由于研究人員對(duì)問(wèn)題的理解有限,所以從頭設(shè)計(jì)的酶的初始活性往往很低,但定向進(jìn)化可以挽救不良的設(shè)計(jì),以實(shí)現(xiàn)更接近天然酶的速率和選擇性。計(jì)算設(shè)計(jì)還可以指導(dǎo)對(duì)已知酶功能的擴(kuò)展。例如,作為開(kāi)發(fā)合成西格列汀的生物催化工藝路線的一部分,默克公司的研究人員對(duì)轉(zhuǎn)氨酶活性部位進(jìn)行了計(jì)算性的重新設(shè)計(jì),以接受前西格列汀酮,為定向進(jìn)化活動(dòng)提供了一個(gè)關(guān)鍵起點(diǎn)。