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四、培訓(xùn)內(nèi)容 針對(duì)gromacs軟件的常用模塊進(jìn)行教學(xué)，包括蛋白與配體模擬分析，離子液體，小分子與細(xì)胞膜相互作用，同時(shí)介紹gromacs中的各分析模塊使用功能。具體內(nèi)容如下： 1. 蛋白與配體模擬分析 蛋白質(zhì)的預(yù)處理，配體分子建模 1.1分子動(dòng)力學(xué)模擬的力場(chǎng) 1.2.分子動(dòng)力學(xué)模擬的參數(shù)及方法 1.3復(fù)合物構(gòu)象隨時(shí)間的變化 1.4.

關(guān)鍵詞：GROMACS；小分子；自組裝；分子動(dòng)力學(xué)；回轉(zhuǎn)半徑背景介紹小分子自組裝過程廣泛存在于材料、生命與能源體系中，其微觀機(jī)理關(guān)乎膠束/囊泡形成、層狀有序相的出現(xiàn)以及功能納米結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性。相比僅觀察宏觀現(xiàn)象，分子動(dòng)力學(xué)（MD）能在原子尺度直接揭示小分子的自組裝機(jī)理，直觀體現(xiàn)其自組裝過程，從而為藥物，納米材料設(shè)計(jì)提供理論依據(jù)。

關(guān)鍵詞：GROMACS；電場(chǎng)；水球; 分子動(dòng)力學(xué)；packmol在材料科學(xué)、電氣工程以及生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域，水球行為在外加電場(chǎng)下的變化具有重要意義。電場(chǎng)對(duì)水分子的影響不僅關(guān)系到液體的表面張力，還與電介質(zhì)的性能、微流控技術(shù)的應(yīng)用及生物細(xì)胞的電場(chǎng)響應(yīng)等問題密切相關(guān)。因此，通過分子動(dòng)力學(xué)（MD）模擬研究電場(chǎng)下水球行為成為一種有效且精確的手段。

相比之下，非肌動(dòng)蛋白結(jié)合蛋白MHC-1在FRAP實(shí)驗(yàn)中表現(xiàn)出擴(kuò)散動(dòng)力學(xué)以其特有的擴(kuò)散系數(shù)D = 0.26±0.22μm2 s?1。同樣,對(duì)油脂層的收緊實(shí)驗(yàn)lypophilic分子插入到細(xì)胞質(zhì)膜產(chǎn)生了擴(kuò)散系數(shù)為3.1±1.8μm2 s?1?？傊?這些結(jié)果證實(shí)了質(zhì)膜的分子動(dòng)力學(xué)是不均勻的。肌動(dòng)蛋白結(jié)合的跨膜蛋白顯示彈道向后運(yùn)動(dòng)，而脂質(zhì)和非肌動(dòng)蛋白結(jié)合的跨膜顯示擴(kuò)散。

基于Forcite模塊的分子動(dòng)力學(xué)研究藥劑與礦物相互作用實(shí)例（一）關(guān)鍵詞：相互作用 MS Forcite 分子動(dòng)力學(xué) 徑向分布 筆名：楊過Forcite模塊是分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算的主要模塊，研究范圍廣，可以對(duì)多種周期性體系進(jìn)行計(jì)算分析，在礦物分選領(lǐng)域中主要是計(jì)算分析藥劑與礦物相互作用，在不同計(jì)算參數(shù)條件下可以實(shí)現(xiàn)藥劑與礦物相互作用模型的預(yù)測(cè)與分析，從而得到表面相互作用機(jī)理。

關(guān)鍵詞：頁巖油，分子動(dòng)力學(xué)，lammps，gromacs，界面張力，最小混相壓力摘要：分子模擬方法在探究納米尺度下分子間相互作用方面展現(xiàn)出巨大的技術(shù)優(yōu)勢(shì)。因此，本文采用分子動(dòng)力學(xué)模擬方法，研究體相CO2/原油的混相機(jī)理。通過我這套LAMMPS, GROMACS代碼，你可以實(shí)現(xiàn)不同氣體，不同油種類，不同溫度下的油氣界面張力和最小混相壓力計(jì)算。

分子動(dòng)力學(xué)簡(jiǎn)介（GROMACS軟件）1.1分子動(dòng)力學(xué)基本原理1.2 Linux 系統(tǒng)介紹1.3 分子動(dòng)力學(xué)軟件介紹（Gromacs）2.

p class="ql-align-center"><br></p><p class="ql-align-center"><img src="https://img.jishulink.com/msimage/202407/3b51ea95a5e36b25dfb1e346e3b7bd7a.png" width="630"></p><p><br></p><p>基于跨介質(zhì)問題研究的需求，建立了碰撞雙向流固耦合模型

（3）非平衡分子動(dòng)力學(xué)方法。對(duì)系統(tǒng)施加外力場(chǎng)或速度梯度使其處于非平衡態(tài)，根據(jù)非平衡條件下的響應(yīng)，如應(yīng)力和速度梯度，依牛頓黏性定律計(jì)算?？赡M復(fù)雜流場(chǎng)中黏度，但施加外力和處理邊界條件要注意，理論較復(fù)雜。本文將介紹非平衡分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算黏度的方法之一：周期擾動(dòng)法。周期擾動(dòng)法計(jì)算黏度的原理主要基于對(duì)流體系統(tǒng)施加周期性的外力擾動(dòng)，然后通過分析系統(tǒng)的響應(yīng)來計(jì)算黏度。

結(jié)果表明溫度對(duì)吸附系數(shù)以及有效擴(kuò)散系數(shù)影響明顯，高溫有利于氫氣分子擴(kuò)散；Trinh等通過分子動(dòng)力學(xué)模擬也發(fā)現(xiàn)籠間氫氣客體分子擴(kuò)散的勢(shì)壘隨溫度的升高而減小，溫度高時(shí)氫氣分子的擴(kuò)散系數(shù)更大。Wang等的分子模擬結(jié)果也證明了，溫度高時(shí)氫氣分子具有更高的動(dòng)能，更容易穿過水合物籠進(jìn)入體相。

當(dāng)導(dǎo)體材料附近存在時(shí)變磁場(chǎng)時(shí)，會(huì)發(fā)生電動(dòng)磁懸浮現(xiàn)象。本文我們將通過兩個(gè)示例來演示如何模擬這一現(xiàn)象。這兩個(gè)示例分別為電動(dòng)磁懸浮裝置的 TEAM 標(biāo)準(zhǔn)問題和電動(dòng)懸浮輪。什么是電動(dòng)磁懸??？ 永磁體或載流線圈在旋轉(zhuǎn)和/或移動(dòng)時(shí)會(huì)產(chǎn)生時(shí)變磁場(chǎng)，此時(shí)附近的導(dǎo)體便會(huì)發(fā)生電動(dòng)磁懸浮現(xiàn)象。這是因?yàn)闀r(shí)變磁場(chǎng)會(huì)在導(dǎo)體中引起渦流，并使其產(chǎn)生相反的磁場(chǎng)，進(jìn)而導(dǎo)致導(dǎo)體材料和磁源之間產(chǎn)生排斥力。

關(guān)鍵詞：GROMACS；NaCl；氣液界面; 分子動(dòng)力學(xué)；packmol 海水淡化、海氣相互作用及儲(chǔ)能電解質(zhì)等領(lǐng)域，需要研究鹽溶液在氣?液界面處的微觀結(jié)構(gòu)和動(dòng)態(tài)行為。

“領(lǐng)導(dǎo)，請(qǐng)你尊重這門專業(yè)，流體力學(xué)是……” “請(qǐng)你談?wù)劮堑褥氐姆€(wěn)態(tài)可壓磁流體力學(xué)方程在持續(xù)等離子體約束受控?zé)岷司圩冎械膽?yīng)用?！?/div>