Azure CycleCloud的案例
Moldex3D遠(yuǎn)端計(jì)算Azure-Connect使用之部署Azure CycleCloud-1-3
使用步驟 (User Guide)
選項(xiàng)C : 布署Azure CycleCloud-1
在Linux server上執(zhí)行Moldex3D初始化
我們將使用 PuTTY 聯(lián)機(jī)工具聯(lián)機(jī)到 server 進(jìn)行設(shè)定.
0.請(qǐng)安裝 PuTTY. 下載網(wǎng)頁(yè): https://www.putty.org/
1.將布署 Azure CycleCloud 過(guò)程中產(chǎn)生的 Private Key 轉(zhuǎn)成 PuTTY 使用的 Private key 格式
I.執(zhí)行 PuTTYgen
II.加載布署 Azure CycleCloud 過(guò)程中產(chǎn)生的 Private Key, 按下 Load 并選擇 C:\Moldex3D\Azure-Connect 2023\Config\sshkey\cyclecloudkey.pem.
展開(kāi) Moldex3D遠(yuǎn)端計(jì)算Azure-Connect使用之部署Azure CycleCloud-2-2
使用步驟 (User Guide)
選項(xiàng)C : 布署Azure CycleCloud-2
在Slurm叢集的scheduler上執(zhí)行Moldex3D初始化
我們將使用 PuTTY 聯(lián)機(jī)工具聯(lián)機(jī)到 server 進(jìn)行設(shè)定.
0.請(qǐng)安裝 PuTTY. 下載網(wǎng)頁(yè): https://www.putty.org/
1.將布署 Azure CycleCloud 過(guò)程中產(chǎn)生的 Private Key 轉(zhuǎn)成 PuTTY 使用的 Private key 格式
I.執(zhí)行 PuTTYgen
II.加載布署 Azure CycleCloud 過(guò)程中產(chǎn)生的 Private Key, 按下 Load 并選擇 C:\Moldex3D\Azure-Connect 2023\Config\sshkey\cyclecloudkey.pem.
展開(kāi) Moldex3D遠(yuǎn)端計(jì)算Azure-Connect使用之部署Azure CycleCloud-2-3
?LM server/port ：請(qǐng)輸入您地端 LM server 的 IP/port
?Specified by：請(qǐng)選擇 Core Per Node
?Core Per Node: 請(qǐng)輸入之前設(shè)定 Azure CycleCloud à Slurm 的計(jì)算節(jié)點(diǎn)型號(hào)(見(jiàn)下圖)的 Core數(shù)
?Working folder path: 留空
輸入完畢按下 OK
2.提交 Job 進(jìn)行分析
-當(dāng) Job 提交完成, 你可在 Azure CycleCloud 網(wǎng)頁(yè)頁(yè)面觀察 Slurm 將會(huì)自動(dòng)建立計(jì)算節(jié)點(diǎn). 當(dāng) Job 計(jì)算完畢且無(wú)其他 Job 時(shí), Slurm 將會(huì)自動(dòng)刪除計(jì)算節(jié)點(diǎn)
-在計(jì)算節(jié)點(diǎn)尚未建好時(shí), Slurm會(huì)將Job狀態(tài)顯示為Configuring, 如下圖
-當(dāng)您不再需要此 Slurm 叢集時(shí), 請(qǐng)回到 Azure CycleCloud 頁(yè)面, 點(diǎn)擊 Terminate
-當(dāng)您不再需要 Azure CycleCloud 以及云端叢集時(shí), 可到 Azure Portal 刪除此資源群組 (如: RG_cyclecloud).
展開(kāi) Moldex3D遠(yuǎn)端計(jì)算Azure-Connect使用之部署Azure CycleCloud-1-4
?LM server/port ：請(qǐng)輸入您地端 LM server 的 IP/port
?Specified by：請(qǐng)選擇 Core Per Node
?Core Per Node: 請(qǐng)輸入之前設(shè)定 Azure CycleCloud à OpenPBS 的計(jì)算節(jié)點(diǎn)型號(hào)(見(jiàn)下圖)的 Core數(shù)
?Working folder path: 留空
輸入完畢按下 OK
2.提交 Job 進(jìn)行分析
-當(dāng) Job 提交后, OpenPBS 會(huì)根據(jù) AutoScaling 機(jī)制自動(dòng)建立計(jì)算節(jié)點(diǎn) VM, 計(jì)算結(jié)束后或是 job 隊(duì)列已無(wú) job 時(shí)將自動(dòng)刪除計(jì)算節(jié)點(diǎn) VM.
-當(dāng)您不再需要此 OpenPBS 叢集時(shí), 請(qǐng)回到 Azure CycleCloud 頁(yè)面, 點(diǎn)擊 Terminate
-當(dāng)您不再需要 Azure CycleCloud 以及云端叢集時(shí), 可到 Azure Portal 刪除此資源群組 (如: RG_cyclecloud).
展開(kāi) 
Moldex3D遠(yuǎn)端計(jì)算的Azure-Connect使用步驟之部署Azure CycleCloud-
-畫(huà)面顯示Azure CycleCloud支持的工作排程器. 以下會(huì)說(shuō)明OpenPBS與Slurm的設(shè)定方式, 這也是Moldex3D Computing Manager支持的兩種Linux工作排程器.
Moldex3D遠(yuǎn)端計(jì)算Azure-Connect使用之部署Azure CycleCloud-1-2
使用步驟 (User Guide)
選項(xiàng)C : 布署Azure CycleCloud-1
在Azure CycleCloud設(shè)定OpenPBS
-請(qǐng)點(diǎn)擊 OpenPBS 的圖案, 之后會(huì)出現(xiàn)畫(huà)面如下圖, 請(qǐng)輸入Cluster Name (例如: mypbs),
注意: 強(qiáng)烈建議您使用小寫(xiě)英文字母作為 cluster name, 請(qǐng)不要使用_ (底線underscore)或是- (連字符hyphen), 也請(qǐng)避免在 Cluster name 第一個(gè)字母使用數(shù)字, 以避免計(jì)算叢集建立時(shí)出現(xiàn)不可預(yù)期的問(wèn)題.
-然后按下 Next。
-請(qǐng)按下 Execute VM type ( 即計(jì)算節(jié)點(diǎn))旁邊的 Choose 按鈕, 進(jìn)行計(jì)算節(jié)點(diǎn)型號(hào)的選擇。
-挑選VM型別, 請(qǐng)參考選項(xiàng) E. ListVMSKUs: 列出指定地區(qū)的虛擬機(jī)(VM)規(guī)格 與 選項(xiàng)F. ListVMSKUBySize: 列出指定地區(qū)的指定虛擬機(jī)(VM)規(guī)格
-這邊我們選了 Standard_DS4_v2, 請(qǐng)?zhí)貏e留意他的 Core 數(shù)量是8, 這個(gè) Core 數(shù)量在后續(xù)設(shè)定 Computing Manager 時(shí)會(huì)用到. 請(qǐng)按下 Apply.
注意: 若您看不到任何機(jī)器列表, 請(qǐng)先按下右下角的 Cancel 按鈕, 等候約 3 分鐘后再重新設(shè)定 OpenPBS.
展開(kāi) Moldex3D遠(yuǎn)端計(jì)算Azure-Connect使用之部署Azure CycleCloud-2-1
使用步驟 (User Guide)
選項(xiàng)C : 布署Azure CycleCloud-2
在Azure CycleCloud設(shè)定Slurm
-請(qǐng)點(diǎn)擊 Slurm 的圖案, 之后會(huì)出現(xiàn)畫(huà)面如下圖, 請(qǐng)輸入 Cluster Name (例如: myslurm),
注意: 強(qiáng)烈建議您使用小寫(xiě)英文字母作為 cluster name, 請(qǐng)不要使用_ (底線underscore)或是- (連字符hyphen), 也請(qǐng)避免在 Cluster name 第一個(gè)字母使用數(shù)字, 以避免計(jì)算叢集建立時(shí)出現(xiàn)不可預(yù)期的問(wèn)題.
-然后按下 Next
-請(qǐng)按下 HPC VM type (即計(jì)算節(jié)點(diǎn))旁邊的 Choose 按鈕, 進(jìn)行計(jì)算節(jié)點(diǎn)型號(hào)的選擇
-這邊我們選了 Standard_D4S_v2, 請(qǐng)?zhí)貏e留意他的 Core 數(shù)量是 8, 這個(gè) Core 數(shù)量在后續(xù)設(shè)定 Computing Manager 時(shí)會(huì)用到. 請(qǐng)按下 Apply.
-注意: 若您看不到任何機(jī)器列表, 請(qǐng)先按下右下角的 Cancel 按鈕, 等候約 3 分鐘后再重新設(shè)定 Slurm.
-在 Auto-Scaling 的部分, 請(qǐng)使用默認(rèn)值
-在 Networking 的部分, Subnet ID 請(qǐng)?jiān)谙吕竭x單進(jìn)行選擇: 請(qǐng)選擇名稱(chēng)開(kāi)頭符合與 MDXAzureDeployment.conf 內(nèi) [DeployAzureCycleCloud] 區(qū)塊下的 ResourceGroupName 字段相同的名稱(chēng), 之后為 VNET-ClusterSubnet 的項(xiàng)目
-接著按下 Next.
展開(kāi) Moldex3D遠(yuǎn)端計(jì)算的Azure-Connect使用步驟之DeployAzureCycleClo
-布署完成后會(huì)顯示數(shù)個(gè)重要訊息如下圖, 包括
1.Azure CycleCloud FQDN與Public IP: 此為布署好的Azure CycleCloud VM的FQDN與Public IP.
2.SSH Public key contents: 此為布署過(guò)程中產(chǎn)生的SSH公鑰, 在后續(xù)設(shè)定Azure CycleCloud時(shí)會(huì)用到.
3.Storage account name: 布署完成的Azure Storage account名稱(chēng), 在后續(xù)設(shè)定Azure CycleCloud時(shí)會(huì)用到.
4.Please open the browser and visit [http://…..]: 這是設(shè)定Azure CycleCloud的聯(lián)機(jī)網(wǎng)址
5.Please download InitializeMoldex3D.sh to the Linux server created by Azure CycleCloud via command: [wget …..]: 這是當(dāng)透過(guò)Azure CycleCloud建立好Linux叢集后, 要聯(lián)機(jī)到Linux server執(zhí)行的第一個(gè)命令.
6.Please run InitializeMoldex3D.sh on Linux server created by Azure CycleCloud via command: [bash ….]: 這是當(dāng)透過(guò)Azure CycleCloud建立好Linux叢集后, 要聯(lián)機(jī)到Linux server執(zhí)行的第二個(gè)命令.
7.MariaDB Server name: 若您在配置文件將DeployDBforMariaDB設(shè)為1, 則會(huì)出現(xiàn)此訊息.
展開(kāi) Moldex3D遠(yuǎn)端計(jì)算之Azure-Connect使用步驟1
選項(xiàng) B 將會(huì)根據(jù)此配置文件中的設(shè)定進(jìn)行 Moldex3D 計(jì)算叢集于Azure的布署，而選項(xiàng) C將會(huì)根據(jù)此配置文件中的設(shè)定進(jìn)行Azure CycleCloud于Azure的布署。
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