一，軟件介紹

GROMACS是一個用于分子動力學模擬和能量最小化的計算引擎。 科技的發(fā)展已然遍布世界，對于事物的探討尤其是對微觀動力學現(xiàn)象的研究越來越依賴于計算機。. 由此，模擬技術與實驗、理論三者的結合是現(xiàn)在以及未來被認可和推廣的研究手段。. 分子動力學模擬不僅可以解釋實驗現(xiàn)象，驗證理論結果，而且還發(fā)揮著預見性作用。. 其在生物、醫(yī)藥、材料、化學等學科領域均有廣泛應用。. 在分子動力學的模擬研究中，一款開源、自由、免費的軟件GROMACS得到了廣泛的應用。. 它可以用于幾百萬個粒子體系的分子動力學模擬研究，特別是生物體系，比如磷脂雙分子層生物膜、蛋白質(zhì)、藥物分子等。另外，GROMACS能夠非常快速地計算非鍵作用，因此也可用于非生物體系，如聚合物、一些有機物、無機物等。

二.培訓方式

本次培訓全程線上授課, 采用一對一或者一對多方式進行, 以視頻方式授課，工程案例講解，答疑，技術交流，學員需要自行準備電腦。

三 培訓對象

需要使用Gromacs軟件進行科學研究的老師,學生以及其他研究人員.

四、培訓內(nèi)容

針對gromacs軟件的常用模塊進行教學，包括蛋白與配體模擬分析，離子液體，小分子與細胞膜相互作用，同時介紹gromacs中的各分析模塊使用功能。具體內(nèi)容如下：

1. 蛋白與配體模擬分析

蛋白質(zhì)的預處理，配體分子建模

1.1分子動力學模擬的力場

1.2.分子動力學模擬的參數(shù)及方法

1.3復合物構象隨時間的變化

1.4. 均方根偏差分析

1.5.旋轉(zhuǎn)半徑的變化

1.6.均方根波動分析

1.7.分子兩端的距離和原了距離的分析

1.8.分子內(nèi)和分子間氫鍵數(shù)的變化

1.9.徑向分布函數(shù)分析

1.10.溶劑可及表面積分析

1.11.主成分分析

1.12.二面角分析

2. 均相與多相的模擬與計算(離子液體,小分子藥物自組裝，團簇)

2.1小分子與離子液體建模

2.2氣相分子，分子團簇與納米液滴的模擬

2..3復合物構象隨時間的變化

2.4. 均方根偏差分析

2.5.旋轉(zhuǎn)半徑的變化

2.6.均方根波動分析

2.7 分子間相互作用

3.細胞膜模型構建，小分子與細胞膜相互作用

3.1磷脂分子的選擇

3.2藥物分子的建模

3.3磷脂分子力場選擇

3.4雙層膜的構建方法

3.5藥物分子與雙層膜質(zhì)心距離隨時間變化

3.6藥物分子與膜分子之間形成氫鍵已經(jīng)氫鍵壽命

3.7藥物分子可及表面積變化

3.8 均方根偏差分析

圖1：蛋白質(zhì)與配體各殘基能量貢獻圖

圖二，蛋白質(zhì)主成分分析

圖3：離子通道模型構建

圖4：雙層膜模型構建

圖5.納米球的自組裝

圖6，蛋白均方根波動

五 時間及費用

1. 教學費用：根據(jù)每次培訓的人數(shù)定價,具體聯(lián)系客服獲取當前期培訓價格.

2. 付款方式：微信，支付寶，對公轉(zhuǎn)賬等

3. 發(fā)票信息：可出具正式發(fā)票（普票）

4. 培訓時間: 根據(jù)每期上課的學生和老師空閑情況,約定時間即可上課 上完課后保留群聊作為永久答疑群 有問題可以互相交流

六 聯(lián)系方式

微信：CAE320(昵稱:AAA耗子)

公眾號: 320科技工作室