徑向分布函數
關注創建者：320科技工作室 創建時間：2020-10-05
徑向分布函數的實例教程
最后選定模塊中分析中的RDF功能，計算可得到RDF計算結果就是分子間H-H、H-O、O-O的徑向分布函數。O-O 徑向分布函數在0. 275 nm處出現最高峰值,表示由于氫鍵相互作用下中心水分子與最近鄰水分子間氧氧距離；O-H 徑向分布函數在0. 175 nm 和0. 325 nm 處均出現峰值,這分別是有氫鍵作用和無氫鍵作用的O-H 距離；H-H 徑向分布函數在0. 245 nm處出現峰值。
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1.進行水分子徑向分布函數及擴散系數分析
激活Sketch 1 Disco Dynamics文件夾里面的Sketch 1.xtd文檔，按住Alt鍵雙擊其中一個H原子即選中所有水分子中的H，在菜單欄Edit下拉菜單中選Edit Sets，打開Edit Sets對話框，按New按鈕將所有H原子命名為H；用同樣的方法將體系中的O原子命名為O；按Ctrl+A選中所有水分子命名為H2O。設置完成后，就可以對水分子進行分析了。
(1)徑向分布函數
在工具欄Discover下拉列表選擇Analysis，打開Discover Analysis對話框。在窗口菜單中選中Structural目錄下的Pair correlation function（徑向分布函數），點擊按鈕Define，打開Trajectory Specification(Discover)對話框，點擊Add to list，添加命名后的水分子軌跡文件，關閉對話框。回到Discover Analysis，在Choose sets中在第一個下拉框選擇H，第二個下拉框選擇O，如下圖所示。設置完成后，點擊Analyze按鈕開始進行分析。
運行結束后會自動產生一個Sketch 1 Disco Pair correlation function文件夾，激活該目錄下的Sketch 1.xcd文檔。可以看到圖中有九條g(r)曲線，其中aa、ab、bb分別表示H-H、H-O、O-O；total、intra、inter分別表示分子內和分子間總的g(r)、分子內g(r)、分子間g(r)。右擊圖像，在快捷菜單中選擇Delete Graphs，選中所有total和intra項，點擊Delete。剩下的就是分子間H-H、H-O、O-O的徑向分布函數，如下圖。
上圖給出了水分子中各原子對徑向分布函數。
展開 最后通過徑向分布函數考察其結構特征，如圖4和圖5 所示。可以看到，初始晶態結構的rdf十分陡峭，體現出原子排列的顯著周期性。而無定型二氧化硅的RDF很平滑，類似于液態物質，體現出盒子里的原子分布十分無序。
圖4 初始二氧化硅的徑向分布函數
圖5 模擬產生的非晶二氧化硅的徑向分布函數
結語
本案例通CP2K分子動力學模擬，成功探究了通過高溫退火產生非晶體二氧化硅的過程。對于相關領域的研究人員和工程師來說，本案例提供了一個有力的工具，可以為解決實際問題提供理論依據和技術支持。
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展開 其中膽堿陽離子上得電子位點主要分布在C-H上。丙二酸主要失電子位點為一個C=O上的O，得電子主要分布在C、O上。通過圖3可以看出氯離子與氧、碳原子發生強烈共振,最高占據態內是由Cl-3s、Cl-3p、O-2s、O-2p、C2-2s、C2-2p、C4-2s、C4-2p、C5-2s、C5-2p貢獻，其中Cl-3p、O-2p、C2-2p、C4-2p、C5-2p占主導地位，說明形成的p-p雜化軌道是陰陽離子間電子轉移的主要通道。圖4為經過優化得到的氯化膽堿-丙二酸穩定構型，發現兩種物質以
多重分子間氫鍵相結合，圖5徑向分布函數證明氫鍵供受體之間主要以分子間氫鍵相互作用。
ChCl-MA徑向分布函數
Dmol3計算面板：
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展開 關鍵詞：Materials Studio，分子動力學模擬，徑向分布函數，鎂鋰分離，溶劑萃取法
隨著新能源行業的發展，鋰資源的需求量逐年增加。鹽湖鹵水中含有豐富的鋰資源。通過溶劑萃取技術從鹽湖鹵水中提取鋰資源具有高效的鋰離子回收率。鹽湖中高濃度的鎂，鈉，鉀等離子是萃取鋰資源的主要影響因素。其中，TBP為萃取劑，LiBPh4為協萃取劑，CH2ClBr為稀釋劑。文獻通過Materials Studio軟件模擬計算，采用分子動力學中的徑向分布函數（RDF）研究TBP對不同金屬離子(Li+ , Na+ , K+ , Mg2+)的內在相互作用強度。
以下內容分步驟對文獻模擬過程進行分析：
1、建立基礎模型
構建TBP、CH2ClBr、LiBPh4、KBPh4、Mg(BPh4)2、H2O分子模型，如圖1所示。
TBP CH2ClBr LiBPh4 KBPh4
Mg(BPh4)2 H2O
圖1 不同物質的分子結構模型
2、構建分子動力學模型
利用Materials Studio (MS)中的Amorphous cell模塊構建混合有機相模型，模型包含10個LiBPh4分子、10個KBPh4分子、10個Mg(BPh4)2分子、40個TBP分子、40個CH2ClBr分子和60個H2O分子。結構模型如圖2所示。其模型參數設置如圖3所示。
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圖4 初始二氧化硅的徑向分布函數
圖5 模擬產生的非晶二氧化硅的徑向分布函數
結語
本案例通CP2K分子動力學模擬，成功探究了通過高溫退火產生非晶體二氧化硅的過程。對于相關領域的研究人員和工程師來說，本案例提供了一個有力的工具，可以為解決實際問題提供理論依據和技術支持。
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徑向基函數 （RBF） 神經網絡是一種特殊類型的人工神經網絡 （ANN），主要用于函數逼近任務。RBF Networks 以其獨特的三層架構和通用逼近功能而聞名，在分類和回歸問題中提供更快的學習速度和高效的性能。本文深入探討了 RBF 神經網絡的工作原理、架構和應用。
什么是徑向基函數？
徑向基函數 （RBF） 是一類特殊的前饋神經網絡，由三層組成：
Input
Radial Basis Function Kernel - Machine Learning - GeeksforGeeks
徑向基函數內核 – 機器學習
內核在將數據轉換為更高維空間方面發揮著重要作用，使算法能夠學習復雜的模式和關系。在眾多的內核函數中，徑向基函數（RBF）內核作為一種多功能且強大的工具脫穎而出。在本文中，我們深入探討了RBF內核的復雜性，探討了它的數學公式、直觀理解
具有包括金屬有機物在內的全面的分子庫
7、高質量的圖形，靈活的顯示
8、工業標準文件的全面支持
9、Volumetric數據的創建、顯示和分析isosurfaces,slices,fields
Forcite 模塊(MD)
Forcite是先進的分子力學和分子動力學模擬程序，支持多種分子力場，對各種體系均適用，隨著計算機軟硬件的發展，近年來備受重視，其研究領域包括：
1、計算徑向分布函數
文獻通過Materials Studio軟件模擬計算，采用分子動力學中的徑向分布函數（RDF）研究TBP對不同金屬離子(Li+ , Na+ , K+ , Mg2+)的內在相互作用強度。
O-O 徑向分布函數在0. 275 nm處出現最高峰值,表示由于氫鍵相互作用下中心水分子與最近鄰水分子間氧氧距離；O-H 徑向分布函數在0. 175 nm 和0. 325 nm 處均出現峰值,這分別是有氫鍵作用和無氫鍵作用的O-H 距離；H-H 徑向分布函數在0. 245 nm處出現峰值。
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均方根偏差分析
1.5.旋轉半徑的變化
1.6.均方根波動分析
1.7.分子兩端的距離和原了距離的分析
1.8.分子內和分子間氫鍵數的變化
1.9.徑向分布函數分析
1.10.溶劑可及表面積分析
1.11.主成分分析
1.12.二面角分析
2.
徑向分布函數RDF
案例分析：液態水的AIMD模擬
第三天 下午
6. 自由能勢能面計算
6.1. 自由能勢能面基礎知識
6.2. Potential of mean force
6.3. Slow-growth
6.4. Metadynamics方法
6.5.
圖4為經過優化得到的氯化膽堿-丙二酸穩定構型，發現兩種物質以
多重分子間氫鍵相結合，圖5徑向分布函數證明氫鍵供受體之間主要以分子間氫鍵相互作用。
ChCl-MA徑向分布函數
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圖 2 顯示了指數分布和徑向模式函數。
圖 2： 模態函數、指數剖面和有效指數的徑向剖面。不同的顏色用于不同的 l 值。
圖 3 顯示了模式的組索引。（群速度是 c 除以群指數。）由于材料色散，它們在短波長處上升。兩條灰色虛線曲線顯示了纖芯（在其中心）和包層的值；模式的群指數 a 大大高于這兩個，已經表明波導色散的額外影響。
