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-02 nm, Epot= -4.13336e+05 Fmax= 2.07112e+04, atom= 547Step= 7, Dmax= 3.0e-02 nm, Epot= -4.17185e+05 Fmax= 1.90699e+04, atom= 547Step= 8, Dmax= 3.6e-02 nm, Epot= -4.18940e+05 Fmax= 2.96782e+04, atom=

1、PointSite 識別結合位點原子的準確性本部分的實驗使用atom-IoU指標，即預測原子集合和真實原子集合的交并比來衡量各方法預測的結合位點原子的準確性。表1列出了PointSite與其他方法在B277、DT198、ASTEX85、CHEN251、COACH420 和 HOLO4k數據集上的atom-IoU結果。

通過自己的需要，通過編程或者lammps中的create_atom進行摻雜 如：create_atoms 2 random 50 12345 NULL overlap 0.8 maxtry 50 表示在全體區域插入類型為2的原子50個，最小距離為0.8，如果是metal單位，即是0.08nm。而通過自定義編程能實現更多可能性。

atomic##創建軋輥原子模型lattice fcc 3.60region box block 0 494.44 0 55.56 0 150 units latticecreate_box 1 boxcreate_atoms 1 boxregion rollera cylinder y 158.33 19.44

, pressureswirl atomizer, air-blast-atomizer, flat-fanatomizer, effervescent-atomizer, file, condensate Particle Types包括：Massless, Inert, Droplet, Combusting, Multicomponent湍流設置

Eleven本文復現一篇題為“Anapole Meta-Atoms: Nonradiating Electric and Magnetic Sources”的PRL [1]。復現選擇使用和文中相同的軟件CST MICROWAVE STUDIO。首先進行簡單的背景介紹。經典非輻射電磁源是否存在？一直是令人困惑的問題。

在GaussView菜單欄中點“select All atoms”按鈕(見圖2箭頭指向的選項），選中所有原子。

圖8 不同霧化壓力下的霧滴尺寸(水霧化物理模擬) Fig.8 Droplet size with different atomized pressures(water atomization physical simulation) 2.4 氣霧化高溫合金粉末形貌控制 2.4.1 粉末表面形貌對O含量的影響本課題組[31]采用Auger

點擊Edit->Charges->Check Totals on Residues>Spread ChargeDeficit over all atoms in residue>Dismiss②判定配體的root：ADT菜單欄Ligand>Torsion Tree>DetectRoot③選擇配體可扭轉的鍵：Ligand>TorsionTree>Choose Torsions>Done，表示該分子

Not Marking per-residue atom chain types.Marking per-residue atom chain types.

采用compute chunk/atom將模型沿著z方向分成20塊，設置底端0-1倍晶格長度為熱端，中間10-11為冷端。模擬溫度為1.35。先讓模型在該溫度下NVT弛豫1000步。然后再使用NVE系綜，冷熱源采用langevin控溫。熱端設置為1.7，冷端設置為1.0，弛豫到熱源和冷源的溫差達到相對穩定的狀態。這時整體的熱流基本也達到了穩定狀態。

在Material Studio 2019軟件包下的Dmol3模塊計算氯化膽堿離子對模型，計算參數為GGA廣義梯度近似和BLYP泛函方法，在計算精度為Medium的基礎上選擇DND 4.4基組，體系總能量收斂值取 2.0X10-5eV/atom。計算的能量通過基組重疊誤差(Basis Set Superposition Errors，BSSE)進行校正。

進行分子動力學計算時選擇NVT系綜，溫度控制選擇NHL，求解牛頓運動方程應用Velocity Verlet 算法，靜電力描述選擇Ewald 方法，范德華作用力求解選擇Atom-based 方法，截斷半徑為9.5 Å。總模擬時間為 1500 ps，每一步驟時間為 1 fs，總的模擬步驟為 1500000，最終得到穩定的相互作用體系并對其相互作用機理進行計算分析。

單擊Create，開始創建液滴噴射入口injection 在Set Injection Properties 界面：Injection Type：選擇 air-blast-atomizer鼓風霧化器Number of Streams：輸入600，表示每個時間步有600個液滴顆粒噴射進計算域Particle Type ：勾選DropletMaterial drop-down

#############################################REAX potential for tyre pyrolysis g2##############################################Initializationunits realdimension 3boundary p p patom_style

Ultralow-loading single-atom cobalt on graphitic carbon nitrogen with robust Co-N pairs for aerobic cyclohexane oxidation.

進行分子動力學計算時選擇NVT系綜，溫度控制選擇NHL，求解牛頓運動方程應用Velocity Verlet 算法，靜電力描述選擇Ewald 方法，范德華作用力求解選擇Atom-based 方法，截斷半徑為9.5?。總模擬時間為1500 ps，每一步驟時間為1fs，總的模擬步驟為1500000。