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Gromacs是目前廣泛使用的分子模擬軟件，其在生物、材料等領域的模擬表現出較為突出的優勢。之前，本公眾號介紹過一系列體系的模擬以及gromacs的使用辦法和教程。本次，將為大家介紹一種進階版的模型構建方法。在之前的介紹中，我們了解到可以通過insert-molecules和editconf等命令構建模擬初始體系。

直播結束后有很多小伙伴來向我們要PPT資料，這里何博士也為大家準備了文字版本的教程。將為大家介紹如何在北鯤云計算平臺上利用Amber熱力學積分計算相對自由能變化，體系包括小分子-蛋白（小分子改變），小分子-蛋白（蛋白突變），蛋白-蛋白相互作用。 本教程要求使用者一定程度了解Amber動力學模擬程序。

接下來，在派生值下增加全局計算節點，指向新的粒子數據集，此例中應為粒子 2。您可以在設定窗口中選擇具體的參數值或輸出時間。在增加/替換表達式菜單下的粒子統計欄，選擇以下預定義表達式： <phys>.alpha — 透射率（由粒子數據集選定的粒子數除以粒子總數）。 <phys>.Nsel — 選定的粒子總數（由粒子數據集選定的粒子數）。

第二步進行利用Na離子和Cl離子替換溶劑部分水分子，使得體系電荷被中和。命令如下:gmx grompp -f ..

粘滯阻尼裝置：利用高分子化合物的粘滯性或粘彈性材料的剪切變形所產生的阻尼抗力來 消耗能量的裝置，以及利用高分子化合物或油在管道內流動時產生的節流阻抗力來消耗能量 的裝置。本手冊研究的阻尼器是使用粘滯阻尼裝置的“油阻尼器”、“粘滯阻尼器”、“粘彈性 阻尼器”。 塑性滯回裝置：主要是指利用金屬材料（鋼材、鉛）的塑性滯回產生的阻尼抗力消耗能量 的裝置。

橡膠材料在熱、氧等外界因素作用下，本身結構會發生變化，其結果是以下情況的疊合： 1、分子鏈降解、分子量下降，使材料發粘，發軟； 2、分子鏈產生交聯，使材料變硬、變脆； 3、分子結構上產生變化，在這個過程中橡膠分子鏈降解、交聯結構改變，橡膠老化變質。