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今天以KALP15蛋白為例，主要介紹基于Gromacs進行膜蛋白體系的構建和模擬。1. 蛋白結構預處理。首先通過可視化軟件（VMD、pymol等）檢查結構文件中的分子成分，去除不需要的組分。然后通過pdb2gmx命令講原始結構文件進行轉換并選擇相應力場。2. 選擇合適的膜組分。

基于藥物靶點結構的合理藥物設計和篩選愈來愈受到重視，藥物靶點和配體的親和力以及相互作用的結構是十分重要的研究數據。

然后通過手動或者對接的方式將蛋白和小分子組合。這樣就可以初步得到蛋白-配體復合物的構象。如下圖： 之前的模擬介紹過如何生成蛋白質的力場。如果此時使用gmx pdb2gmx -f AA.pdb -o AA.gro命令來建立力場時，會發現gromacs無法識別小分子并產生相關的力場。

隨著分子動力學模擬技術的發展，基于GROMACS的有機物萃取過程分子模擬為我們提供了新的研究手段。本文將探討基于GROMACS的有機物萃取過程的分子模擬技術及其應用前景。一、分子動力學模擬與GROMACS簡介分子動力學模擬（MD）是一種通過數值計算解決分子和原子間相互作用的經典力學方程的方法。

近年來，基于分子動力學模擬的研究為這一領域提供了深入的理解和理論支持。本案例將探討基于GROMACS的納米水滴蒸發分子模擬過程。一、分子動力學模擬與GROMACS簡介分子動力學（MD）模擬是一種通過數值方法解決經典力學方程的計算方法，用于模擬分子和原子層次的物質行為。在納米尺度的研究中，MD模擬提供了比傳統實驗方法更為直觀和詳細的物質內部動態信息。

而GROMACS作為一種高效的開源MD模擬軟件，在模擬鹽水溶液氣液界面方面具有強大的技術支持。本案例基于GROMACS，研究氯化鈉氣液界面體系中離子和水分子的分布情況。 初始模型的構建 在本案例中，我們模擬對象為氯化鈉水溶液-真空體系，水分子采用spce水模型。

而GROMACS作為一種高效的開源MD模擬軟件，在模擬液體在外場影響下的行為方面具有強大的技術支持。本案例基于GROMACS，研究水分子在外加電場強度下的形狀演變。初始模型的構建在本案例中，我們模擬對象為純水納米水球，水分子采用spce水模型。

分子動力學簡介（GROMACS軟件）1.1分子動力學基本原理1.2 Linux 系統介紹1.3 分子動力學軟件介紹（Gromacs）2.

本案例基于GROMACS軟件，模擬分析匹格列酮四聚體的分子自組裝過程。

而GROMACS作為高性能的開源MD模擬軟件，為研究油水界面張力、乳化劑作用、納米顆粒輔助分離等提供了強大的技術支持。本案例基于GROMACS，建立油水混合體系的分子動力學模型，模擬其在常溫下的自發相分離過程，并考察油分子的溶劑可及表面積的變化。初始模型的構建在本案例中，我們采用烷烴（正十六烷） 作為油相，構建一個油水混合初始體系。

本案例基于GROMACS軟件，模擬分析乙醇-水混合液體系的互溶過程與氫鍵網絡特征，探索兩種液體互溶行為背后的分子機制。

蛋白質及配體結構獲取在本教程中，我們將使用T4溶菌酶L99A/M102Q(PDB ID：3HTB)為例，從PDB蛋白數據庫 (RCSB PDB)下載其晶體結構，去掉晶體水，PO4和 BME。 蛋白及配體力場獲取只有在力場的.rtp文件中存在構建塊的條目時，拓撲才能自動組裝。

分子動力學簡介（gromacs軟件）1.1分子動力學基本原理1.2 linux 系統介紹1.3 分子動力學軟件介紹（gromacs）2. gromacs 進行分子動力學模擬2.1 配體分子的處理2.2 蛋白結構的處理2.3 修改蛋白坐標文件2.4修改拓撲文件2.5構建盒子并放入溶劑2.6平衡系統電荷2.7能量最小化2.8 nvt平衡2.9 npt平衡2.10 產出動力學模擬

Step5：開始運行pymol腳本，在命令框依次輸入run modevectors.py #用于繪制豪豬圖modevectors first0, last0centerzoomshow cartoon， first0show cartoon， last0最后的結果，差異體現在箭頭處，箭頭的指向是從初始到結束位置其他的顏色，大小，清晰度都可以自己再去調整最后, 有gromacs

三 培訓對象 需要使用Gromacs軟件進行科學研究的老師,學生以及其他研究人員. 四、培訓內容 針對gromacs軟件的常用模塊進行教學，包括蛋白與配體模擬分析，離子液體，小分子與細胞膜相互作用，同時介紹gromacs中的各分析模塊使用功能。具體內容如下： 1.

分子動力學簡介（gromacs軟件）1.1分子動力學基本原理1.2 linux 系統介紹1.3 分子動力學軟件介紹（gromacs）2. gromacs 進行分子動力學模擬2.1 配體分子的處理2.2 蛋白結構的處理2.3 修改蛋白坐標文件2.4修改拓撲文件2.5構建盒子并放入溶劑2.6平衡系統電荷2.7能量最小化2.8 nvt平衡2.9 npt平衡2.10 產出動力學模擬

Sophia關鍵詞：GROMACS；冰；拉伸; 分子動力學模擬冰（尤其是六方冰?Ih）的微觀力學性能直接影響到極地工程、寒區交通、冷熱循環材料以及航空航天器在超低溫環境中的安全與可靠性。傳統宏觀實驗很難捕獲納米尺度下冰的裂紋萌生與氫鍵斷裂細節，而分子動力學（MD）模擬恰能在原子層面揭示這些本質機理。

對于結晶水可用grep –v HOH命令清除，然后通過gmx pdb2gmx命令選擇的蛋白N、C端電荷狀態，水溶劑模型以及時候忽略原有結構中的H原子，最重要的是通過軟件自帶的力場文件在該處產生適合體系的力場。

溶菌酶還可與帶負電荷的病毒蛋白直接結合，與DNA、RNA、脫輔基蛋白形成復合體，使病毒失活。這里我們從PDB數據庫下載溶菌酶蛋白質三維結構，編號為1AKI，或則利用PyMOL直接從命令行獲取三維結構，然后利用PyMOL檢查結構，是否缺失，并且刪除除開蛋白質外的雜原子和水分子，并保存為protein.pdb文件。

報名專題三贈送往期《GROMACS分子動力學蛋白模擬、藥物開發溶劑篩選》專題課程回放 5. 線上課程：課后提供本次報名參加所學線上專題的無限次回放視頻； 6.