生物大分子結構解析的案例
結構生物信息學分子對接大師班--帶案例 ￥10
1-1 概述
2-1-蛋白質結構和功能組成
2-2-蛋白質結構和功能肽鍵和相互作用
2-3-蛋白質結構和功能α螺旋和β片
2-4-蛋白質結構和功能肽鍵和Ramachandran圖
2-5-蛋白質結構和功能結合能
2-6-蛋白質結構和功能蛋白質如何折疊
2-7-蛋白質結構和功能結構水平
2-8-蛋白質結構和功能功能水平
2-9-蛋白質結構和功能酶動力學基本概念
3-1-可用的蛋白質制備結構
3-2-制備的蛋白質制備結構
3-3-蛋白質制備同源性建模
3-4-蛋白制備穿線法
3-5-蛋白質制備α折疊
3-6-PDB結構的6-蛋白制備選擇
3-7-蛋白質制劑缺失殘留問題
3-8-蛋白質制備結構驗證
4-1-分子對接算法
4-2-分子對接類型
4-3-分子對接模式
4-4-分子對接軟件
4-5-分子對接自動對接VINA高分子制劑
4-6-分子對接自動對接VINA配體制備
4-7-分子對接自動對接VINA網格制備
5-1-自動對接VINA腳本
5-2-自動對接VINA分析-I
5-3-Autodock VINA分析- II
6-1-虛擬篩選為什么它很重要
6-2-虛擬篩選簡要信息
6-3-虛擬篩選大分子和配體的制備
6-4-虛擬篩選網格準備
6-5-虛擬篩選ADMET分析
6-6-虛擬篩查Lipinksi五規則
6-7-虛擬篩查結果分析
6-8-虛擬篩選腳本
7-1-故障診斷問題
7-2-出版質量圖制備
展開 Discovery Studio 藥物發現與生物大分子計算模擬平臺
Discovery Studio的主要模擬功能：
· 生物大分子：蛋白/核酸的序列分析、蛋白進化分析、蛋白質三維結構的預測與模擬、蛋白質結構表面電荷分析及pKa值預測、膜蛋白的結構預測與模擬、抗體的設計與分析、蛋白理性設計、丙氨酸掃描（computational alanine scanning）、核酸的設計與模擬、蛋白聚集效應預測、蛋白（核酸）-蛋白（核酸）相互作用、X-ray晶體結構解析等
· 計算化學：分子力學計算和分子動力學模擬、量子力學/分子力學（QM/MM）計算等
· 基于靶標結構藥物設計：配體-靶標相互作用（分子對接）、全新藥物設計、me too， me better藥物設計、分子對接、基于結構的虛擬篩選、基于片段的藥物設計等
· 基于配體藥物設計部分：完全基于配體的藥效團設計、基于配體-受體復合物的藥效團設計、化合物數據庫的構建和篩選、藥效團數據庫的構建與保存、定量構效關系（QSAR/QSPR）、基于MMP的SAR分析等
· 有機小分子：虛擬組合化學庫的設計與分析、類藥性篩選、化合物構象搜索和分析、化合物ADMET性質預測等
· DS的應用領域：以小分子化合物、生物大分子的設計與模擬為核心，應用領域涵蓋藥物、化學、生物三大學科，研究領域包括：疾病的發病機理研究、新藥發現和設計、生物信息學、結構生物學、酶學、免疫學、病毒學、蛋白質工程、腫瘤研究等。
· DS的易用性：DS界面友好、可定制且呈多視窗交互式，一鍵式鼠標操作、操作簡便，易于使用，且支持“服務器（Server）-客戶端（Client）”模式，使得科研人員能夠最方便且最大限度地實現計算資源共享。
· DS的可擴展性：基于領先的科學信息處理平臺Pipeline PilotTM（PP）建立起來的Discovery Studio軟件讓數據的共享和交流變得更為方便和簡潔。
展開 Mater.》國納中心聶廣軍：治療癌癥的多功能生物分子納米結構
A》武大段博/川大傅強：拉伸誘導取向，高強度和導熱的纖維素/氮化硼薄膜水凝膠
《大分子》浙大吳子良/鄭強/杜淼，華工孫桃林：氫鍵締合介導的韌性超分子水凝膠的動力學和粘彈性
南開大學孫平川《ACS Macro Letters》生物啟發的聚氨酯，具有帶有協同動態鍵的多功能嵌段模塊
天津大學劉文廣教授團隊《Nano Today》：中草藥交聯生物大分子水凝膠攜帶rBMSCs@聚兩性離子微凝膠治療心肌梗死
將可注射水凝膠HA-Tyr-PUE作為載體與負載rBMSCs的PCB-PEG微凝膠混合，即HA-Tyr-PUE@rBMSCs@microgels注射到 MI 后的大鼠心肌梗死區，由于該凝膠體系對梗死區微環境的調節和干細胞旁分泌作用，纖維化減少，心室壁厚度增加，新生血管形成能力提高，顯著恢復了心臟功能和心室結構（圖2）。這種裝載維持干性的rBMSCs@microgels和具有ROS清除能力的中草藥交聯生物大分子水凝膠，可以擴展到設計不同的自適應治療載體以促進組織再生和功能恢復。
Fig. 2. Fluorescent images (a) and quantitative analysis (d) of Tunel positive cells at the infarcted area in various groups. Representative immunofluorescent images and quantitative analysis of CD68 (red, b and e) and CD206 (red, c and f) for the characterization of inflammation in vivo. Cardiac function parameters of different groups, g) EF, h) FS, i) EDV, and j) ESV at 28 days post-surgery. k) Representative M-mode images by echocardiography.
展開 
蘇黎世理工Leroux教授與鮑寅寅研究員課題組：利用液態大分子光引發劑實現生物可降解彈性體的無溶劑3D打印
Studart教授及化學系Hansj?rg Grützmacher教授報道了基于液態大分子光引發劑的生物可降解彈性體的無溶劑3D打印，其力學性能和可降解能力完全不受DLP打印中常用反應性稀釋劑的影響。利用可加熱DLP打印機，成功實現了較高分子量可降解聚合物的無溶劑3D打印。
圖1. 無溶劑可降解聚合物3D打印體系的設計與打印展示
研究人員通過功能化光引發劑分子引發D,L-丙交酯和ε-己內酯兩種單體無規共聚制備了兩種不同結構的液態大分子光引發劑。其與3D打印可降解聚合物具有良好的相容性，可以在不添加任何助溶劑的條件下快速制備樹脂。在前期工作的基礎上（Science Advances, 2021, 7, eabe9499），利用該引發劑打印了一系列具有不同分子量的可降解光聚合物，并研究了力學性能和降解能力的分子量依賴性，有效避免了常規溶劑或稀釋劑對于性能的影響。研究人員進一步測試了這種大分子光引發劑對于其他種類光固化材料的打印效果，結果顯示其與不同材料均具有良好的相容性，可以實現高質量的無溶劑3D打印。并且利用半結晶聚合物——甲基丙烯酸脂功能化的聚ε-己內酯實現了形狀記憶彈性體的增材制造。
圖2. 不同材料的3D打印效果
相關結果在線發表于Macromolecules （DOI: 10.1021/acs.macromol.1c00856）。ETH藥學系碩士生Matthias Sandmeier與博士生Nevena Paunovic為共同第一作者。Jean-Christophe Leroux教授和鮑寅寅研究員為文章的共同通訊作者。
展開 ABAQUS鋼結構經典案例及重點難點解析大合集
鋼結構分析千變萬化，但是其中包含的知識點卻有限。為大家學習和工作中都能用得到，講解鋼結構中經典案例詳細操作 + 知識點講解，把平時操作的經驗干貨講出來，讓各位學習者少走彎路。
本課程特點：詳細-視頻中的講解十分詳細，跟著本視頻中建模和分析一步一步來，就可以得到完美結果，一學就會）；延伸-深入講解原理性的東西，在做模型的同時，掌握原理就可以舉一反三，遇到類似問題的時候也會自己建模分析。
視頻鏈接：http://www.yqgqt.org.cn/college/video/c14536
（本視頻為合集，不斷更新中，將包含大部分鋼結構模擬中的重點和難點，價格會隨著更新課程數量增加而提高，欲購從速，早買早受益）
鋼結構、鋼-混凝土組合結構均適用的分析案例和知識點。課程包含以下幾部分：
1. 視頻介紹
2. 鋼梁建模及分析（詳細建模流程：幾何模型；鋼材本構；邊界條件設置；網格劃分；后處理技巧）
3. 鋼柱受壓屈曲分析（如何施加殘余應力）
通過施加initial stress可以考慮鋼柱在焊接過程中產生的殘余應力，分析殘余應力對于屈曲及強度的影響。
4. 鋼柱受壓屈曲分析（如何引入初始缺陷、對結果有何影響）
通過模態分析，得到初始缺陷節點文件，再通過編輯keywords引入初始缺陷，一步一步詳細操作及注意事項。
5. 螺栓連接節點分析（方法1：快速建立接觸，施加預緊力）
通過一個螺栓連接的實例，講述建?；具^程，包括如何建立接觸、快速建立接觸的方法，如何施加bolt load的方法。
6. 螺栓連接節點分析（方法2：施加壓力方法，適用于dynamic分析）
Bolt load方式常用，但是不能用于dynamic分析，介紹一種施加壓力模擬螺栓連接和預應力的方法，并與常用方法進行了對比。
7.
展開 東華大學史向陽教授課題組在核殼結構樹狀大分子用于腫瘤增強MR成像上取得新進展
各種納米平臺如脂質體、樹狀大分子、納米凝膠、膠束等已廣泛應用于基于EPR效應的癌癥成像和治療。
在眾多納米平臺體系中，樹狀大分子是一類高度支化的、三維立體結構的單分散大分子，具有從核心以迭代方式向外延伸的樹枝狀楔形物。樹狀大分子獨特的物理、化學和生物學特性為人類健康納米醫學的發展提供了重要手段。其中，聚酰胺-胺（Poly(amidoamine), PAMAM）樹狀大分子具有與蛋白質相似的結構，并且由于其具有良好水溶性、非免疫原性和易官能化等特點，已被廣泛應用于生物醫學研究領域。
一般而言，低代樹狀大分子更容易合成，但具有相對更高分子量和納米尺寸的高代樹狀大分子（G4或更高）卻顯示出更好的基因轉染效率、載藥量以及滲透能力。然而，樹狀大分子代數越高，合成步驟就越繁瑣，純化也相對困難，其價格也相對比較昂貴，從而限制了其有效的腫瘤治療和成像應用。為了克服單代樹狀大分子的局限性，研究者開發了以高代樹狀大分子為核、低代樹狀大分子為殼的核殼結構樹狀大分子（core-shell tecto dendrimers, CSTDs），不僅保持了與高代樹狀大分子相似的特性，而且合成簡單，操作方便。
在前期的研究中，史向陽教授團隊利用環糊精（CD）與金剛烷（Ad）的超分子主客體識別作用，以第五代（G5）PAMAM樹狀大分子為核、第三代（G3）PAMAM樹狀大分子為殼構建的G5-CD/Ad-G3 CSTDs可用于增強的基因傳遞（J. Mater. Chem. B 2017, 5, 8459），也可作為載體實現基因和藥物的共遞送達到癌細胞的增強的聯合治療（J. Mater. Chem. B 2020, 8, 2768）。
展開 【直播】大跨空間結構直接分析設計法，實例解析！
在實例中解讀空間結構關鍵性問題
課程背景
大跨度空間結構是國家建筑科學技術發展水平的重要標志之一。世界各國對空間結構的研究和發展都極為重視，例如國際性的博覽會、奧運會、亞運會等，各國都以新型的空間結構來展示本國的建筑科學技術水平，空間結構已經成為衡量一個國家建筑技術水平高低的標志之一。
隨著科技水平的提高，我國空間結構理論分析近年來得到了長足的發展，計算方法由連續化分析到離散化分析，由近似計算到精確分析，由等效靜力分析到直接動力分析，由線性分析到非線性分析。研究方法向理論、試驗與大量計算機分析相結合的方向發展。
課程內容
本系列課程共兩章節，行業頂級資源，首場免費！
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