ATOM的案例
Lammps 初學者——in 文件中文解析
1000 # 能量最小化參數，指數越大最小化程度越深
print "interstitial introduced, minimized: $N atoms, energy is $E"
fix 1 all nvt 100 100 100 drag 0.2 # nvt 系綜，原子數、體積和溫度保持不變;T=100K
timestep 0.005 # 步長 0.005fs run 1000 # 運行 1000 步
print "nvt performed, temperature up: $N atoms, total energy is $E"
fix 1 all nvt 100 0.0001 100 drag 0.2 # nvt 系綜，溫度由 100K 到 0.0001K
run 1000 # 運行 1000 步
print "nvt performed, temperature down: $N atoms, total energy is $E" compute 3 all pe/atom # 計算每個原子的勢能
compute 4 all ke/atom # 計算每個原子的動能
compute 5 all coord/atom 3.0 # 計算每個原子的近鄰原子數
dump 1 all custom 1 dump.atom id xs ys zs c_3 c_4 c_5 # 將信息寫入 dump.atom min_style sd
minimize 1.0e-12 1.0e-12 10000 10000 # 再次能量最小化
print "the final state: $N atoms, total energy is $E" # 打印信息
~
例二
boundary p s s # 邊界條件，拉伸方向
是周期性，其余是自由邊界；如果是薄膜拉伸則是兩個周期性
展開 基于lammps的工件-軋輥組合模型軋制過程模擬
roller
###刪除除軋輥之外的其他剩余原子
delete_atoms group mobile
##定義原子組的元素類型
#set group roller type 2
#set group mobile type 3
##定義原子質量
mass 1 69 # C
##原子之間的相互作用勢
pair_style morse 9.0235
pair_coeff 1 1 0.3854 1.2718 2.8178
write_data roller.data
最后，我們，采用in文件對上述兩個原型進行組合
##定義變量##
variable a equal 1.0 ##定義原子模型截斷半徑
variable T_start equal 300
variable T_end equal 300
##模擬環境初始化##
units metal
atom_style atomic
boundary p p p
neigh_modify delay 0 every 1 check yes
##讀300k保溫后的原子模型
read_data NiCrCo.data(1) extra/atom/types 1 ##表示在Ni、Cr和Co原子的基礎上增加C原子
##軋輥原子模型的讀取
read_data roller.data add append offset 1 0 0 0 0 shift 0.0 0.0 -134
###定于原子質量
mass 1 58.69 # Ni
mass 2 52
展開 導航衛星時頻系統發展綜述
[42] Ouyang X, Yang B, Deng J, et al.An effective pumping method for increasing atomic utilization in a compact cold atom clock[J].Chinese Physics B, 2021, 30(8): 083202.
[43] Ouyang X, Yang B, Hu Q, et al.Distortion of Rabi oscillations in a compact cold-atom clock[J].Physical Review A, 2021, 103: 043118.
[44] Esnault F X, Rossetto N, Holleville D, et al.HORACE: a compact cold atom clock for Galileo[J].Advances in Space Research, 2011, 47(5): 854-858.
[45] Pelle B, Desruelle B, Szmuk R, et al.Cold-atom-based commercial microwave clock at the 10-15 level[C]//Proceedings of 2018 IEEE International Frequency Control Symposium(IFCS).IEEE, 2018: 1-5.
展開 lammps案例分析（1）：石墨烯單軸拉伸之velocity方式
lost ignore
dump 1 all atom 1000 gp_tension.lammpstrj
run 10000
模擬最終結果如下圖所示，本例比較簡單，沒有加入應力應變的統計，如要輸出應力和應變，可用fix或者thermo語句輸出pxx、pyy、pzz三個方向上的應力。
手把手教你用Gromacs完成溶菌酶在水中的動力學模擬
, atom= 547
Step= 9, Dmax= 4.3e-02 nm, Epot= -4.21615e+05 Fmax= 2.83858e+04, atom= 547
Step= 11, Dmax= 2.6e-02 nm, Epot= -4.26495e+05 Fmax= 6.89298e+03, atom= 547
Step= 12, Dmax= 3.1e-02 nm, Epot= -4.27186e+05 Fmax= 3.75623e+04, atom= 1785
Step= 13, Dmax= 3.7e-02 nm, Epot= -4.33871e+05 Fmax= 1.81256e+04, atom= 1785
Step= 15, Dmax= 2.2e-02 nm, Epot= -4.35813e+05 Fmax= 1.54546e+04, atom= 1785
Step= 16, Dmax= 2.7e-02 nm, Epot= -4.37056e+05 Fmax= 2.45185e+04, atom= 1785
利用如下命令檢查是否有效的能量最小化：
echo 10 0 | gmx energy -f em.edr -o potential.xvg
利用xmgrace打開potential.xvg文件，結果如如下所示：
體系勢能隨時間變化曲線
07
NVT平衡
NVT系綜(粒子數, 體積和溫度都是恒定的)系綜也被稱為等溫等容系綜或正則系綜。
展開 《自然》（20210401出版）一周論文導讀
Here we demonstrate laser cooling of antihydrogen, the antimatter atom consisting of an antiproton and a positron. By exciting the 1S–2P transition in antihydrogen with pulsed, narrow-linewidth, Lyman-α laser radiation, we Doppler-cool a sample of magnetically trapped antihydrogen. Although we apply laser cooling in only one dimension, the trap couples the longitudinal and transverse motions of the anti-atoms, leading to cooling in all three dimensions. We observe a reduction in the median transverse energy by more than an order of magnitude—with a substantial fraction of the anti-atoms attaining submicroelectronvolt transverse kinetic energies. We also report the observation of the laser-driven 1S–2S transition in samples of laser-cooled antihydrogen atoms.
展開 lammps模擬帶缺陷鎳板剪切變形（in文件及注釋）
初始模型如圖一所示：
圖1 生成的初始模型
in文件及注釋如下：
#利用eam勢函數模擬帶缺陷鎳板的剪切
#模型構成——上下鎳板夾可動鎳塊，鎳塊中有圓柱形缺陷，移動上鎳板使其發生剪切變形
# 3d metal shear simulation
units metal
#單位制為metal
Boundary s s p
#剪切和厚度方向為非周期性浮動邊界，寬度方向為周期性邊界條件
atom_style atomic
lattice fcc 3.52
#面心立方晶格，晶格常數3.52
region box block 0 16.0 0 10.0 0 2.828427
#盒子總體大小，長16埃米，寬10，厚2.828427
create_box 3 box
lattice fcc 3.52 orient x 1 0 0 orient y 0 1 1 orient z 0 -1 1
#從原點開始，沿上述的晶體取向生長
create_atoms 1 box
#在盒子內填滿原子
pair_style eam
pair_coeff * * Ni_u3.eam
#調用eam勢函數
neighbor 0.3 bin
neigh_modify delay 5
region lower
展開 基于Material Studio軟件使用第一性原理預測AlAs的晶格參數
從快捷菜單欄選擇Build | Add Atoms。
顯示Add Atoms對話框。
圖5－2 Add Atoms對話框
使用該對話框，可以在指定位置添加原子。
在Add Atoms對話框上，選擇Options選項卡。確保Coordinate system設置為Fractional。選擇Atoms選項卡。在Element 文本框中，輸入Al，然后點擊Add按鈕。
Al原子被添加到結構中。
在Element 文本框中，輸入As。在a、b 和c 文本框分別輸入0.25。點擊Add按鈕。關閉對話框。
原子被加入到晶體結構中，對稱性運算符被用于建立晶體結構中剩余的原子。原子也顯示在相鄰的晶胞中，用以說明AlAs 結構化學鍵的拓撲結構，可以通過重建晶胞將這些原子移除。
從菜單中選擇Build | Crystals | Rebuild Crystal...。點擊ReBuild按鈕。
外部原子被移除，晶體結構顯示出來。可以將顯示模式改為ball and stick。
在結構文件中右擊，從快捷菜單上選擇Display Style。在Atom 選項卡上，選擇Ball and stick 選項。關閉Display Style對話框。
在3D視圖內的晶體結構是常規的晶胞，表明了晶格的立方對稱性。CASTEP 使用晶格可能存在的完全對稱性。可以使用原始晶格來計算，與包含8個原子的傳統晶格不同，原始晶格中每個晶胞包含兩個原子。這樣，電荷密度、鍵長和每個原子的總能量將是相同的，而不管這個晶胞是如何定義的。由于在原胞中使用了更少的原子，將縮短計算時間。
注意：唯一需要注意的是在磁性系統上執行自旋極化計算的情形，這時電荷密度自旋波的周期是原始晶胞的幾倍。
從菜單欄選擇Build | Symmetry | Primitive Cell。
展開 基于lammps構建合金的摻雜模型
通過自己的需要，通過編程或者lammps中的create_atom進行摻雜
如：create_atoms 2 random 50 12345 NULL overlap 0.8 maxtry 50
表示在全體區域插入類型為2的原子50個，最小距離為0.8，如果是metal單位，即是0.08nm。而通過自定義編程能實現更多可能性。比如下面通過python程序實現的在Ni原子0.2晶格距離處摻雜H原子。此時可以通過自定義H原子的數量、位置等信息。同時通過TEM、XRD等實驗手段觀測到的團簇或者具有特定的分布函數，也可以通過編程現實。
2.3在完成摻雜后可以采用displace_atoms等方式計算摻雜原子的移動能壘、也可以進一步計算其輻照、力學、熱學性能。
最后,有相關需求,歡迎通過公眾號聯系我們.
公眾號:320科技工作室
展開 DPM|03Injection設置
6、考慮湍流作用：定義湍流邊界
Injection定義
每個Injection定義包括：
Particle type
Material
Initial conditions
燃燒顆粒與液滴需明確目標種類
隨機追蹤法（turbulent dispersion）用于模擬湍流擴散
粒子旋轉可被建模，附加方程用于計算包含粒子的扭矩平衡（旋轉阻力、馬格努斯升力）
注入和顆粒類型
Injection Types包括：Single, group, cone , surface, volume , plain-orifice atomizer, pressureswirl atomizer, air-blast-atomizer, flat-fanatomizer, effervescent-atomizer, file, condensate
Particle Types包括：Massless, Inert, Droplet, Combusting, Multicomponent
湍流設置
當流動為湍流時，可以考慮湍流對粒子運動的影響
在一個高度湍流的系統中，粒子將有一個平均軌跡，同時也會受到基于渦的隨機運動影響
可以忽略渦的影響，也可以用discrete random walk模型追蹤隨機運動
當包裹穿過一個網格時，它會根據湍流動能和粒子慣性得到一個小的推動，前提是有足夠的“try”。
當粒子進入湍流渦流時，它們會在穿越渦流期間盡量跟隨渦流運動。
展開 lammps案例分析（2）：石墨烯單軸拉伸之deform方式
---------thermo_style custom step press v_strain v_px v_sigmaxx temp lx ly lz volthermo 100fix 2 all nvt temp 300 300 0.01fix 3 all deform 200 x erate 0.05 remap xdump 1 all atom 500 algp.lammpstrjrun 10000
拉伸之后對數據進行處理，石墨烯在單軸拉伸下最大應力值大約103左右，應力-應變圖如下圖所示：
從物理意義上拉伸，使用velocity方式拉伸時，固定物體的一端，載荷加載到另一端上，更符合實際拉伸過程。
展開 
利用MS的CASTEP模塊模擬Pd(110)表面CO分子的吸附
從菜單欄選擇Build | Add Atoms。
CO分子中C-O鍵長通過實驗測量為1.1283?，通過使用笛卡爾坐標添加原子，可以很精確地按照這個鍵長值建立CO分子。
在Add Atoms對話框中，選擇Options選項卡。確保Coordinate system被設為Cartesian。選擇Atoms選項卡，按下Add 按鈕。
一個碳原子被添加到晶胞的原點。
在Add Atoms對話框上，把Element改為O。保留x和y的值為0.000，把z 值改為1.1283。點擊Add 按鈕。關閉對話框。
現在準備優化CO分子。
從工具欄選擇CASTEP工具，然后選擇Calculation。
保持以前的計算設置不變，但這次不必優化晶胞。
在Setup選項卡上，點擊More...按鈕，取消選擇Optimize Cell并關閉對話框。選擇Electronic選項卡，把k-point設置由Medium改為Gamma。
選擇Properties選項卡，選擇Density of states。把k-point 設為Gamma，勾選上Calculate PDOS。按下Run 按鈕。
計算開始，現在可以轉到構建Pd(110)表面部分，因為在本教程的結尾部分將要分析能量。
4. 構建Pd(110)表面
在本節中要使用前面優化的Pd結構。
從菜單欄選擇File | Save Project，然后選擇Window | Close All。在Pd bulk/Pd CASTEP GeomOpt目錄中打開Pd.xsd文件。
創建一個表面需要兩步。第一步是劈開表面，第二步是創建一個包含表面的真空層。
從菜單欄選擇Build | Surfaces | Cleave Surface。把Cleave plane (h k l) 從-1 0 0 改為1 1 0，按TAB 鍵。
展開 Abaqus點陣結構胞元拓撲優化
基于ATOM的胞元拓撲優化
為了獲得某種點陣胞元的具體結構形式，我們可以通過ATOM拓撲優化的方式來實現。
比如，我們期望結構比較抗壓，可以在分析時將載荷考慮為胞元靜水壓力形式的載荷（僅作用于預設的構架連接區域）。
模型的載荷設置
將用于進行胞元拓撲優化的原體中心置于坐標系原點，并施以關于三個坐標平面的對稱約束，優化設置的目標函數是應變能，使其最小化，約束為體積響應，使其最終小于等于10%的初始體積。
胞元優化結果
Abaqus可以按照最佳傳力路徑布置材料，從而優化出胞元結構，我們可以將優化后的結構導出，用于二次設計或有限元分析。
通過ATOM優化的點陣結構
展開 混凝土的官方資料，從理論到k文件（發帖存檔）
., "DRASTIC - A Computer Code for Dynamic Anaylsis of Stress Transients in Reinforced Concrete," Safety and Engineering Science Division, United Kingdom Atomic Energy Authority, Winfrith, AEEW-R 2124, 1986.
Broadhouse, B.J. and Neilson, A.J., "Modelling Reinforced Concrete Structures in DYNA3D," Safety and Engineering Science Division, United Kingdom Atomic Energy Authority, Winfrith, AEEW-M 2465, October, 1987. Paper presented at DYNA3D User Group Conference, London, September, 1987.
Broadhouse, B.J., "The Winfrith Concrete Model in LS-DYNA3D," Safety Performance Department, Atomic Energy Authority Technology, Winfrith, SPD/D(95)363, February, 1995.
展開 英特爾物聯網的三大戰略
其中凌動（Atom）作為英特爾通用處理器中最低功耗的一系列產品，在英特爾的物聯網戰略中扮演了一個相當重要的角色。
英特爾公司高級副總裁兼物聯網事業部總經理Thomas Lantzsch
Thomas Lantzsch告訴記者，英特爾在以網絡為導向的能力上，把以前的資源降到以ATOM為核心的層次。他們現在推出了一些基于ATOM的多核產品（類似Denverton產品線）產品，將其應用到如電信網絡邊緣上，把數據中心技術降到以ATOM為核心的層次。在這里又涉及了他們所聚焦的邊緣計算的問題。
按照英特爾的預估，由于帶寬的限制，將來將有45%的計算會發生在邊緣，大部分數據都是在邊緣產生的，是分布式的計算。且這個計算在過去一年多里面產生的影響力超過了所有人的預期。在他們看來，這個技術在未來的物聯網發展過程中產生的作用也是非常大的。歸根到底，是由三個因素決定的：
第一，物理法則，比如說在醫療領域，我們必須要照顧我們的病人。所以我們必須要讓機械，它能夠在短期內產生一些成果。這是經濟上的原則；
第二，經濟法則，有時候我們用云，大家把數據放在云上，但我們并不能夠把所有的數據都放在云上，我們承擔不起的。
第三，土地法則。因為它涉及到政府和安全。
通俗來說，就是我們平時所說的延遲、帶寬和安全三點，推動我們重視邊緣計算。Thomas Lantzsch在接受半導體行業觀察采訪的時候甚至提到，他們在邊緣已經有了一些“聰明”的設備。它們僅憑“聰明”來產生數據。隨著數據越來越多，邊緣處理器的性能越來越強，他認為在未來我們將看到一些新產品會開始在邊緣進行學習，在邊緣會出現訓練，打破現有的只在云端訓練的格局。
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