結合能計算
關注創建者：匿名 創建時間：2026-01-04
結合能計算的實例教程
如下圖所示：
圖4 受體-配體結構
圖5 計算產生的數據文件
圖6 受體-配體結合能以及能量組成項數值
圖7 受體-配體各單元的結合能
此項工作的計算流程并不難，但是難點在于理解計算腳本中的每一項內容，從而根據自己的需要去得到合適準確的計算腳本，以及理解MMPBSA計算的物理含義。歡迎大家聯系小編下載本文中使用的計算腳本。
最后如何根據自己需求計算結合能、如何更改腳本指令以及學習MMPBSA深層含義，有相關需求歡迎通過公眾號與我們聯系。
公眾號“320科技工作室”
展開 計算完成后便可以對上述一系列模擬產生的數據進行分析處理，這其中會涉及到較多的規則來判定這個模擬是否收斂。
第一種是判斷后期的能量誤差是否在合理范圍之內。如圖所示：
第二種則是判斷不同狀態組成的重疊矩陣。較理想的情況是每個模擬都會和左右相鄰的兩個體系之間具有較好的能量重疊。
而最后的結果一般為三項之和：配體能量項、復合體能量項以及對配體施加的限制項。
本次我們介紹了一種更為精確的結合自由能計算方法：自由能微擾。雖然計算過程繁瑣，需要的背后原理較多，但是它能夠提供與實驗相媲美的精度，因此被廣泛應用在藥物研發，小分子結合能計算等研究領域。
最后如有需要，歡迎聯系公眾號“320科技工作室”。
展開 近幾年，隨著“上云“概念的普及，而且云計算技術逐漸趨于成熟，許多有自建機房或者集群的高性能計算行業企業都開始上云。但是因為對于云技術的不了解，這些企業非常需要一個完善的企業上云方案。北鯤云計算有限公司就是的能夠為高性能計算行業企業提供一站式上云解決方案的公司。
那么北鯤云如何將云計算與高性能計算結合起來呢?在北鯤云年初獲得Pre-A輪融資時，談及為何選擇云超算作為創業方向時，創始人馮建新表示，在多年的工作中發現當前的云計算市場上企業在云資源管理方面有很多可以提高和優化的工作。從需求側來看，企業內部通常通過預定系統來申請和釋放云服務器資源，但資源申請無法實時匹配，經常會出現資源過剩，亦或不足導致大量計算任務排隊，工作效率較低。 從供給端來看，公有云廠商有大量的云服務器處于空閑當中，據統計云服務器平均空閑比高達50%左右。北鯤云基于此打造了北鯤云一站式云超算平臺，當用戶提交任務時，無需提前購買資源，從北鯤云超算平臺里自動匹配到最合適的公有云資源去執行高性能計算任務，當任務執行完畢的時候自動釋放資源，大幅提高了公有云廠商云服務器的利用率。并且北鯤云針對國內市場的特點，最早提出了競價服務器管理方案，通過此機制，企業可以提供比同行更低報價的算力解決方案。
企業可以通過北鯤云超算平臺提供的私有模式、混合模式以及云上模式將企業異構的資源整合，并隨之將業務遷移上云。北鯤云超算平臺在這個階段重塑了硬件資源層，解決了硬件資源彈性伸縮問題，并且能夠將上層應用開發和運維產生根本變革，將云上的彈性、敏捷性等云的特性釋放。從而大幅提高企業的工作效率。
北鯤云超算平臺通過那幾種模式將云計算與高性能計算結合呢？有以下三種方式：
北鯤云SaaS模式：為所有有高性能計算需求的客戶提供算力SaaS服務。
展開 近幾年，隨著“上云“概念的普及，而且云計算技術逐漸趨于成熟，許多有自建機房或者集群的高性能計算行業企業都開始上云。但是因為對于云技術的不了解，這些企業非常需要一個完善的企業上云方案。北鯤云計算有限公司就是的能夠為高性能計算行業企業提供一站式上云解決方案的公司。
那么北鯤云如何將云計算與高性能計算結合起來呢?在北鯤云年初獲得Pre-A輪融資時，談及為何選擇云超算作為創業方向時，創始人馮建新表示，在多年的工作中發現當前的云計算市場上企業在云資源管理方面有很多可以提高和優化的工作。從需求側來看，企業內部通常通過預定系統來申請和釋放云服務器資源，但資源申請無法實時匹配，經常會出現資源過剩，亦或不足導致大量計算任務排隊，工作效率較低。 從供給端來看，公有云廠商有大量的云服務器處于空閑當中，據統計云服務器平均空閑比高達50%左右。北鯤云基于此打造了北鯤云一站式云超算平臺，當用戶提交任務時，無需提前購買資源，從北鯤云超算平臺里自動匹配到最合適的公有云資源去執行高性能計算任務，當任務執行完畢的時候自動釋放資源，大幅提高了公有云廠商云服務器的利用率。并且北鯤云針對國內市場的特點，最早提出了競價服務器管理方案，通過此機制，企業可以提供比同行更低報價的算力解決方案。
企業可以通過北鯤云超算平臺提供的私有模式、混合模式以及云上模式將企業異構的資源整合，并隨之將業務遷移上云。北鯤云超算平臺在這個階段重塑了硬件資源層，解決了硬件資源彈性伸縮問題，并且能夠將上層應用開發和運維產生根本變革，將云上的彈性、敏捷性等云的特性釋放。從而大幅提高企業的工作效率。
北鯤云超算平臺通過那幾種模式將云計算與高性能計算結合呢？有以下三種方式：
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展開 AI的大熱也使電子仿真進入了智能計算時代，這一時代，計算不再局限于傳統的數值運算，而是具備感知、學習、推理和決策能力，推動各領域向智能化、自動化、精準化方向變革。
Ansys一系列電子仿真軟件也順應時代與智能化計算相結合，AEDT和Lumerical分析工具可進行高頻、低頻、電子散熱、光電等領域的仿真分析；Lumerical等產品可以結合智能化計算進行光子學的優化和逆向設計。
6月11日，Ansys推出網絡研討會『智能計算時代的Ansys仿真軟件-微電子應用』，了解智能計算時代的電子仿真，下方預約了解學習??
時間：6月11日（星期三），16：00-17：00
內容簡介：Ansys 的軟件家族中的AEDT和Lumerical分析工具，可以進行高頻、低頻、電子散熱、光電等領域的仿真分析，具有廣泛的用途和廣大的用戶。Ansys AEDT產品可以結合智能化計算方法，高效率的評估微電子器件的PI/SI等特征。AEDT產品也可以結合智能化計算方法，進行高精度電學物性、熱學物性和力學物性的高精度計算。Lumerical等產品可以結合智能化計算進行光子學的優化和逆向設計。本次講座將從PI/SI，高精度物性以及光子學等方面向用戶介紹Ansys產品與智能化計算的結合。
講師：
張國軍 | 中潤漢泰資深Ansys產品工程師
資深Ansys產品工程師，智能化計算工程師，北京理工大學碩士。在經典仿真與智能化計算方面有較多經驗積累，參與眾多汽車、國防項目的仿真咨詢和深度開發。
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但是實際耦合過程中，彎曲波導部分也會發生部分耦合，因此，耦合長度設置為0就能滿足耦合需求了，結合耦合長度就能計算出MRR的半徑約為3.1μm。
圖6 （a）結構示意圖；（b）對稱模光場圖；（c）非對稱模光場圖
第三步：確定好相關參數后，就可以加入varFDTD求解器，其具體參數如圖7所示。
AI的大熱也使電子仿真進入了智能計算時代，這一時代，計算不再局限于傳統的數值運算，而是具備感知、學習、推理和決策能力，推動各領域向智能化、自動化、精準化方向變革。
Ansys一系列電子仿真軟件也順應時代與智能化計算相結合，AEDT和Lumerical分析工具可進行高頻、低頻、電子散熱、光電等領域的仿真分析；Lumerical等產品可以結合智能化計算進行光子學的優化和逆向設計
關鍵詞：BDE；DFT，Gaussian，量子化學，自由基
鍵解離能（Bond Dissociation Energy, BDE）是衡量化學反應中鍵斷裂穩定性的重要物理量，指的是將化學鍵完全斷裂所需的能量。在有機化學中，鍵解離能對于研究分子穩定性、反應機制、自由基反應以及分子間相互作用等方面具有重要意義。因此，精確計算小分子有機化合物的鍵解離能成為了分子模擬與理論化學研究中的一個重要問題。
雖然計算過程繁瑣，需要的背后原理較多，但是它能夠提供與實驗相媲美的精度，因此被廣泛應用在藥物研發，小分子結合能計算等研究領域。
最后如有需要，歡迎聯系公眾號“320科技工作室”。
前文鏈接：VASP結合vaspkit+ShengBTE計算熱電優值（一）
1、將前述計算得到的二階力常數矩陣，三階力常數矩陣文件分別命名為FORCE_CONSTANTS_2RD，FORCE_CONSTANTS_3RD。放于同一目錄中。
編寫CONTROL文件，其中CONTROL文件中的ngrid;scalebroad取值時，理論上都需要做收斂性測試。
直接運行以下命令就能計算得到晶格熱導率
電導率σ，塞貝克系數S的計算：
使用vaspkit計算處對應的物理量，具體流程為：
準備好計算的材料對應的POSCAR。如果是二維材料可以使用vaspkit 的921或923功能對二維材料POSCAR進行標準化。
進行結構優化。
使用 vaspkit-681命令生成高密度的KPOINTS，然后進行靜態計算 （注意只有使用這項功能生成KPOINTS計算的結果才能繼續使用
經過多年的發展，MMPBSA方法目前被廣泛應用在計算結合能上，并表現出較高的準確性。
圖5.a) GS-w-CNT/PDMS沿z方向的溫度梯度，b) GS-w-CNT/PDMS的導熱系數，c)熱阻和界面結合能計算模型，d) CNT與GS之間的界面結合能和熱阻。
CCF HPC China2023圓滿落幕！
電機軸承為什么不能達到預期計算壽命？
