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關鍵詞：頁巖油，分子動力學，lammps，gromacs，界面張力，最小混相壓力摘要：分子模擬方法在探究納米尺度下分子間相互作用方面展現出巨大的技術優勢。因此，本文采用分子動力學模擬方法，研究礦物表面潤濕性。通過我這套LAMMPS, GROMACS代碼，你可以實現不同氛圍氣體，不同溫度下的潤濕性-接觸角計算。

基于Forcite模塊的分子動力學研究藥劑與礦物相互作用實例（一）關鍵詞：相互作用 MS Forcite 分子動力學 徑向分布 筆名：楊過Forcite模塊是分子動力學計算的主要模塊，研究范圍廣，可以對多種周期性體系進行計算分析，在礦物分選領域中主要是計算分析藥劑與礦物相互作用，在不同計算參數條件下可以實現藥劑與礦物相互作用模型的預測與分析，從而得到表面相互作用機理。

關鍵詞：黏度,周期擾動法，SPC/E水分子，分子動力學，lammps目前分子動力學計算黏度主要有以下方法：（1）基于 Green - Kubo 關系的方法。從微觀角度出發，利用壓力張量自相關函數積分計算黏度。理論基礎強，能考慮復雜微觀因素，但計算量極大，對計算機性能和時間要求高，積分上限選擇需謹慎。（2）愛因斯坦關系法。通過分析粒子擴散行為間接求黏度，依據愛因斯坦關系，由粒子擴散系數計算。

在進行常規浮選操作時，高灰細粒煤泥由于含有的雜質較多，灰分較大導致其可浮性較差，因此在浮選過程中常使用藥劑來提高煤泥的產率和降低灰分，常見煤泥浮選藥劑主要分為抑制劑和捕收劑，抑制劑是抑制其他礦物浮選，捕收劑是浮選煤泥礦物。本文主要講述抑制劑和煤泥及其雜質相互作用的分子動力學模擬。

關鍵詞：頁巖油，分子動力學，lammps，gromacs，界面張力，最小混相壓力摘要：分子模擬方法在探究納米尺度下分子間相互作用方面展現出巨大的技術優勢。因此，本文采用分子動力學模擬方法，研究體相CO2/原油的混相機理。通過我這套LAMMPS, GROMACS代碼，你可以實現不同氣體，不同油種類，不同溫度下的油氣界面張力和最小混相壓力計算。

關鍵詞：GROMACS；酒精-水混合物；互溶性；分子動力學；氫鍵分析背景介紹酒精與水的互溶行為在化學、材料、生物醫藥等多個領域中具有重要意義。例如，藥物溶液設計、溶劑工程、生物膜相互作用等都依賴于對醇-水體系微觀結構的深入理解。傳統實驗雖然能觀察到宏觀性質變化，但在分子尺度上的機理揭示仍需借助分子動力學模擬。

整個分子動力學過程通過Lammps實現，其中部分壁面需要在MS中進行調整。

關鍵詞：Materials Studio，分子動力學模擬，均方位移，擴散系數內容摘要：? 腐蝕是工業生產過程中一個極為突出的問題，造成了巨大的經濟損失和安全隱患。在眾多的防腐蝕措施之中，添加緩蝕劑是廣泛采用的方法之一。? 常用的緩蝕劑主要為吸附型緩蝕劑，它可穩定吸附在金屬表面并在金屬表面形成致密的保護膜，阻礙腐蝕介質向金屬表面遷移擴散，以達到抑制或延緩腐蝕的目的。

隨著分子動力學模擬技術的發展，基于GROMACS的有機物萃取過程分子模擬為我們提供了新的研究手段。本文將探討基于GROMACS的有機物萃取過程的分子模擬技術及其應用前景。一、分子動力學模擬與GROMACS簡介分子動力學模擬（MD）是一種通過數值計算解決分子和原子間相互作用的經典力學方程的方法。

相比宏觀實驗，分子動力學（MD）模擬可直接揭示 Na+、Cl- 以及水分子在界面處的分布與取向，為理解表面張力、離子特異性（Hofmeister 效應）等提供原子級證據。而GROMACS作為一種高效的開源MD模擬軟件，在模擬鹽水溶液氣液界面方面具有強大的技術支持。本案例基于GROMACS，研究氯化鈉氣液界面體系中離子和水分子的分布情況。

關鍵詞：GROMACS；電場；水球; 分子動力學；packmol在材料科學、電氣工程以及生物醫學領域，水球行為在外加電場下的變化具有重要意義。電場對水分子的影響不僅關系到液體的表面張力，還與電介質的性能、微流控技術的應用及生物細胞的電場響應等問題密切相關。因此，通過分子動力學（MD）模擬研究電場下水球行為成為一種有效且精確的手段。

關鍵詞：GROMACS；小分子；自組裝；分子動力學；回轉半徑背景介紹小分子自組裝過程廣泛存在于材料、生命與能源體系中，其微觀機理關乎膠束/囊泡形成、層狀有序相的出現以及功能納米結構的穩定性。相比僅觀察宏觀現象，分子動力學（MD）能在原子尺度直接揭示小分子的自組裝機理，直觀體現其自組裝過程，從而為藥物，納米材料設計提供理論依據。

關鍵詞：GROMACS；油水；相分離; 分子動力學；packmol在化學、材料科學及生物醫藥等領域，油水相分離是一個重要的研究課題，廣泛應用于石油開采、環境污染治理、化妝品配方優化及生物膜研究等方向。由于油水界面的分子相互作用復雜，采用分子動力學（Molecular Dynamics, MD） 方法進行模擬研究成為一種高效且精確的手段。

關鍵詞：Materials Studio，分子動力學模擬，均方位移，界面聚合通過界面聚合制備納濾膜的方法廣泛應用與膜分離技術領域。該篇工作通過研究PIP單體在水中和PIP在PPTA水和中擴散的分子動力學模擬。

Sophia關鍵詞：GROMACS；冰；拉伸; 分子動力學模擬冰（尤其是六方冰?Ih）的微觀力學性能直接影響到極地工程、寒區交通、冷熱循環材料以及航空航天器在超低溫環境中的安全與可靠性。傳統宏觀實驗很難捕獲納米尺度下冰的裂紋萌生與氫鍵斷裂細節，而分子動力學（MD）模擬恰能在原子層面揭示這些本質機理。

對體系進行分子動力學模擬。使用力場為文獻中常用的COMPASS力場，對體系分別進行200ps的NVT和200PS的NPT（可進行不同溫度以及壓力下的模擬）分子動力學模擬。對最終輸出的體系進行500PS的NVE分子動力學體系。收集其MSD和RDF，以及擴散系數。如圖為分子動力學模擬后的模型圖(部分圖)：4.

關于舉辦“CP2K從頭算分子動力學、Gaussian量子化學、LAMMPS分子動力學、ReaxFF反應力場”系列專題培訓的通知https://mp.weixin.qq.com/s/FqCX-NJGbX5-fpZ7royMJA一、 培訓背景：CP2K是一款較為強大的AIMD計算程序，免費開源，可高效并行。

關鍵詞：頁巖油,提高采收率，CO2封存，分子動力學，lammps摘要：應用CO2提高致密油采收率具有巨大的發展潛力，目前已經成為致密油藏開發領域的研究熱點。近年來，分子模擬方法在探究納米尺度下分子間相互作用方面展現出巨大的技術優勢。

初始模型的構建啟動VMD，進入Extension-Modeling-Inorganic Builder中構建方石英二氧化硅超胞，如圖1所示： 圖1 初始晶態二氧化硅模型首先進行高溫動力學模擬，CP2K輸入文件中任務類型設為分子動力學，理論方法選擇GFN1-XTB，溫度設為3000，采用CSVR熱浴，計算10 ps。其結構演變如圖2所示。

對于全原子和粗粒化分子動力學，包含COGNAC、VSOP和GENESIS，并提供了與LAMMPS、GROMACS和HOOMD-blue的接口。耗散粒子動力學（DPD）類似于分子動力學，但未包含在GENESIS和GROMACS中。對于平均場方法，包含SUSHI。對于爬行動力學，包括COGNAC和VSOP的DPD功能與滑動彈簧模型、PASTA和NAPLES。