AWS ParallelCluster的案例
Moldex3D AWS-Connect之AWS ParallelCluster-1
?Current latest version of AWS ParallelCluster is 3.3.0
-We have tested Linux node on-premises with CentOS 7 and RHEL 8, and both of them can only get latest AWS ParallelCluster as version 3.1.4.
?We have installed AWS ParallelCluster on EC2 instance with Amazon Linux 2 as the operating system. In this environment the latest AWS ParallelCluster installed is 3.3.0.
-This guide is based on AWS ParallelCluster 3.3.0, therefore use Amazon Linux 2 to install AWS ParallelCluster is strongly recommended.
(1)Create EC2 instance for installing AWS ParallelCluster (Create VPC)
?Log in AWS Console --> Search VPC --> Create VPC
?Set Name tag auto-generation as "amazonlinux"
?Number of Availability Zones (AZs) set to 1. Number of private subnets set to 0.
展開 Moldex3D AWS-Connect之AWS ParallelCluster-3
三．AWS ParallelCluster
4. Workflow to create Linux cluster on AWS
(4) Modify AWS ParallelCluster configuration file for creating Linux cluster
?Go to console of EC2 instance: amazonlinux
?Edit cluster configuration file
-Enter: nano -w ~/cluster-config.yaml
?Please modify the yaml file as the figure below.
展開 Moldex3D AWS-Connect之AWS ParallelCluster其他注意事項
三．AWS ParallelCluster
4. 其他注意事項 (Additional Notes)
1.請勿直接刪除或變更由Moldex3D AWS-Connect 透過AWS CloudFormation模板方式布署的任何資源. 當您想要調整計算節點的數量與EC2實例類型時, 請透過MDXAWSDeploymentConsole.exe來完成.
2.頭節點不參與計算也不會出現在Node列表中, 這也是我們建議的架構.
3.當您移除或重新安裝Moldex3D AWS-Connect 2023之后, 授權mlc檔與之前成功布署Cluster的配置文件仍會備份在%Appdata%\CoreTechSystem\Moldex3D AWS-Connect 2023\backup目錄下. 若有需要, 您可自行復制到C:\Moldex3D\AWS-Connect 2023\Config目錄下.
4.Computing Manager顯示的Max.Task數量即為(NMaxComputeNode * 該種類EC2對應的vCPU數量)
例如配置文件中的EC2InstanceType_ComputeNode是m5a.4xlarge且HyperThread關閉, 則每臺計算節點的vCPU是8. 而NMaxComputeNode=4, 因此Max. Tasks即為32.
5.當您提交的工作所需資源大于常駐計算節點數量時, 計算節點會被動態啟動, 最多有總數為NMaxComputeNode的計算節點存在. 當被動態啟動的計算節點完成Moldex3D安裝時, 您可在Moldex3D Job Scheduler觀察它的狀態. 它的名稱固定是ComputeNode_ASG, AutoScaling屬性為Dynamic (見下圖).
展開 使用北鯤云在AWS上運行基因分析HPC任務
北鯤云平臺和AWS ParallelCluster的對比
AWS ParallelCluster
CLOUDAM Platform
數據安全
數據在自己云賬號下
不保留用戶數據，數據落地都在用戶自己云賬號下，無需擔心數據安全
成本
EC2, 網絡，存儲都需要收費
僅收取EC2按量使用費用
功能
僅提供基礎計算能力，并且都是基于命令行操作
除了基礎計算能力還提供了一系列可視化功能例如文件傳輸，鏡像中心，數據集，團隊協作，配額管理，操作審計，賬單報表，安全管理，系統管理等功能，并提供完善的技術支持服務
易用性
IT人員需要手動配置和維護集群，需要單獨安裝軟件和配置使用環境，僅支持命令行操作
配置簡單，IT人員無需手動配置集群，無需安裝計算軟件，提供命令行提交，可視化作業提交和圖形界面提交等多種作業提交方式
結論
在這篇博文中，我們演示了如何使用北鯤云平臺在AWS來提交基因分析任務?？焖僭L問北鯤云用戶手冊并親自試用演示。有關北鯤云的更多信息，請查看主頁和文檔。
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