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關鍵詞：GROMACS；小分子；自組裝；分子動力學；回轉半徑背景介紹小分子自組裝過程廣泛存在于材料、生命與能源體系中，其微觀機理關乎膠束/囊泡形成、層狀有序相的出現以及功能納米結構的穩定性。相比僅觀察宏觀現象，分子動力學（MD）能在原子尺度直接揭示小分子的自組裝機理，直觀體現其自組裝過程，從而為藥物，納米材料設計提供理論依據。

隨著分子動力學模擬技術的發展，基于GROMACS的有機物萃取過程分子模擬為我們提供了新的研究手段。本文將探討基于GROMACS的有機物萃取過程的分子模擬技術及其應用前景。一、分子動力學模擬與GROMACS簡介分子動力學模擬（MD）是一種通過數值計算解決分子和原子間相互作用的經典力學方程的方法。

關鍵詞：頁巖油，分子動力學，lammps，gromacs，界面張力，最小混相壓力摘要：分子模擬方法在探究納米尺度下分子間相互作用方面展現出巨大的技術優勢。因此，本文采用分子動力學模擬方法，研究礦物表面潤濕性。通過我這套LAMMPS, GROMACS代碼，你可以實現不同氛圍氣體，不同溫度下的潤濕性-接觸角計算。

利用 Visualizer 模塊構建基礎分子模型 腐蝕介質粒子：HCO3- 、H3O+、H2O以及咪睉啉類緩蝕劑分子 建立界面模型利用 amorphous cell 模塊分別構建包含緩蝕劑分子的無定形組織結構，采用(NVT)進行分子動力學模擬，平衡后統計體系密度的平均值，并把該值作為計算體系中緩蝕劑膜的密度。

關鍵詞：GROMACS；電場；水球; 分子動力學；packmol在材料科學、電氣工程以及生物醫學領域，水球行為在外加電場下的變化具有重要意義。電場對水分子的影響不僅關系到液體的表面張力，還與電介質的性能、微流控技術的應用及生物細胞的電場響應等問題密切相關。因此，通過分子動力學（MD）模擬研究電場下水球行為成為一種有效且精確的手段。

相比宏觀實驗，分子動力學（MD）模擬可直接揭示 Na+、Cl- 以及水分子在界面處的分布與取向，為理解表面張力、離子特異性（Hofmeister 效應）等提供原子級證據。而GROMACS作為一種高效的開源MD模擬軟件，在模擬鹽水溶液氣液界面方面具有強大的技術支持。本案例基于GROMACS，研究氯化鈉氣液界面體系中離子和水分子的分布情況。

關鍵詞：GROMACS；油水；相分離; 分子動力學；packmol在化學、材料科學及生物醫藥等領域，油水相分離是一個重要的研究課題，廣泛應用于石油開采、環境污染治理、化妝品配方優化及生物膜研究等方向。由于油水界面的分子相互作用復雜，采用分子動力學（Molecular Dynamics, MD） 方法進行模擬研究成為一種高效且精確的手段。

關鍵詞：頁巖油，分子動力學，lammps，gromacs，界面張力，最小混相壓力摘要：分子模擬方法在探究納米尺度下分子間相互作用方面展現出巨大的技術優勢。因此，本文采用分子動力學模擬方法，研究體相CO2/原油的混相機理。通過我這套LAMMPS, GROMACS代碼，你可以實現不同氣體，不同油種類，不同溫度下的油氣界面張力和最小混相壓力計算。

Sophia關鍵詞：GROMACS；冰；拉伸; 分子動力學模擬冰（尤其是六方冰?Ih）的微觀力學性能直接影響到極地工程、寒區交通、冷熱循環材料以及航空航天器在超低溫環境中的安全與可靠性。傳統宏觀實驗很難捕獲納米尺度下冰的裂紋萌生與氫鍵斷裂細節，而分子動力學（MD）模擬恰能在原子層面揭示這些本質機理。

關鍵詞：GROMACS；酒精-水混合物；互溶性；分子動力學；氫鍵分析背景介紹酒精與水的互溶行為在化學、材料、生物醫藥等多個領域中具有重要意義。例如，藥物溶液設計、溶劑工程、生物膜相互作用等都依賴于對醇-水體系微觀結構的深入理解。傳統實驗雖然能觀察到宏觀性質變化，但在分子尺度上的機理揭示仍需借助分子動力學模擬。

關鍵詞：Materials Studio，分子動力學模擬，均方位移，界面聚合通過界面聚合制備納濾膜的方法廣泛應用與膜分離技術領域。該篇工作通過研究PIP單體在水中和PIP在PPTA水和中擴散的分子動力學模擬。

一，軟件介紹 GROMACS是一個用于分子動力學模擬和能量最小化的計算引擎。 科技的發展已然遍布世界，對于事物的探討尤其是對微觀動力學現象的研究越來越依賴于計算機。. 由此，模擬技術與實驗、理論三者的結合是現在以及未來被認可和推廣的研究手段。. 分子動力學模擬不僅可以解釋實驗現象，驗證理論結果，而且還發揮著預見性作用。. 其在生物、醫藥、材料、化學等學科領域均有廣泛應用。.

本文主要講述抑制劑和煤泥及其雜質相互作用的分子動力學模擬。首先通過Visualizer對抑制劑糊精進行模型搭建，由于糊精為淀粉加熱分解的中間產物，故分子結構與淀粉分子結構一致，均由葡萄糖分子聚合而成。因此，模擬糊精結構為葡萄糖的聚合物。

對體系進行分子動力學模擬。使用力場為文獻中常用的COMPASS力場，對體系分別進行200ps的NVT和200PS的NPT（可進行不同溫度以及壓力下的模擬）分子動力學模擬。對最終輸出的體系進行500PS的NVE分子動力學體系。收集其MSD和RDF，以及擴散系數。如圖為分子動力學模擬后的模型圖(部分圖)：4.

Sophia關鍵詞：CP2K；非晶態；二氧化硅;分子動力學模擬；退火非晶二氧化硅（a-SiO?）因其高介電常數、優異的化學穩定性與熱穩定性，被廣泛用于光電子器件、微電子絕緣層、以及多種涂層領域。本案例將通過模擬退火方式獲得無定形二氧化硅結構，即令晶態二氧化硅升溫至融化以破壞晶態結構，如何降溫成固態，最后做結構優化。

如圖4所示，體系中不存在完整的正葵烷分子鏈。 圖4 模擬過程中正葵烷分子鏈的裂解情況我們進一步考察體系中具有不同成鍵數的碳原子的數目變化（圖5），可以看到，有100個C原子的成鍵數都是4，因為體系一開始所有的C原子都來自正葵烷，都屬于sp3碳,10條正葵烷分子鏈總共是100個碳原子。

如圖4所示，體系中不存在完整的正葵烷分子鏈。 圖4 模擬過程中正葵烷分子鏈的裂解情況我們進一步考察體系中具有不同成鍵數的碳原子的數目變化（圖5），可以看到，有100個C原子的成鍵數都是4，因為體系一開始所有的C原子都來自正葵烷，都屬于sp3碳,10條正葵烷分子鏈總共是100個碳原子。

近年來，基于分子動力學模擬的研究為這一領域提供了深入的理解和理論支持。本案例將探討基于GROMACS的納米水滴蒸發分子模擬過程。一、分子動力學模擬與GROMACS簡介分子動力學（MD）模擬是一種通過數值方法解決經典力學方程的計算方法，用于模擬分子和原子層次的物質行為。在納米尺度的研究中，MD模擬提供了比傳統實驗方法更為直觀和詳細的物質內部動態信息。

ChCl-2MA在ZnO(001)面動力學模擬(左：能量變化 右：溫度變化)由上圖可以看出， ChCl-2MA與氧化鋅在進行NVT系綜模擬之后，分子間各種能量不斷變化，最終氧化鋅與ChCl-2MA相互作用體系相互作用能量在一定范圍內趨于穩定。同時，ChCl-2MA與氧化鋅分子動力學模擬過程中溫度在300 K范圍內變化， 表明相互作用體系溫度變化已經趨于穩定。

目前理論、模擬和實驗可謂解決科學問題的三輛并駕齊驅的馬車。今天以KALP15蛋白為例，主要介紹基于Gromacs進行膜蛋白體系的構建和模擬。1. 蛋白結構預處理。首先通過可視化軟件（VMD、pymol等）檢查結構文件中的分子成分，去除不需要的組分。然后通過pdb2gmx命令講原始結構文件進行轉換并選擇相應力場。2. 選擇合適的膜組分。