Step1：利用模擬得到的拓撲文件和估計文件，提取模擬前后的兩幀結構

1. gmx trjconv -s md_test.tpr -f md_test.xtc -o first.pdb -sep -b 0 -e 0 -pbc mol

#提取首幀

2. gmx trjconv -s md_results_1.tpr -f md_results_1.xtc -o last.pdb -sep -b 100000 -e 100000 -pbc mol

#這里的結構一共100000幀，所以取最后一幀

兩者都選擇protein進行輸出，這樣我們就得到了first和last這兩個起始結構的pdb結構

Step2：利用pymol預處理

load first0.pdb    #加載

load last0.pdb

align last0, first0 #對齊

在命令框輸入

Step3：利用pymol腳本（modevectors.py）進行再處理

modevectors.py下載地址：https://pymolwiki.org/index.php/Modevectors

Step4：查看工作路徑，也可以更改工作路徑，確保你的文件都在此路徑下

Step5：開始運行pymol腳本，在命令框依次輸入

run modevectors.py   #用于繪制豪豬圖

modevectors first0, last0

center

zoom

show cartoon， first0

show cartoon， last0

最后的結果，差異體現在箭頭處，箭頭的指向是從初始到結束位置

其他的顏色，大小，清晰度都可以自己再去調整

最后, 有gromacs相關MD需求,歡迎通過公眾號聯系我們.

公眾號:320科技工作室