Discovery Studio? (簡稱DS), 是基于Windows/Linux系統(tǒng)和個人電腦、面向生命科學(xué)領(lǐng)域的新一代分子建模和模擬平臺。它服務(wù)于生命科學(xué)領(lǐng)域的實驗生物學(xué)家、藥物化學(xué)家、結(jié)構(gòu)生物學(xué)家、計算生物學(xué)家和計算化學(xué)家。為科學(xué)家提供易用的生物大分子模擬和藥物設(shè)計工具。通過高質(zhì)量的圖形、多年驗證的技術(shù)以及集成的環(huán)境，Discovery Studio（DS）將實驗數(shù)據(jù)的保存、管理與專業(yè)水準(zhǔn)的建模、模擬工具集成在一起，為研究隊伍的合作與信息共享提供平臺。

Discovery Studio的主要模擬功能：

·  生物大分子：蛋白/核酸的序列分析、蛋白進化分析、蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的預(yù)測與模擬、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)表面電荷分析及pKa值預(yù)測、膜蛋白的結(jié)構(gòu)預(yù)測與模擬、抗體的設(shè)計與分析、蛋白理性設(shè)計、丙氨酸掃描（computational alanine scanning）、核酸的設(shè)計與模擬、蛋白聚集效應(yīng)預(yù)測、蛋白（核酸）-蛋白（核酸）相互作用、X-ray晶體結(jié)構(gòu)解析等

·  計算化學(xué)：分子力學(xué)計算和分子動力學(xué)模擬、量子力學(xué)/分子力學(xué)（QM/MM）計算等

·  基于靶標(biāo)結(jié)構(gòu)藥物設(shè)計：配體-靶標(biāo)相互作用（分子對接）、全新藥物設(shè)計、me too， me better藥物設(shè)計、分子對接、基于結(jié)構(gòu)的虛擬篩選、基于片段的藥物設(shè)計等

·  基于配體藥物設(shè)計部分：完全基于配體的藥效團設(shè)計、基于配體-受體復(fù)合物的藥效團設(shè)計、化合物數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建和篩選、藥效團數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建與保存、定量構(gòu)效關(guān)系（QSAR/QSPR）、基于MMP的SAR分析等

·  有機小分子：虛擬組合化學(xué)庫的設(shè)計與分析、類藥性篩選、化合物構(gòu)象搜索和分析、化合物ADMET性質(zhì)預(yù)測等

·  DS的應(yīng)用領(lǐng)域：以小分子化合物、生物大分子的設(shè)計與模擬為核心，應(yīng)用領(lǐng)域涵蓋藥物、化學(xué)、生物三大學(xué)科，研究領(lǐng)域包括：疾病的發(fā)病機理研究、新藥發(fā)現(xiàn)和設(shè)計、生物信息學(xué)、結(jié)構(gòu)生物學(xué)、酶學(xué)、免疫學(xué)、病毒學(xué)、蛋白質(zhì)工程、腫瘤研究等。

·  DS的易用性：DS界面友好、可定制且呈多視窗交互式，一鍵式鼠標(biāo)操作、操作簡便，易于使用，且支持“服務(wù)器（Server）-客戶端（Client）”模式，使得科研人員能夠最方便且最大限度地實現(xiàn)計算資源共享。

·  DS的可擴展性：基于領(lǐng)先的科學(xué)信息處理平臺Pipeline PilotTM（PP）建立起來的Discovery Studio軟件讓數(shù)據(jù)的共享和交流變得更為方便和簡潔。DS中的部分功能流程(protocols)可以在Pipeline Pilot中進行編輯和組合，編輯組合而得的新流程可以導(dǎo)入 Discovery Studio中使用，也可以通過web形式共享研究成果，這樣使得科研流程的方便共享成為可能。同時，PP這個開放平臺技術(shù)還為使用者整合自己的或第三方的軟件工具提供了接口。研究者也可以直接使用Perl腳本語言來調(diào)用Discovery Studio的相關(guān)功能。

·  DS的安全性：DS可以基于網(wǎng)頁形式在后臺對不同用戶進行管理。