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一，軟件介紹 GROMACS是一個(gè)用于分子動(dòng)力學(xué)模擬和能量最小化的計(jì)算引擎。 科技的發(fā)展已然遍布世界，對(duì)于事物的探討尤其是對(duì)微觀動(dòng)力學(xué)現(xiàn)象的研究越來越依賴于計(jì)算機(jī)。. 由此，模擬技術(shù)與實(shí)驗(yàn)、理論三者的結(jié)合是現(xiàn)在以及未來被認(rèn)可和推廣的研究手段。. 分子動(dòng)力學(xué)模擬不僅可以解釋實(shí)驗(yàn)現(xiàn)象，驗(yàn)證理論結(jié)果，而且還發(fā)揮著預(yù)見性作用。. 其在生物、醫(yī)藥、材料、化學(xué)等學(xué)科領(lǐng)域均有廣泛應(yīng)用。.

基于Forcite模塊的分子動(dòng)力學(xué)研究藥劑與礦物相互作用實(shí)例（一）關(guān)鍵詞：相互作用 MS Forcite 分子動(dòng)力學(xué) 徑向分布 筆名：楊過Forcite模塊是分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算的主要模塊，研究范圍廣，可以對(duì)多種周期性體系進(jìn)行計(jì)算分析，在礦物分選領(lǐng)域中主要是計(jì)算分析藥劑與礦物相互作用，在不同計(jì)算參數(shù)條件下可以實(shí)現(xiàn)藥劑與礦物相互作用模型的預(yù)測(cè)與分析，從而得到表面相互作用機(jī)理。

它通過追蹤分子在特定條件下的運(yùn)動(dòng)軌跡，能夠?yàn)槲覀兲峁╆P(guān)于分子結(jié)構(gòu)、動(dòng)力學(xué)性質(zhì)和熱力學(xué)行為的詳細(xì)信息。GROMACS（GROningen MAchine for Chemical Simulations）是一款高效的分子動(dòng)力學(xué)模擬軟件，廣泛應(yīng)用于生物分子模擬、材料科學(xué)和化學(xué)反應(yīng)動(dòng)力學(xué)等領(lǐng)域。由于其高度優(yōu)化的計(jì)算性能，GROMACS成為了研究液-液萃取過程和有機(jī)物分子行為的理想工具。

關(guān)鍵詞：GROMACS；油水；相分離; 分子動(dòng)力學(xué)；packmol在化學(xué)、材料科學(xué)及生物醫(yī)藥等領(lǐng)域，油水相分離是一個(gè)重要的研究課題，廣泛應(yīng)用于石油開采、環(huán)境污染治理、化妝品配方優(yōu)化及生物膜研究等方向。由于油水界面的分子相互作用復(fù)雜，采用分子動(dòng)力學(xué)（Molecular Dynamics, MD） 方法進(jìn)行模擬研究成為一種高效且精確的手段。

關(guān)鍵詞：GROMACS；小分子；自組裝；分子動(dòng)力學(xué)；回轉(zhuǎn)半徑背景介紹小分子自組裝過程廣泛存在于材料、生命與能源體系中，其微觀機(jī)理關(guān)乎膠束/囊泡形成、層狀有序相的出現(xiàn)以及功能納米結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性。相比僅觀察宏觀現(xiàn)象，分子動(dòng)力學(xué)（MD）能在原子尺度直接揭示小分子的自組裝機(jī)理，直觀體現(xiàn)其自組裝過程，從而為藥物，納米材料設(shè)計(jì)提供理論依據(jù)。

關(guān)鍵詞：GROMACS；酒精-水混合物；互溶性；分子動(dòng)力學(xué)；氫鍵分析背景介紹酒精與水的互溶行為在化學(xué)、材料、生物醫(yī)藥等多個(gè)領(lǐng)域中具有重要意義。例如，藥物溶液設(shè)計(jì)、溶劑工程、生物膜相互作用等都依賴于對(duì)醇-水體系微觀結(jié)構(gòu)的深入理解。傳統(tǒng)實(shí)驗(yàn)雖然能觀察到宏觀性質(zhì)變化，但在分子尺度上的機(jī)理揭示仍需借助分子動(dòng)力學(xué)模擬。

關(guān)鍵詞：頁巖油，分子動(dòng)力學(xué)，lammps，gromacs，界面張力，最小混相壓力摘要：分子模擬方法在探究納米尺度下分子間相互作用方面展現(xiàn)出巨大的技術(shù)優(yōu)勢(shì)。因此，本文采用分子動(dòng)力學(xué)模擬方法，研究礦物表面潤濕性。通過我這套LAMMPS, GROMACS代碼，你可以實(shí)現(xiàn)不同氛圍氣體，不同溫度下的潤濕性-接觸角計(jì)算。

利用 Visualizer 模塊構(gòu)建基礎(chǔ)分子模型 腐蝕介質(zhì)粒子：HCO3- 、H3O+、H2O以及咪睉啉類緩蝕劑分子 建立界面模型利用 amorphous cell 模塊分別構(gòu)建包含緩蝕劑分子的無定形組織結(jié)構(gòu)，采用(NVT)進(jìn)行分子動(dòng)力學(xué)模擬，平衡后統(tǒng)計(jì)體系密度的平均值，并把該值作為計(jì)算體系中緩蝕劑膜的密度。

Sophia關(guān)鍵詞：CP2K；非晶態(tài)；二氧化硅;分子動(dòng)力學(xué)模擬；退火非晶二氧化硅（a-SiO?）因其高介電常數(shù)、優(yōu)異的化學(xué)穩(wěn)定性與熱穩(wěn)定性，被廣泛用于光電子器件、微電子絕緣層、以及多種涂層領(lǐng)域。本案例將通過模擬退火方式獲得無定形二氧化硅結(jié)構(gòu)，即令晶態(tài)二氧化硅升溫至融化以破壞晶態(tài)結(jié)構(gòu)，如何降溫成固態(tài)，最后做結(jié)構(gòu)優(yōu)化。

關(guān)鍵詞：頁巖油，分子動(dòng)力學(xué)，lammps，gromacs，界面張力，最小混相壓力摘要：分子模擬方法在探究納米尺度下分子間相互作用方面展現(xiàn)出巨大的技術(shù)優(yōu)勢(shì)。因此，本文采用分子動(dòng)力學(xué)模擬方法，研究體相CO2/原油的混相機(jī)理。通過我這套LAMMPS, GROMACS代碼，你可以實(shí)現(xiàn)不同氣體，不同油種類，不同溫度下的油氣界面張力和最小混相壓力計(jì)算。

關(guān)鍵詞：Materials Studio，分子動(dòng)力學(xué)模擬，均方位移，界面聚合通過界面聚合制備納濾膜的方法廣泛應(yīng)用與膜分離技術(shù)領(lǐng)域。該篇工作通過研究PIP單體在水中和PIP在PPTA水和中擴(kuò)散的分子動(dòng)力學(xué)模擬。

關(guān)鍵詞：GROMACS；電場(chǎng)；水球; 分子動(dòng)力學(xué)；packmol在材料科學(xué)、電氣工程以及生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域，水球行為在外加電場(chǎng)下的變化具有重要意義。電場(chǎng)對(duì)水分子的影響不僅關(guān)系到液體的表面張力，還與電介質(zhì)的性能、微流控技術(shù)的應(yīng)用及生物細(xì)胞的電場(chǎng)響應(yīng)等問題密切相關(guān)。因此，通過分子動(dòng)力學(xué)（MD）模擬研究電場(chǎng)下水球行為成為一種有效且精確的手段。

關(guān)鍵詞：GROMACS；NaCl；氣液界面; 分子動(dòng)力學(xué)；packmol 海水淡化、海氣相互作用及儲(chǔ)能電解質(zhì)等領(lǐng)域，需要研究鹽溶液在氣?液界面處的微觀結(jié)構(gòu)和動(dòng)態(tài)行為。

關(guān)鍵詞：黏度,周期擾動(dòng)法，SPC/E水分子，分子動(dòng)力學(xué)，lammps目前分子動(dòng)力學(xué)計(jì)算黏度主要有以下方法：（1）基于 Green - Kubo 關(guān)系的方法。從微觀角度出發(fā)，利用壓力張量自相關(guān)函數(shù)積分計(jì)算黏度。理論基礎(chǔ)強(qiáng)，能考慮復(fù)雜微觀因素，但計(jì)算量極大，對(duì)計(jì)算機(jī)性能和時(shí)間要求高，積分上限選擇需謹(jǐn)慎。（2）愛因斯坦關(guān)系法。通過分析粒子擴(kuò)散行為間接求黏度，依據(jù)愛因斯坦關(guān)系，由粒子擴(kuò)散系數(shù)計(jì)算。

Sophia關(guān)鍵詞：GROMACS；冰；拉伸; 分子動(dòng)力學(xué)模擬冰（尤其是六方冰?Ih）的微觀力學(xué)性能直接影響到極地工程、寒區(qū)交通、冷熱循環(huán)材料以及航空航天器在超低溫環(huán)境中的安全與可靠性。傳統(tǒng)宏觀實(shí)驗(yàn)很難捕獲納米尺度下冰的裂紋萌生與氫鍵斷裂細(xì)節(jié)，而分子動(dòng)力學(xué)（MD）模擬恰能在原子層面揭示這些本質(zhì)機(jī)理。

本文主要講述抑制劑和煤泥及其雜質(zhì)相互作用的分子動(dòng)力學(xué)模擬。首先通過Visualizer對(duì)抑制劑糊精進(jìn)行模型搭建，由于糊精為淀粉加熱分解的中間產(chǎn)物，故分子結(jié)構(gòu)與淀粉分子結(jié)構(gòu)一致，均由葡萄糖分子聚合而成。因此，模擬糊精結(jié)構(gòu)為葡萄糖的聚合物。

對(duì)體系進(jìn)行分子動(dòng)力學(xué)模擬。使用力場(chǎng)為文獻(xiàn)中常用的COMPASS力場(chǎng)，對(duì)體系分別進(jìn)行200ps的NVT和200PS的NPT（可進(jìn)行不同溫度以及壓力下的模擬）分子動(dòng)力學(xué)模擬。對(duì)最終輸出的體系進(jìn)行500PS的NVE分子動(dòng)力學(xué)體系。收集其MSD和RDF，以及擴(kuò)散系數(shù)。如圖為分子動(dòng)力學(xué)模擬后的模型圖(部分圖)：4.

分子動(dòng)力學(xué)（MD）模擬能夠在原子尺度揭示高熵合金在循環(huán)載荷下的微觀過程，為理解其抗疲勞機(jī)理提供重要依據(jù)。然而，目前針對(duì)高熵合金在正弦波循環(huán)應(yīng)力下的MD研究仍較為有限，尤其是不同成分、溫度及加載頻率對(duì)疲勞行為的影響仍需深入探索。本研究擬通過分子動(dòng)力學(xué)模擬，對(duì)其開展研究。

粗?；?em>分子動(dòng)力學(xué)和反向映射計(jì)算雙折射性質(zhì)眾所周知，高分子材料中的大變形會(huì)導(dǎo)致定向雙折射。先前的J-OCTA實(shí)例已經(jīng)介紹了全原子分子動(dòng)力學(xué)（FAMD）[1]和多尺度方法[2]。在使用全原子MD時(shí)，存在的問題是模擬的時(shí)間尺度較短。這會(huì)導(dǎo)致變形速率較快，聚合物在變形響應(yīng)中的松弛無法及時(shí)完成，從而導(dǎo)致過度定向的狀態(tài)。