰化的動態平衡是由賴氨酸乙酰轉移酶(KATs,將乙酰基從乙酰CoA轉移到賴氨酸)和賴氨酸去乙酰化酶(KDACs,將乙酰基從乙酰賴氨酸中去除)相互控制。KATs和KDACs的失調導致了各種疾病,如癌癥、神經退行性疾病、自身免疫性疾病和代謝性疾病(圖8A)。為了實現乙酰化調控,Wang等人提出了一個乙酰化標簽系統AceTAG,通過異功能分子誘導靶蛋白的乙酰化。第一個AceTAG利用了一個與FKBP12F36V結合配體相連的KAT抑制劑(圖8B)。這些異功能分子調節了內源性KATs和FKBP12F36V標記的POI之間的距離,從而誘導了基于底物接近的乙酰化(圖8C)。
圖8. AceTAGs和代表化合物的機制。(A) 乙酰化調節的機制和功能。(B) AceTAGs的合理設計。(C) AceTAG通過招募KATs誘導乙酰化。(D)代表性AceTAGs的化學結構。
(圖片來源:J. Med. Chem.)
展 望 未 來
目前,異功能分子正在成為新藥開發最受關注的領域之一。但作者也表示,這一領域也具有諸多挑戰。未來對異功能分子的研究將主要集中在以下幾點:
(1)需要更深入的機制研究,包括嵌合分子對POI的特異性和嵌合分子誘導的三元復合體形成的動力學。
(2)需要通過開發高親和力和選擇性配體來提高異功能分子的活性。
(3)這些異質功能分子的可藥性是另一個重要的研究方向。
(4)從長遠來看,需要付出更多的精力去開發能招募更多內源性效應物的異功能分子,進一步豐富靶點調控的內容,如調節分子伴侶、甲基化、脂化、免疫檢查點和DNA合成。
參考文獻
Beyond Proteolysis-Targeting Chimeric Molecules: Designing Heterobifunctional Molecules Based on Functional Effectors. J. Med. Chem. 2022, 65, 12, 8091–8112
END
文章來源:博藥
編輯:三 七
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