VMD
關注創建者：matlab應用與學習 創建時間：2023-09-21
VMD的視頻教程
變分模態分解和2維VMD算法及希爾伯特黃變換HHT與MATLAB程序視頻2版
主要內容包括：視頻課程內容介紹及慎拍不拍說明與參考文獻，變分模態分解(VMD)算法的概念、理論和算法演示程序，算法演示程序VMD_test詳解及其角頻率問題，頻率特征的多種信號的VMD模板程序詳解及其應用，心電圖信號處理與提取用VMD算法程序詳解，心電圖信號用建立的優良降噪整形算法與程序求解，優良降噪光滑模型算法及海洋內波數據提取合理信號，希爾伯特變換(HT)作信號的時頻分析及重要概念, 希爾伯特黃變換
￥208 2小時7分鐘 664播放
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1-14 基于MATLAB的鯨魚優化VMD參數
基于MATLAB的鯨魚優化VMD參數，以熵值為適應度函數，對VMD參數懲罰因子和層數進行尋優，確定最優值并進行信號分解。程序已調通，可以直接運行。 購買后可下載視頻中的源程序文件。
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1-36基于matlab的對分解層數和懲罰因子進行優化
蟻獅優化算法優化VMD,算術優化算法優化VMD，遺傳優化算法優化VMD，灰狼優化算法優化VMD，海洋捕食者優化算法優化VMD，粒子群優化VMD，麻雀優化算法優化VMD，鯨魚優化算法優化VMD。程序已調通，可直接運行。單個30，打包150。 購買后可下載視頻中的源程序文件。
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VMD的實例教程
蟻獅優化算法優化VMD,算術優化算法優化VMD ￥25.9
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（一）VMD分子動力可視化軟件介紹
VMD 是一個開源的分子可視化程序，專為建模，可視化和分析生物系統（例如蛋白質，核酸，脂質雙層組件等）而設計，最新版本 VMD1.9.4
VMD主要應用
分子動力模擬MD（例如NAMD，GROMACS，AMBER等）的圖形前端，讀取標準蛋白質數據庫（.pdb）文件以查看更多常規分子并顯示所包含的結構，查看和分析分子動力學模擬結果。
全原子細胞規模建模
Cryo-EM低溫冷凍電鏡密度圖像分割
多序列數據比對，這是一個統一的生物信息學分析環境，可用于組織，顯示和分析蛋白質和核酸的序列和結構數據
量子化學計算(例如VASP，)的圖形前端
VMD計算特點
通常在桌面圖形環境中以交互方式使用，也可在工作站（或單一集群節點），并通過使用消息傳遞接口 (MPI) 在分布式內存集群和超級計算機上并行執行非交互式（批處理模式）分析計算和可視化任務
CPU 支持多核處理器
顯卡 基于nvidia Quardro RTX架構性能提升顯著，可多卡加速，顯存容量16GB以上，VMD1.9.4支持RT核渲染
VMD能夠將顯示的圖形導出到可以由許多流行的光線跟蹤和圖像渲染包處理的文件，包括POV-Ray（CPU），Rayshade，Raster3D和Tachyon（GPU）。
展開 基于MATLAB的鯨魚優化VMD參數，以熵值為適應度函數，對VMD參數懲罰因子和層數進行尋優，確定最優值并進行信號分解，程序已調通，可以直接運行。
179基于matlab的2D-VMD處理圖像 ￥15.9
基于matlab的2D-VMD處理圖像，將圖片進行VMD分解，得到K個子模態圖，將每個模態圖進行重構，得到近似的原圖。可以利用這點進行圖像去噪。程序已調通，可直接運行。
6.4 結果分析
6.4.1 查看動態軌跡和特殊幀的圖片顯示(采用VMD軟件做出漂亮的圖片和視頻，學會用tcl腳本控制輸出)
6.4.2 數據分析（origin軟件的使用）；MSD分析；計算RDF；計算密度分布
6.4.3 作用力的輸出及分析
實例操作：包括在VMD中查看可視化的動態軌跡，計算密度分布，分子的MSD，等，抽取軌跡的動能、勢能、總能量等相關數據，對軌跡進行初步分析。
第三天 下午
納米孔內DNA分子的輸運調節模擬（charmm力場）
課程7 電壓驅動單鏈DNA分子通過石墨烯納米孔的輸運調節
（學習使用VMD強大的tcl腳本工具建模，利用lammps\tools\ch2lmp\目錄內charmm2lammps轉換為lammps的data文件）
7.1 tcl腳本語言基礎
7.2 vmd建立DNA及石墨烯納米孔的模型
7.3 添加水分子,KCL溶液及判斷模擬體系的電中性
7.4 運行能量最小化-NPT-NVT-施加電壓等模擬過程
7.5 模擬結果的分析處理，
7.5.1 ssDNA輸運速度
7.5.2 MSD分析
7.5.3 通過納米孔的輸運電流分析
報名費用
每班每人￥3300元（含報名費、培訓費、資料費），食宿可統一安排，費用自理。
報名方式
點擊鏈接立即報名：http://flac3d.cn/hdp/lam/zsb.html
聯 系 人: 招生部 咨詢QQ: 85329991
手機： 15510057995 報名郵箱：85329991@qq.com
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VMD的最新內容
初始模型構建
首先利用VMD的extensions-modeling-nanotube Builder模塊構建（5，5）手性，管長7埃的碳納米管作為初始模型，如圖1和2所示：
圖1 VMD構建碳納米管的界面
圖2 初始碳納米管模型
模擬在3000K下進行，注意溫度既不能太高，也不能太低。
基于CP2K模擬銅棒的熔化2個月前
初始模型的構建
啟動VMD，首先通過VMD的Extensions-Modeling-Inorganic Builder模塊構建金屬銅棒模型，構建的銅棒如圖1所示：
圖1 金屬銅棒模型模型結構
在CP2K的輸入文件中任務類型選擇MD，理論方法采用FIST（分子力場），采用NVT系綜，熱浴采用CSVR，溫度設為200K，熱浴TIMECON設為500，步數STEPS
初始模型的構建
啟動VMD，進入
Extension-Modeling-Inorganic Builder中構建方石英二氧化硅超胞，如圖1所示：
圖1 初始晶態二氧化硅模型
首先進行高溫動力學模擬，CP2K輸入文件中任務類型設為分子動力學，理論方法選擇GFN1-XTB，溫度設為3000，采用CSVR熱浴，計算10 ps。其結構演變如圖2所示。
VqlxYypsliIhDb6o0N9nsMWJ6SI6pZysgZWVo8uC2TGSis6jzjBYBceTnGME4nKKni30hDxulQ8ccgBVZFWaSSBwC+FDiPLbjhQGGTwQNeM65Tx2Vds8i4bT2PGbzpeSY1dctr/UE2sd9tmwbiw47DdRLVGXPr7mBDkux0zAlcV2TDkRbKzx/Xd9vctH3NMGSnpZO3FV10HcWUPUhlQwPgRKCEMcpQtNFKe2yoSGbqH0l0lptLgaPXphq7lB3qm22+raAoYKIwPItYoZql2VpIp6csRS1VMd6F9ssahSkZpmTtEvK
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基于matlab的2D-VMD處理圖像，將圖片進行VMD分解，得到K個子模態圖，將每個模態圖進行重構，得到近似的原圖。可以利用這點進行圖像去噪。程序已調通，可直接運行。
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程序所用算法包括花授粉優化算法（FPA）優化BP，優化ELM,進行預測，先對數據進行VMD或EEMD,CEEMDAN等方法分解，然后進行輸入模型預測。模型以調通，可直接運行。基于matlab平臺。標價為程序價格，不包含售后。
程序所用算法包括花授粉優化算法（FPA）優化BP，優化ELM,進行預測，先對數據進行VMD或EEMD,CEEMDAN等方法分解，然后進行輸入模型預測。模型以調通，可直接運行。基于matlab平臺。標價為程序價格，不包含售后。
