生物大分子結(jié)構(gòu)解析
關(guān)注創(chuàng)建者：匿名 創(chuàng)建時(shí)間：2026-01-04
生物大分子結(jié)構(gòu)解析的視頻教程
ABAQUS鋼結(jié)構(gòu)經(jīng)典案例及重點(diǎn)難點(diǎn)解析大合集（不斷更新和增加）
（本視頻未完結(jié)，為合集，將包含大部分鋼結(jié)構(gòu)模擬中的重點(diǎn)和難點(diǎn)，價(jià)格會隨著更新課程數(shù)量增加而提高，欲購從速，早買早受益） 微信：twlong2018
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生物大分子結(jié)構(gòu)解析的實(shí)例教程
1-1 概述
2-1-蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能組成
2-2-蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能肽鍵和相互作用
2-3-蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能α螺旋和β片
2-4-蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能肽鍵和Ramachandran圖
2-5-蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能結(jié)合能
2-6-蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能蛋白質(zhì)如何折疊
2-7-蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能結(jié)構(gòu)水平
2-8-蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能功能水平
2-9-蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能酶動力學(xué)基本概念
3-1-可用的蛋白質(zhì)制備結(jié)構(gòu)
3-2-制備的蛋白質(zhì)制備結(jié)構(gòu)
3-3-蛋白質(zhì)制備同源性建模
3-4-蛋白制備穿線法
3-5-蛋白質(zhì)制備α折疊
3-6-PDB結(jié)構(gòu)的6-蛋白制備選擇
3-7-蛋白質(zhì)制劑缺失殘留問題
3-8-蛋白質(zhì)制備結(jié)構(gòu)驗(yàn)證
4-1-分子對接算法
4-2-分子對接類型
4-3-分子對接模式
4-4-分子對接軟件
4-5-分子對接自動對接VINA高分子制劑
4-6-分子對接自動對接VINA配體制備
4-7-分子對接自動對接VINA網(wǎng)格制備
5-1-自動對接VINA腳本
5-2-自動對接VINA分析-I
5-3-Autodock VINA分析- II
6-1-虛擬篩選為什么它很重要
6-2-虛擬篩選簡要信息
6-3-虛擬篩選大分子和配體的制備
6-4-虛擬篩選網(wǎng)格準(zhǔn)備
6-5-虛擬篩選ADMET分析
6-6-虛擬篩查Lipinksi五規(guī)則
6-7-虛擬篩查結(jié)果分析
6-8-虛擬篩選腳本
7-1-故障診斷問題
7-2-出版質(zhì)量圖制備
展開 Discovery Studio的主要模擬功能：
· 生物大分子：蛋白/核酸的序列分析、蛋白進(jìn)化分析、蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的預(yù)測與模擬、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)表面電荷分析及pKa值預(yù)測、膜蛋白的結(jié)構(gòu)預(yù)測與模擬、抗體的設(shè)計(jì)與分析、蛋白理性設(shè)計(jì)、丙氨酸掃描（computational alanine scanning）、核酸的設(shè)計(jì)與模擬、蛋白聚集效應(yīng)預(yù)測、蛋白（核酸）-蛋白（核酸）相互作用、X-ray晶體結(jié)構(gòu)解析等
· 計(jì)算化學(xué)：分子力學(xué)計(jì)算和分子動力學(xué)模擬、量子力學(xué)/分子力學(xué)（QM/MM）計(jì)算等
· 基于靶標(biāo)結(jié)構(gòu)藥物設(shè)計(jì)：配體-靶標(biāo)相互作用（分子對接）、全新藥物設(shè)計(jì)、me too， me better藥物設(shè)計(jì)、分子對接、基于結(jié)構(gòu)的虛擬篩選、基于片段的藥物設(shè)計(jì)等
· 基于配體藥物設(shè)計(jì)部分：完全基于配體的藥效團(tuán)設(shè)計(jì)、基于配體-受體復(fù)合物的藥效團(tuán)設(shè)計(jì)、化合物數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建和篩選、藥效團(tuán)數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建與保存、定量構(gòu)效關(guān)系（QSAR/QSPR）、基于MMP的SAR分析等
· 有機(jī)小分子：虛擬組合化學(xué)庫的設(shè)計(jì)與分析、類藥性篩選、化合物構(gòu)象搜索和分析、化合物ADMET性質(zhì)預(yù)測等
· DS的應(yīng)用領(lǐng)域：以小分子化合物、生物大分子的設(shè)計(jì)與模擬為核心，應(yīng)用領(lǐng)域涵蓋藥物、化學(xué)、生物三大學(xué)科，研究領(lǐng)域包括：疾病的發(fā)病機(jī)理研究、新藥發(fā)現(xiàn)和設(shè)計(jì)、生物信息學(xué)、結(jié)構(gòu)生物學(xué)、酶學(xué)、免疫學(xué)、病毒學(xué)、蛋白質(zhì)工程、腫瘤研究等。
· DS的易用性：DS界面友好、可定制且呈多視窗交互式，一鍵式鼠標(biāo)操作、操作簡便，易于使用，且支持“服務(wù)器（Server）-客戶端（Client）”模式，使得科研人員能夠最方便且最大限度地實(shí)現(xiàn)計(jì)算資源共享。
· DS的可擴(kuò)展性：基于領(lǐng)先的科學(xué)信息處理平臺Pipeline PilotTM（PP）建立起來的Discovery Studio軟件讓數(shù)據(jù)的共享和交流變得更為方便和簡潔。
展開 A》武大段博/川大傅強(qiáng)：拉伸誘導(dǎo)取向，高強(qiáng)度和導(dǎo)熱的纖維素/氮化硼薄膜水凝膠
《大分子》浙大吳子良/鄭強(qiáng)/杜淼，華工孫桃林：氫鍵締合介導(dǎo)的韌性超分子水凝膠的動力學(xué)和粘彈性
南開大學(xué)孫平川《ACS Macro Letters》生物啟發(fā)的聚氨酯，具有帶有協(xié)同動態(tài)鍵的多功能嵌段模塊
將可注射水凝膠HA-Tyr-PUE作為載體與負(fù)載rBMSCs的PCB-PEG微凝膠混合，即HA-Tyr-PUE@rBMSCs@microgels注射到 MI 后的大鼠心肌梗死區(qū)，由于該凝膠體系對梗死區(qū)微環(huán)境的調(diào)節(jié)和干細(xì)胞旁分泌作用，纖維化減少，心室壁厚度增加，新生血管形成能力提高，顯著恢復(fù)了心臟功能和心室結(jié)構(gòu)（圖2）。這種裝載維持干性的rBMSCs@microgels和具有ROS清除能力的中草藥交聯(lián)生物大分子水凝膠，可以擴(kuò)展到設(shè)計(jì)不同的自適應(yīng)治療載體以促進(jìn)組織再生和功能恢復(fù)。
Fig. 2. Fluorescent images (a) and quantitative analysis (d) of Tunel positive cells at the infarcted area in various groups. Representative immunofluorescent images and quantitative analysis of CD68 (red, b and e) and CD206 (red, c and f) for the characterization of inflammation in vivo. Cardiac function parameters of different groups, g) EF, h) FS, i) EDV, and j) ESV at 28 days post-surgery. k) Representative M-mode images by echocardiography.
展開 Studart教授及化學(xué)系Hansj?rg Grützmacher教授報(bào)道了基于液態(tài)大分子光引發(fā)劑的生物可降解彈性體的無溶劑3D打印，其力學(xué)性能和可降解能力完全不受DLP打印中常用反應(yīng)性稀釋劑的影響。利用可加熱DLP打印機(jī)，成功實(shí)現(xiàn)了較高分子量可降解聚合物的無溶劑3D打印。
圖1. 無溶劑可降解聚合物3D打印體系的設(shè)計(jì)與打印展示
研究人員通過功能化光引發(fā)劑分子引發(fā)D,L-丙交酯和ε-己內(nèi)酯兩種單體無規(guī)共聚制備了兩種不同結(jié)構(gòu)的液態(tài)大分子光引發(fā)劑。其與3D打印可降解聚合物具有良好的相容性，可以在不添加任何助溶劑的條件下快速制備樹脂。在前期工作的基礎(chǔ)上（Science Advances, 2021, 7, eabe9499），利用該引發(fā)劑打印了一系列具有不同分子量的可降解光聚合物，并研究了力學(xué)性能和降解能力的分子量依賴性，有效避免了常規(guī)溶劑或稀釋劑對于性能的影響。研究人員進(jìn)一步測試了這種大分子光引發(fā)劑對于其他種類光固化材料的打印效果，結(jié)果顯示其與不同材料均具有良好的相容性，可以實(shí)現(xiàn)高質(zhì)量的無溶劑3D打印。并且利用半結(jié)晶聚合物——甲基丙烯酸脂功能化的聚ε-己內(nèi)酯實(shí)現(xiàn)了形狀記憶彈性體的增材制造。
圖2. 不同材料的3D打印效果
相關(guān)結(jié)果在線發(fā)表于Macromolecules （DOI: 10.1021/acs.macromol.1c00856）。ETH藥學(xué)系碩士生Matthias Sandmeier與博士生Nevena Paunovic為共同第一作者。Jean-Christophe Leroux教授和鮑寅寅研究員為文章的共同通訊作者。
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1-1 概述
2-1-蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能組成
2-2-蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能肽鍵和相互作用
2-3-蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能α螺旋和β片
2-4-蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能肽鍵和Ramachandran圖
2-5-蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能結(jié)合能
2-6-蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能蛋白質(zhì)如何折疊
2-7-蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能結(jié)構(gòu)水平
2-8-蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能功能水平
由冠狀動脈閉塞引起的急性心肌梗死 (MI)在全球具有較高的發(fā)病率和死亡率。MI發(fā)生后，梗死區(qū)微環(huán)境發(fā)生嚴(yán)重變化，如血供不足、活性氧（ROS）過量產(chǎn)生、缺氧等。將載有治療性細(xì)胞的水凝膠注射到梗塞區(qū)域已顯示出治療
與醫(yī)學(xué)成像相結(jié)合，3D打印技術(shù)為個(gè)性化醫(yī)療器械及可降解植入物的快速制造提供了前所未有的機(jī)遇，尤其是基于光聚合的增材制造可以達(dá)到最優(yōu)的分辨率和表面質(zhì)量，例如數(shù)字光處理技術(shù)（DLP）。可惜的是，常用的可降解DLP打印材料一般利用低聚物溶于大量溶劑或稀釋劑以滿足液體樹脂的打印參數(shù)，
【科研摘要】
基于生物分子的納米結(jié)構(gòu)具有固有的多功能性，并具有多種生物活性，可用于癌癥納米醫(yī)學(xué)。可以精確地編程生物分子的超分子特性，以設(shè)計(jì)智能藥物傳遞載體，從而在單個(gè)設(shè)計(jì)中實(shí)現(xiàn)體內(nèi)有效傳遞，靶向藥物傳遞和組合療法。最近，
國家納米科學(xué)中心
聶廣軍教授
團(tuán)隊(duì)在《
Nature Reviews Materials
》上發(fā)表了題為
Multifunctional
由于實(shí)體瘤組織的高滲透長滯留（Enhanced permeability and retention effect，EPR）效應(yīng)，納米顆粒/藥物常具有明顯的腫瘤蓄積能力，因此納米顆粒/藥物成為了診斷、治療甚至根除腫瘤的常用手段。開發(fā)具有增強(qiáng)的被動腫瘤靶向作用的納米平臺對癌癥納米醫(yī)學(xué)應(yīng)用至關(guān)重要。
鋼結(jié)構(gòu)分析千變?nèi)f化，但是其中包含的知識點(diǎn)卻有限。為大家學(xué)習(xí)和工作中都能用得到，講解鋼結(jié)構(gòu)中經(jīng)典案例詳細(xì)操作 + 知識點(diǎn)講解，把平時(shí)操作的經(jīng)驗(yàn)干貨講出來，讓各位學(xué)習(xí)者少走彎路。
本課程特點(diǎn)：詳細(xì)-視頻中的講解十分詳細(xì)，跟著本視頻中建模和分析一步一步來，就可以得到完美結(jié)果，一學(xué)就會）；延伸-深入講解原理性的東西，在做模型的同時(shí)，掌握原理就可以舉一反三，遇到類似問題的時(shí)候也會自己建模分析。
在實(shí)例中解讀空間結(jié)構(gòu)關(guān)鍵性問題
課程背景
大跨度空間結(jié)構(gòu)是國家建筑科學(xué)技術(shù)發(fā)展水平的重要標(biāo)志之一。世界各國對空間結(jié)構(gòu)的研究和發(fā)展都極為重視，例如國際性的博覽會、奧運(yùn)會、亞運(yùn)會等，各國都以新型的空間結(jié)構(gòu)來展示本國的建筑科學(xué)技術(shù)水平，空間結(jié)構(gòu)已經(jīng)成為衡量一個(gè)國家建筑技術(shù)水平高低的標(biāo)志之一
Discovery Studio? (簡稱DS), 是基于Windows/Linux系統(tǒng)和個(gè)人電腦、面向生命科學(xué)領(lǐng)域的新一代分子建模和模擬平臺。它服務(wù)于生命科學(xué)領(lǐng)域的實(shí)驗(yàn)生物學(xué)家、藥物化學(xué)家、結(jié)構(gòu)生物學(xué)家、計(jì)算生物學(xué)家和計(jì)算化學(xué)家。為科學(xué)家提供易用的生物大分子模擬和藥物設(shè)計(jì)工具。通過高質(zhì)量的圖形、多年驗(yàn)證的技術(shù)以及集成的環(huán)境，Discovery Studio（DS）將實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的保存、管理與專業(yè)水準(zhǔn)的建模
