分子動力模擬可視化與分析軟件VMD工作站硬件探討

UltraLAB

2019年12月25日 10:38

（一）VMD分子動力可視化軟件介紹

VMD 是一個開源的分子可視化程序，專為建模，可視化和分析生物系統(tǒng)（例如蛋白質(zhì)，核酸，脂質(zhì)雙層組件等）而設(shè)計，最新版本 VMD1.9.4

VMD主要應用

分子動力模擬MD（例如NAMD，GROMACS，AMBER等）的圖形前端，讀取標準蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫（.pdb）文件以查看更多常規(guī)分子并顯示所包含的結(jié)構(gòu)，查看和分析分子動力學模擬結(jié)果。
全原子細胞規(guī)模建模
Cryo-EM低溫冷凍電鏡密度圖像分割
多序列數(shù)據(jù)比對，這是一個統(tǒng)一的生物信息學分析環(huán)境，可用于組織，顯示和分析蛋白質(zhì)和核酸的序列和結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)
量子化學計算(例如VASP，)的圖形前端

VMD計算特點

通常在桌面圖形環(huán)境中以交互方式使用，也可在工作站（或單一集群節(jié)點），并通過使用消息傳遞接口 (MPI) 在分布式內(nèi)存集群和超級計算機上并行執(zhí)行非交互式（批處理模式）分析計算和可視化任務

CPU 支持多核處理器
顯卡基于nvidia Quardro RTX架構(gòu)性能提升顯著，可多卡加速，顯存容量16GB以上，VMD1.9.4支持RT核渲染

VMD能夠?qū)@示的圖形導出到可以由許多流行的光線跟蹤和圖像渲染包處理的文件，包括POV-Ray（CPU），Rayshade，Raster3D和Tachyon（GPU）。
VMD支持3-D投影設(shè)備，VR設(shè)備支持、立體顯示能力，
支持所有主要的計算機平臺 Linux，Windows, MacOS X

（二）VMD分子動力學可視化工作站硬件配置推薦

NO	品牌與型號	配置規(guī)格	價格	備注
1	AX410 14796-SATCD	Intel10代至尊處理器（14核@4.6GHz / 96GB DDR4 /RTX5000 16GB/960GB SSD系統(tǒng)盤 +4TB SATA企業(yè)級/塔式(750w)/32寸-4K圖顯	58800	超值型
2	AX410 145128-SBTDE	Intel10代至尊處理器（14核@4.6GHz / 128GB DDR4 /RTX6000 24GB/1.9TB SSD系統(tǒng)盤 +6TB SATA企業(yè)級/塔式(750w)/ 32寸-4K圖顯	85000	高性價比
3	AX410 145128-SBTDF	Intel10代至尊處理器（18核@4.5GHz / 128GB DDR4 /RTX8000 48GB/1.9TB SSD系統(tǒng)盤 +6TB SATA企業(yè)級/塔式(750w)/ 32寸-4K圖顯	105000	極致型
4	GT410P 145128-SBTD2E	Intel10代至尊處理器（14核@4.6GHz / 128GB DDR4 /2*RTX6000 24GB/1.9TB SSD系統(tǒng)盤 +8TB SATA企業(yè)級/雙塔式(2000w)/ 32寸-4K圖顯	139000	極致全能
5	GT410P 145128-SBTD2E	Intel10代至尊處理器（14核@4.6GHz / 256GB DDR4 /4*RTX6000 24GB/1.9TB SSD系統(tǒng)盤 +6TB SATA企業(yè)級/雙塔式(2000w)/ 32寸-4K圖顯	2365000	多用途
6	GX630M 226384-SCTE8X	2顆Xeon 金5218處理器（32核@2.6GHz ）/ 384GB DDR4 /8*RTX2080Ti 11 /3.84TB SSD系統(tǒng)盤 +8TB SATA企業(yè)級/雙塔式(2000w)/23寸-高清圖顯	175000	極致多用途