均方根偏差的案例
Gromacs分子動力學(xué)培訓(xùn)通知
均方根偏差分析
1.5.旋轉(zhuǎn)半徑的變化
1.6.均方根波動分析
1.7.分子兩端的距離和原了距離的分析
1.8.分子內(nèi)和分子間氫鍵數(shù)的變化
1.9.徑向分布函數(shù)分析
1.10.溶劑可及表面積分析
1.11.主成分分析
1.12.二面角分析
2. 均相與多相的模擬與計(jì)算(離子液體,小分子藥物自組裝，團(tuán)簇)
2.1小分子與離子液體建模
2.2氣相分子，分子團(tuán)簇與納米液滴的模擬
2..3復(fù)合物構(gòu)象隨時間的變化
2.4. 均方根偏差分析
2.5.旋轉(zhuǎn)半徑的變化
2.6.均方根波動分析
2.7 分子間相互作用
3.細(xì)胞膜模型構(gòu)建，小分子與細(xì)胞膜相互作用
3.1磷脂分子的選擇
3.2藥物分子的建模
3.3磷脂分子力場選擇
3.4雙層膜的構(gòu)建方法
3.5藥物分子與雙層膜質(zhì)心距離隨時間變化
3.6藥物分子與膜分子之間形成氫鍵已經(jīng)氫鍵壽命
3.7藥物分子可及表面積變化
3.8 均方根偏差分析
圖1：蛋白質(zhì)與配體各殘基能量貢獻(xiàn)圖
圖二，蛋白質(zhì)主成分分析
圖3：離子通道模型構(gòu)建
圖4：雙層膜模型構(gòu)建
圖5.納米球的自組裝
圖6，蛋白均方根波動
五 時間及費(fèi)用
1. 教學(xué)費(fèi)用：根據(jù)每次培訓(xùn)的人數(shù)定價,具體聯(lián)系客服獲取當(dāng)前期培訓(xùn)價格.
2. 付款方式：微信，支付寶，對公轉(zhuǎn)賬等
3. 發(fā)票信息：可出具正式發(fā)票（普票）
4.
展開 汽車平順性（加權(quán)加速度均方根值）計(jì)算 ￥29.9
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</div><p><br></p><p> 以上為標(biāo)準(zhǔn)中關(guān)于平順性評價方法的介紹，使用“<strong>頻譜分析法</strong>“進(jìn)行計(jì)算，步驟如下：</p><p>（1）繪制已有的加速度曲線，進(jìn)行FFT轉(zhuǎn)換，得到加速度自功率譜密度函數(shù)Ga(f)；</p><p>（2）繪制頻帶的加權(quán)系數(shù)曲線W(f)；</p><p>（3）計(jì)算總加權(quán)加速度均方根值，與標(biāo)準(zhǔn)內(nèi)表進(jìn)行對比得出舒適性感受。</p><p><br></p><p> 標(biāo)準(zhǔn)中計(jì)算內(nèi)容有些晦澀難懂，本帖將簡化內(nèi)容，清楚直白的介紹如何通過已有的<strong><u>加速度曲線</u></strong>得到<strong>總加權(quán)加速度均方根值</strong>的全流程步驟，方法簡單高效，僅使用ADAMS PostProcessor即可完成平順性評價指標(biāo)分析，包括<strong>加速度自功率譜密度函數(shù)創(chuàng)建方法</strong>、<strong>加權(quán)系數(shù)曲線制作及使用</strong>、<strong>均方根值計(jì)算</strong>等，<u>按流程操作小白也可順利完成平順性分析</u>。</p><p> 計(jì)算前提：有自己的加速度數(shù)據(jù)，即可以在ADAMS PostProcessor中繪制自己的加速度曲線。
展開 基于Gromacs的蛋白分子動力學(xué)模擬（RMSD、RMSF及蛋白的回旋半徑）
坐標(biāo)保存的頻率為每10ps保存一幀結(jié)果，整個軌跡共100個frame
輸入命令：gmx mdrun -s cubic_em_hot_sample.tpr -v -deffnm hot_sample
能量查看(temperature)，能量確實(shí)達(dá)到了300K（約等于）
gmx energy -f hot_sample.edr -o hot_sample.xvg
Step7:結(jié)果分析與討論
1、全體系的alpha-C原子的均方根偏差(RMSD)結(jié)果獲取及分析
輸入如下命令：gmx rms -s cubic_em_hot_sample.tpr -f hot_sample.trr -o rmsd.xvg
RMSD值可以反應(yīng)出模擬過程中體系的穩(wěn)定情況，將rmsd.xvg導(dǎo)入EXCEL表，繪折線圖，由圖可知動力學(xué)模擬逐漸達(dá)到平衡。
全體系的alpha-C原子的均方根漲落(RMSF)結(jié)果獲取及分析
輸入如下命令：gmx rmsf -s cubic_em_hot_sample.tpr -f hot.trr -o rmsf.xvg
RMSF計(jì)算每個原子相對于其平均位置的漲落, 表征了結(jié)構(gòu)的變化對時間的平均, 給出了蛋白各個區(qū)域柔性的表征, 對應(yīng)于晶體學(xué)中的b因子(溫度因子). 通常, 我們預(yù)期RMSF和溫度因子類似, 這可以用于考察模擬結(jié)果是否與晶體結(jié)構(gòu)符合。
展開 70基于matlab的BP神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)多輸入單輸出數(shù)據(jù)結(jié)果預(yù)測，輸出結(jié)果包括均方根誤差，決定系數(shù)。 ￥25.9
基于matlab的BP神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)多輸入單輸出數(shù)據(jù)結(jié)果預(yù)測，輸出結(jié)果包括均方根誤差，決定系數(shù)。數(shù)據(jù)可更換自己的，程序已調(diào)通，可直接運(yùn)行。
COMSOL電化學(xué)耦合案例天花板！
圖4 模型模擬的電池溫度與文獻(xiàn)結(jié)果的對比
圖 4（a）1D 模型在放電中后期溫度數(shù)據(jù)有較大偏差，這是由于 1D 模型假設(shè)內(nèi)部溫度一致且不考慮極耳對電芯的熱效應(yīng)而導(dǎo)致的。其中，3C 倍率偏差最大，最大平均偏差、絕對值平均偏差和均方根偏差分別為 7.4%、10.9%和14.3%。三者計(jì)算公式分別為
圖4（b）所示3D模型仿真數(shù)據(jù)與實(shí)驗(yàn)接近，其3C 倍率下最大平均偏差、絕對值平均偏差和均方根偏差分別為 3.8%、4.5%和 7.8%。因此，3D 模型可反應(yīng)電池內(nèi)部溫度分布，提供溫升曲線。
本文來自：COMSOL仿真交流
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展開 基于Gromacs的蛋白分子識別研究
結(jié)果與分析
APOE4蛋白結(jié)構(gòu)收斂性分析
均方根偏差(Root mean square deviation, RMSD)表示某一時刻的構(gòu)象與目標(biāo)構(gòu)象所有原子偏差的加和，是衡量體系是否穩(wěn)定的重要依據(jù)。從圖1可以看出，APOE4經(jīng)過20 ns的動力學(xué)模擬，從10 ns開始APOE4蛋白的RMSD值趨于穩(wěn)定，平均值為0.5238±0.0212 nm。APOE2經(jīng)過20 ns的動力學(xué)模擬，從5 ns開始APOE2蛋白的RMSD值趨于穩(wěn)定，平均值為0.3919±0.0129 nm因此兩者可以用于后續(xù)的蛋白相互作用研究。
圖1 APOE4(a), APOE2(b)蛋白的RMSD值隨MD模擬時間的變化
同源建模模型質(zhì)量評價
本文分別用PROCHECK程序?qū)?yōu)化后的蛋白模型進(jìn)行了評價。Ramachandran plot用于闡述蛋白質(zhì)或肽立體結(jié)構(gòu)中肽鍵內(nèi)α碳原子和羰基碳原子間的鍵的旋轉(zhuǎn)度對α碳原子和氮原子間的鍵的旋轉(zhuǎn)度，主要用來指明蛋白質(zhì)或肽類中氨基酸殘基的允許和不允許的構(gòu)象。Ramachandran plot主要分為三個區(qū)域，允許區(qū)（紅色區(qū)域），最大允許區(qū)（黃色區(qū)域），不允許區(qū)（空白區(qū)域）。圖2a給出了APE蛋白模型的Ramachandran plot結(jié)果，位于允許區(qū)的氨基酸占比98%，沒有氨基酸殘基位于扭轉(zhuǎn)角禁止區(qū)域，因此蛋白的所有氨基酸殘基的二面角均在合理范圍內(nèi)，符合立體化學(xué)能量規(guī)則。
圖2 VAMP2蛋白模型的Ramachandran plot
MD模擬收斂參數(shù)分析
均方根偏差(Root mean square deviation, RMSD)表示某一時刻的構(gòu)象與目標(biāo)構(gòu)象所有原子偏差的加和，是衡量體系是否穩(wěn)定的重要依據(jù)，可用于量化蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性[21]。
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