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基于matlab的2D-VMD處理圖像，將圖片進行VMD分解，得到K個子模態圖，將每個模態圖進行重構，得到近似的原圖。可以利用這點進行圖像去噪。程序已調通，可直接運行。

文獻案例分析： 2d -硼片作為鋰離子電池負極材料的可能應用:DFT和AIMD研究 8.2. 復雜體系的建模 8.3.

1.0 -bt cubic其中-c表示將蛋白質放在盒子中心，-d 1.0表示蛋白質距離盒子邊緣至少1埃距離，-bt表示盒子形狀為立方體。

在攝像機中16:9是常見的縱橫比，是高清720P與1080P傳感器慣用的比例，另4:3與3:2比例在一些攝像機中會使用到； IK：指IK防護等級，后面的數字(0-10)，代表外殼對外界有害機械碰撞的防護等級。

首先，采用最陡下降法對兩個體系進行能量最小化，以消除原子間過近的接觸；然后，在300 K進行100 ps的NVT平衡模擬；最后，對APOE3-VAMP2和APOE4-VAMP2兩個復合物體系不同體系分別進行100 ns的MD模擬，每10 ps保存一次構象，模擬結果可視化采用Gromacs內嵌程序和VMD完成。

從模擬的軌跡中將體系中的蛋白質單獨取出來，另存為一個軌跡文件protein.xtc, 用VMD的插件”movie maker”做成一個小電影。

MonitoringModule——顯示溫度，壓力，內能以及其它熱力學性質與時間的2D曲線圖　　 　　?3DAtomicConfigurationModule——顯示系統的快照，軌跡和動畫　　 　　?MSDModule——從輸出數據計算均方位移（MSD）。顯示MSD的2D圖像，以及每個分子的自擴散系數。　　 　　?