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AutoDock-Vina 是用于分子對接和虛擬篩選的開源程序，由Scripps研究所分子圖形實驗室的Oleg Trott博士設計和實現，是目前使用最為廣泛的分子對接軟件之一。此外，Vina可以利用系統上的多個CPU或CPU內核來顯著縮短運行時間；北鯤云超算平臺提供了豐富的cpu,gpu資源，此次教程以STAT3靶點的晶體結構與其原配體為例進行分子對接的詳細步驟說明，就在北鯤云上演示。

3.5對接結果展示與分析實例講解與練習：基質金屬蛋白酶MMP及其抑制劑對接 第四天下午 拓展對接使用場景（下） 4.小分子與小分子對接4.1小分子-小分子相互作用簡介4.2小分子結構預處理4.3小分子-小分子對接4.4對接結果展示與分析實例講解與練習：環糊精與藥物小分子的對接5.核酸-小分子對接5.1核酸-小分子的應用場景5.2核酸-

4-2-分子對接類型 4-3-分子對接模式 4-4-分子對接軟件 4-5-分子對接自動對接VINA高分子制劑 4-6-分子對接自動對接VINA配體制備 4-7-分子對接自動對接VINA網格制備 5-1-自動對接VINA腳本 5-2-自動對接VINA分析-I 5-3-Autodock VINA分析- II

2.3 分子對接方法分子對接采用AutoDock 4.2.6軟件包實現，設定1DWC晶體結構中心的位置為活性位點，將小分子對接到活性位點，對接盒子的中心坐標設為（36.99, 41.25, 43.45），XYZ各方向的格點數設為120×120×120，格點間距為0.5 Å，對接次數設為100，其余參數采用默認值3 分子對接結果首先通過分子對接結果，我們發現化合物結合到了不同位點上

隨后，我們將詳細闡述模擬的具體步驟，包括結構準備（如蛋白質結構預測、小分子結構優化等）、相互作用模擬（如分子對接、分子動力學模擬等）以及結果分析（如相互作用能計算、軌跡分析等）。在每個步驟中，我們都會結合具體的案例和實例，詳細解釋操作步驟和注意事項，幫助讀者更好地理解和掌握。具體流程：一、預處理復合物1.

對接完成后，可以分析小分子的極性接觸。 如： 3.

RESP電荷在分子動力學、構象分析以及分子對接等應用中展現出了卓越的效果。在此教程中，我們將帶您深入了解如何使用Gaussian和AmberTools進行結構優化和電荷計算。首先，您將學習如何使用Gaussian軟件優化分子結構，并計算得到esp電荷。接著，我們將介紹如何利用AmberTools對這些電荷進行RESP擬合，同時生成所需的Amber力場參數文件。

第四天下午 拓展對接使用場景（下） 4.小分子與小分子對接4.1小分子-小分子相互作用簡介4.2小分子結構預處理4.3小分子-小分子對接4.4對接結果展示與分析實例講解與練習：環糊精與藥物小分子的對接5.核酸-小分子對接5.1核酸-小分子的應用場景5.2核酸-小分子相互作用簡介5.3核酸-小分子的預處理5.4核酸-小分子對接5.5相關結果的展示與分析

拓展對接使用場景（下） 4.小分子與小分子對接4.1小分子-小分子相互作用簡介4.2小分子結構預處理4.3小分子-小分子對接4.4對接結果展示與分析實例講解與練習：環糊精與藥物小分子的對接5.核酸-小分子對接5.1核酸-小分子的應用場景5.2核酸-小分子相互作用簡介5.3核酸-小分子的預處理5.4核酸-小分子對接5.5相關結果的展示與分析實例講解與練習

4、小分子與小分子對接 4.1 小分子-小分子相互作用簡介 4.2 小分子結構預處理 4.3 小分子-小分子對接 4.4 對接結果展示與分析 實例講解與練習：環糊精與藥物小分子的對接 5、核酸

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三維藥效基團搜尋速度比較快，在分子對接前對化合物數據庫進行預處理，可以提高對靶標生物大分子有活性的小分子的發現。 2） 基于分子對接的虛擬篩選 分子對接技術是指分子模擬環境中，兩個或兩個以上的分子模型通過幾何形狀、化學環境及能量的匹配形成最佳結合的技術。分子對接的虛擬篩選需要靶標生物大分子和小分子化合物的三維結構信息。

GROMACS是一個功能強大的分子動力學的模擬軟件，其在模擬大量分子系統的牛頓運動方面具有極大的優勢。它可以用分子動力學、隨機動力學或者路徑積分方法模擬溶液或晶體中的任意分子，進行分子能量的最小化，分析構象等。它的模擬程序包包含GROMACS力場(蛋白質、核苷酸、糖等)，研究的范圍可以包括玻璃和液晶、到聚合物、晶體和生物分子溶液。

在化學和分子模擬的世界里Gaussian16是一款廣泛使用的量子化學軟件，它為研究人員提供了強大的工具來進行分子結構優化和其他復雜計算。無論您是研究新分子的性質，還是優化現有分子的結構，Gaussian16都能夠為您的工作提供精確的計算結果和深刻的洞見。本教程將引導您完成Gaussian16的安裝過程，并介紹如何使用該軟件優化分子結構。

天然的生物催化體系通常在微生物細胞這個微型工廠內會形成物理上、空間上組織有序的多酶復合體、酶分子腳手架或者反應微區，這種類似機器組裝的高度組織性帶來了高效的催化能力。然而，人工構建的合成體系多不存在這種高效的組織性，由此引發的目標途徑合成效率低、代謝流不平衡等問題，很大程度上限制了人工合成體系的生物制造潛力。

《基于UPLC-Q-TOF-MS指紋圖譜和分子對接技術篩選藿香正氣水抗新冠病毒潛在質量標志物》該論文基于UPLC-Q-TOF-MS，融合指紋圖譜、分子對接以及化學計量學等技術，通過挖掘與鑒定藿香正氣水中抗新型冠狀病毒的潛在質量標志物，為藿香正氣水的質量控制與評價提供了科學依據，為新冠肺炎藥物防治以及新靶向藥物篩選提供了新思路。

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今天，將繼續為大家介紹如何在北鯤云計算平臺上利用Amber完成蛋白-小分子體系的動力學模擬，以及利用MMGBSA計算小分子與蛋白質（Abl和伊馬替尼）之間的結合自由能。Amber是美國加州大學Peter Kollman等開發的一款著名的分子動力學模擬軟件包。Amber主要適用于蛋白質，小分子和多糖等生物分子體系的模擬。