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關鍵詞：GROMACS；酒精-水混合物；互溶性；分子動力學；氫鍵分析背景介紹酒精與水的互溶行為在化學、材料、生物醫藥等多個領域中具有重要意義。例如，藥物溶液設計、溶劑工程、生物膜相互作用等都依賴于對醇-水體系微觀結構的深入理解。傳統實驗雖然能觀察到宏觀性質變化，但在分子尺度上的機理揭示仍需借助分子動力學模擬。

初始模型的構建 在本案例中，我們模擬對象為氯化鈉水溶液-真空體系，水分子采用spce水模型。

關鍵詞：Materials Studio，分子動力學模擬，均方位移，界面聚合通過界面聚合制備納濾膜的方法廣泛應用與膜分離技術領域。該篇工作通過研究PIP單體在水中和PIP在PPTA水和中擴散的分子動力學模擬。

1，初始模型構建：初始模型是氣-水-壁面模型，使用PACKMOL構建，使用lammps也可以用lammps建模2，選擇力場：CO2可用TRAPPE，EPM2力場，H2O用SPC/E力場，油用OPLS-AA力場，黏土礦物用clayff力場3，進行分子動力學模擬：能量最小化-平衡動力學-生產動力學4，統計數據，可分析密度分布，擴散系數，相互作用力參數等5，提供LAMMPS in文件

關鍵詞：GROMACS；電場；水球; 分子動力學；packmol在材料科學、電氣工程以及生物醫學領域，水球行為在外加電場下的變化具有重要意義。電場對水分子的影響不僅關系到液體的表面張力，還與電介質的性能、微流控技術的應用及生物細胞的電場響應等問題密切相關。因此，通過分子動力學（MD）模擬研究電場下水球行為成為一種有效且精確的手段。

二、初始模型的構建本案例主要探究乙醚有機物在水和甲苯之間的分配，模擬乙醚的萃取過程。乙醚，甲苯采用GAFF力場，水分子采用spce水模型。首先用Packmol建立水，甲苯，乙醚分子數分別為1764，300，30的混合體系，輸入文件如圖1所示： 圖1 packmol 輸入文件三、模擬結果分析經過能量最小化和10ns的模擬，萃取過程相分離如圖2所示。

本案例基于GROMACS，建立油水混合體系的分子動力學模型，模擬其在常溫下的自發相分離過程，并考察油分子的溶劑可及表面積的變化。初始模型的構建在本案例中，我們采用烷烴（正十六烷） 作為油相，構建一個油水混合初始體系。正十六烷采用GAFF力場，水分子采用OPC3 水模型。整個體系的初始狀態采用隨機分布的方式，以保證后續的模擬符合真實物理過程。

Sophia關鍵詞：GROMACS；冰；拉伸; 分子動力學模擬冰（尤其是六方冰?Ih）的微觀力學性能直接影響到極地工程、寒區交通、冷熱循環材料以及航空航天器在超低溫環境中的安全與可靠性。傳統宏觀實驗很難捕獲納米尺度下冰的裂紋萌生與氫鍵斷裂細節，而分子動力學（MD）模擬恰能在原子層面揭示這些本質機理。

1，初始模型構建：初始模型是 氣體-液體-氣體模型，使用PACKMOL構建2，選擇力場：CO2可用TRAPPE，EPM2力場，油用OPLS-AA力場3，進行分子動力學模擬：能量最小化-平衡動力學-生產動力學4，統計界面張力數據，還可分析密度分布，擴散系數，相互作用力參數等 5，提供LAMMPS in文件，data文件; GROMACS：mdp，top，inp

一，軟件介紹 GROMACS是一個用于分子動力學模擬和能量最小化的計算引擎。 科技的發展已然遍布世界，對于事物的探討尤其是對微觀動力學現象的研究越來越依賴于計算機。. 由此，模擬技術與實驗、理論三者的結合是現在以及未來被認可和推廣的研究手段。. 分子動力學模擬不僅可以解釋實驗現象，驗證理論結果，而且還發揮著預見性作用。. 其在生物、醫藥、材料、化學等學科領域均有廣泛應用。.

關鍵詞：GROMACS；小分子；自組裝；分子動力學；回轉半徑背景介紹小分子自組裝過程廣泛存在于材料、生命與能源體系中，其微觀機理關乎膠束/囊泡形成、層狀有序相的出現以及功能納米結構的穩定性。相比僅觀察宏觀現象，分子動力學（MD）能在原子尺度直接揭示小分子的自組裝機理，直觀體現其自組裝過程，從而為藥物，納米材料設計提供理論依據。

利用 Visualizer 模塊構建基礎分子模型 腐蝕介質粒子：HCO3- 、H3O+、H2O以及咪睉啉類緩蝕劑分子 建立界面模型利用 amorphous cell 模塊分別構建包含緩蝕劑分子的無定形組織結構，采用(NVT)進行分子動力學模擬，平衡后統計體系密度的平均值，并把該值作為計算體系中緩蝕劑膜的密度。

基于Forcite模塊的分子動力學研究藥劑與礦物相互作用實例（一）關鍵詞：相互作用 MS Forcite 分子動力學 徑向分布 筆名：楊過Forcite模塊是分子動力學計算的主要模塊，研究范圍廣，可以對多種周期性體系進行計算分析，在礦物分選領域中主要是計算分析藥劑與礦物相互作用，在不同計算參數條件下可以實現藥劑與礦物相互作用模型的預測與分析，從而得到表面相互作用機理。

關鍵詞：黏度,周期擾動法，SPC/E水分子，分子動力學，lammps目前分子動力學計算黏度主要有以下方法：（1）基于 Green - Kubo 關系的方法。從微觀角度出發，利用壓力張量自相關函數積分計算黏度。理論基礎強，能考慮復雜微觀因素，但計算量極大，對計算機性能和時間要求高，積分上限選擇需謹慎。（2）愛因斯坦關系法。通過分析粒子擴散行為間接求黏度，依據愛因斯坦關系，由粒子擴散系數計算。

對體系進行分子動力學模擬。使用力場為文獻中常用的COMPASS力場，對體系分別進行200ps的NVT和200PS的NPT（可進行不同溫度以及壓力下的模擬）分子動力學模擬。對最終輸出的體系進行500PS的NVE分子動力學體系。收集其MSD和RDF，以及擴散系數。如圖為分子動力學模擬后的模型圖(部分圖)：4.

為了確定葉片改良帶來的影響，本文擬通過三維定常數值模擬計算對這一改良楔形葉片旋轉空化器的水動力學特性開展深入研究，并與原型葉片的水動力學特性進行對比分析，得到不同轉速下葉型對旋轉空化器水動力學特性的影響規律，以為旋轉空化器的設計和應用提供參考。1 計算模型圖 1 所示為本文所研究旋轉空化器楔形葉片的原始葉型和改良葉型的橫截面。

本文主要講述抑制劑和煤泥及其雜質相互作用的分子動力學模擬。首先通過Visualizer對抑制劑糊精進行模型搭建，由于糊精為淀粉加熱分解的中間產物，故分子結構與淀粉分子結構一致，均由葡萄糖分子聚合而成。因此，模擬糊精結構為葡萄糖的聚合物。

水動力模型與水文模型是水利工程與水文學研究中不可或缺的兩大工具。水動力模型著重于流體運動的動力學機制，通過一系列方程組捕捉水流的時空變化，而概念性水文模型則側重于流域尺度的水文循環過程，利用物理概念與經驗關系進行近似模擬。兩者相互補充，共同構成了現代水文學與水資源管理領域的核心分析手段。

分子動力學（MD）模擬能夠在原子尺度揭示高熵合金在循環載荷下的微觀過程，為理解其抗疲勞機理提供重要依據。然而，目前針對高熵合金在正弦波循環應力下的MD研究仍較為有限，尤其是不同成分、溫度及加載頻率對疲勞行為的影響仍需深入探索。本研究擬通過分子動力學模擬，對其開展研究。

粗粒化分子動力學和反向映射計算雙折射性質眾所周知，高分子材料中的大變形會導致定向雙折射。先前的J-OCTA實例已經介紹了全原子分子動力學（FAMD）[1]和多尺度方法[2]。在使用全原子MD時，存在的問題是模擬的時間尺度較短。這會導致變形速率較快，聚合物在變形響應中的松弛無法及時完成，從而導致過度定向的狀態。