不知火舞的被虐|伊人天伊人天天综合网|博洛尼亚天气|任你懆这里只有精品4|久久美日韩精品久久|掌中之物漫画免费阅读观看|0丨d老妇

也可以采用不同的力場和邊界條件來模擬全原子，聚合物，生物，固態（金屬、陶瓷，氧化物），粒狀和粗料化體系。LAMMPS可以計算的體系小至幾個粒子，大到上百萬甚至是上億個粒子。同時lammps代碼可以修改和擴展，可以方便的為之擴展上新特征和功能來匹配課題的個性化需求。

初始模型構建完成后，利用分子動力學軟件（如：Lammps）對初始模型進行弛豫，模型達到平衡密度后就可進行交聯反應，分子動力學計算時使用的力場可以根據所研究性質的需要選擇，已有的文獻中，COMPASS力場、DREIDING力場、PCFF力場、CVFF力場和OPLS力場均被用于對環氧樹脂性質的研究。

整個分子動力學過程通過Lammps實現，其中部分壁面需要在MS中進行調整。

1，初始模型構建：初始模型是氣-水-壁面模型，使用PACKMOL構建，使用lammps也可以用lammps建模2，選擇力場：CO2可用TRAPPE，EPM2力場，H2O用SPC/E力場，油用OPLS-AA力場，黏土礦物用clayff力場3，進行分子動力學模擬：能量最小化-平衡動力學-生產動力學4，統計數據，可分析密度分布，擴散系數，相互作用力參數等5，提供LAMMPS in文件

1，初始模型構建：初始模型是 氣體-液體-氣體模型，使用PACKMOL構建2，選擇力場：CO2可用TRAPPE，EPM2力場，油用OPLS-AA力場3，進行分子動力學模擬：能量最小化-平衡動力學-生產動力學4，統計界面張力數據，還可分析密度分布，擴散系數，相互作用力參數等 5，提供LAMMPS in文件，data文件; GROMACS：mdp，top，inp

LAMMPS 的另一個優點是具有良好的并行擴展性。是當下一款非常好的分子動力學軟件包。在使用lammps模擬時候，經常會用到力場參數，如L-J、eam和Buck勢函數，這些參數可從文獻中獲得，但是文獻查找起來相對繁瑣，可能需要查閱多篇論文才能找到需要的勢參數。以L-J勢函數為例進行說明： 第一種方法： 1.

（備注： energy 是選擇力場，后期用反應力場，這里現在通用力場就可以，如圖4）；2.2結構優化選擇modules-Forcite，設置迭代次數，優化如圖5。（備注：建議這里迭代次數寫多點，不然后面做計算有可能原子丟失）做完結構優化后，得到.Car和.mdf格式文件，轉成.data文件。

整個分子動力學過程通過Lammps實現，其中部分壁面需要在MS中進行調整。

速度快：VSOP和LAMMPS在同類軟件中的計算速度較快，用戶可以使用VSOP和LAMMPS進行大規模的計算(原子數超過100K+)，計算效率是MS軟件的N倍（實測N＞5）。（圖4：由1200萬個粒子組成的大規模復合材料模型）2. 精度高：J-OCTA的內置工具可以通過量子化學的計算結果對力場參數進行優化。