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pbc mol #提取首幀2. gmx trjconv -s md_results_1.tpr -f md_results_1.xtc -o last.pdb -sep -b 100000 -e 100000 -pbc mol#這里的結(jié)構(gòu)一共100000幀，所以取最后一幀兩者都選擇protein進(jìn)行輸出，這樣我們就得到了first和last這兩個(gè)起始結(jié)構(gòu)的pdb結(jié)構(gòu)Step2：利用pymol

軟件介紹1.1 軟件安裝及初始設(shè)置1.2 基本知識(shí)介紹（如氫鍵等）2.pymol 軟件使用2.1蛋白小分子相互作用圖解2.2 蛋白蛋白相互作用圖解2.3 蛋白及小分子表面圖、靜電勢(shì)表示2.4蛋白及小分子結(jié)構(gòu)疊加及比對(duì)2.5繪相互作用力2.6 pymol動(dòng)畫(huà)制作實(shí)例講解與練習(xí)：（1）尼洛替尼與靶點(diǎn)的相互作用，列出相互作用的氨基酸，并導(dǎo)出結(jié)合模式圖（2）制作結(jié)合口袋表面圖（3）

Pymol 軟件介紹1.1 軟件安裝及初始設(shè)置1.2 基本知識(shí)介紹（如氫鍵等）2.Pymol 軟件使用2.1蛋白小分子相互作用圖解2.2 蛋白蛋白相互作用圖解2.3 蛋白及小分子表面圖、靜電勢(shì)表示2.4蛋白及小分子結(jié)構(gòu)疊加及比對(duì)2.5繪相互作用力2.6 Pymol動(dòng)畫(huà)制作實(shí)例講解與練習(xí)：（1）尼洛替尼與靶點(diǎn)的相互作用，列出相互作用的氨基酸，并導(dǎo)出結(jié)合模式圖（2）制作結(jié)合口袋表面圖

軟件介紹1.1 軟件安裝及初始設(shè)置1.2 基本知識(shí)介紹（如氫鍵等）2.pymol 軟件使用2.1蛋白小分子相互作用圖解2.2 蛋白蛋白相互作用圖解2.3 蛋白及小分子表面圖、靜電勢(shì)表示2.4蛋白及小分子結(jié)構(gòu)疊加及比對(duì)2.5繪相互作用力2.6 pymol動(dòng)畫(huà)制作實(shí)例講解與練習(xí)：（1）尼洛替尼與靶點(diǎn)的相互作用，列出相互作用的氨基酸，并導(dǎo)出結(jié)合模式圖（2）制作結(jié)合口袋表面圖（3）

蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)viewer 、linux和python基礎(chǔ)教學(xué)目標(biāo)：能夠使用vim編輯器簡(jiǎn)單編輯文件，能夠使用pymol或chimerax查看蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)。

首先通過(guò)可視化軟件（VMD、pymol等）檢查結(jié)構(gòu)文件中的分子成分，去除不需要的組分。然后通過(guò)pdb2gmx命令講原始結(jié)構(gòu)文件進(jìn)行轉(zhuǎn)換并選擇相應(yīng)力場(chǎng)。2. 選擇合適的膜組分。根據(jù)自身需要選擇合適的磷脂成分（https://people.ucalgary.ca/~tieleman/download.html 可下載相關(guān)結(jié)構(gòu)和力場(chǎng)）。并且在該步驟利用蛋白和磷脂力場(chǎng)構(gòu)建需要的topol文件。

蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)viewer 、Linux和Python基礎(chǔ)教學(xué)目標(biāo)：能夠使用vim編輯器簡(jiǎn)單編輯文件，能夠使用PyMOL或ChimeraX查看蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)。

（保存pymol中的sele對(duì)象） 開(kāi)啟一個(gè)北鯤云管理節(jié)點(diǎn) 加載環(huán)境。 module add Anaconda3/2020.02 source /public/software/.

Pymol 軟件介紹 1.1 軟件安裝及初始設(shè)置 1.2 基本知識(shí)介紹（如氫鍵等） 2.Pymol 軟件使用 2.1蛋白小分子相互作用圖解 2.2 蛋白蛋白相互作用圖解 2.3 蛋白及小分子表面圖、靜電勢(shì)表示 2.4蛋白及小分子結(jié)構(gòu)疊加及比對(duì)

首先需要通過(guò)其他軟件如Pymol、Glide、DS等去除蛋白中的水分子，刪除多余的鏈，并把原配體分子提離出來(lái)。單獨(dú)的蛋白文件和配體文件均保存為.pdb格式。設(shè)置工作目錄：為了計(jì)算的方便以及后續(xù)文件的方便查找，我們首先設(shè)置一個(gè)工作目錄，要注意文件路徑需全為英文，否則會(huì)導(dǎo)致程序出現(xiàn)錯(cuò)誤。我這里在C盤中設(shè)立文件夾AutoDock，以后的計(jì)算均可保存在該文件夾中。

這里我們從PDB數(shù)據(jù)庫(kù)下載溶菌酶蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)，編號(hào)為1AKI，或則利用PyMOL直接從命令行獲取三維結(jié)構(gòu)，然后利用PyMOL檢查結(jié)構(gòu)，是否缺失，并且刪除除開(kāi)蛋白質(zhì)外的雜原子和水分子，并保存為protein.pdb文件。

該軟件學(xué)術(shù)免費(fèi)，而且具備和PyMOL類似的圖形顯示功能。獲取地址：https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html 獲取晶體結(jié)構(gòu)結(jié)構(gòu)復(fù)合物本教程旨在利用Amber在北鯤云平臺(tái)上完成蛋白質(zhì)Abl和靶向藥物伊馬替尼體系的動(dòng)力學(xué)模擬，并且計(jì)算他們之間的結(jié)合自由能。