北鯤云計算跑abaqus的案例
北鯤云：淺談云計算與高性能計算的區別與聯系
近年來，隨著人工智能、AI智藥等科技領域的火熱，以及阿里云、騰訊云、華為云等互聯網大廠在各種場景下的成功應用。高性能計算、云計算這類科技領域的詞匯也也逐漸進入人們的日常生活。那么，什么是云計算呢？云計算為什么這么火？云計算與高性能計算又有著什么樣的淵源?今天我們就詳細說一下云計算與高性能計算的區別與聯系。
在說云計算就不得不提到傳統的高性能計算，高性能計算是也就是許多人都聽說過的HPC（High Performance Computing)。傳統高性能計算的范疇是十分寬泛的，包括并行計算、分布式計算、計算機集群以及網格計算。
并行計算，是指一種能夠讓多條指令同時進行的計算模式。可分為時間上的并行和空間上的并行。 時間上的并行就是指流水線技術，而空間上的并行則是指用多個處理器并發的執行計算。并行計算的目的就是提供單處理器無法提供的性能（處理器能力或存儲器），使用多處理器求解單個問題。 可以說，并行計算是云計算的初始階段或者說是萌芽期，它為云計算的發展提供了理論支持。
分布式計算，是研究如何把一個需要非常巨大的計算能力才能解決的問題分成許多小的部分，然后把這些部分分配給許多計算機進行處理，最后把這些計算結果綜合起來得到最終的結果。在分布式計算的算法中，我們更加關注的是計算機間的通信而不是算法的步驟，因為分布式計算的通信代價比起單節點對整體性能的影響權重要大得多。所以說，分布式計算是網絡發展的產物，是由并行計算演化出的新模式：網絡并行計算。如果說并行計算為云計算奠定了理論基礎，那么分布式計算則是云計算實現的網絡技術支持。
計算機集群，是指將一組松散集成的計算機軟件和/或硬件連接起來高度緊密地協作完成計算工作。簡單來說，我們可以把這一組松散的集成的計算機看作是一臺計算機。
展開 2021可信云大會順利召開，北鯤云踐行云計算六大發展趨勢
近日，2021可信云大會在京舉行，中國信息通信研究院（簡稱“信通院”）在2021年可信云大會上正式發布《云計算白皮書》，此次白皮書明確了云計算對軟件架構、融合新技術、算力服務、管理模式、安全體系、數字化轉型等六個方面帶來深刻變革。
北鯤云超算平臺作為努力將高性能計算在云環境下可行性提高的一個平臺，不僅在軟件架構方面，同時在算力服務和管理模式以及安全體系方面都取得了成功的嘗試。
從軟件架構方便來說，北鯤云超算平臺本身是一個云算力SaaS平臺，在北鯤云超算平臺上預安裝了許多高性能計算的常用軟件。例如ANASYS系列，ABAQUS,GROMACS,VirtualFlow等，軟件類型覆蓋了分子生物、生物信息、工業仿真、材料科學、氣象海洋、人工智能等多個行業。而北鯤云超算平臺企業版是為企業提供解決方案的一套完整的應用。
北鯤云超算平臺曾為深圳大學某智能機器人實驗室，部署了專屬的解決方案，在與北鯤云超算平臺合作之前，該智能器人實驗室配置的是8臺4卡的深度學習服務器，隨著智能機器人的應用場景增加，更多更頻繁的訓練和使用人數的上升嗎，使得該智能器人實驗室對GPU及CPU算力規模需求越來越大，智能機器人算力資源調度管理問題也逐漸凸顯，通過接入北鯤云超算平臺，整合了實驗室本地服務器資源和云上資源，當實驗室本地服務器算力資源不能滿足自身需求時，支持通過集群調度系統平臺自動溢出到云上，與云上資源無縫對接，實現了作業無需排隊，從而提高計算效率。
在管理模式上，北鯤云超算平臺為企業用戶研發了一套專屬管理系統，企業的HPC管理員通過管理后臺可配置、監控集群實時狀況，能夠靈活分配資源、設置收費模式及查看報表。
展開 北鯤云探索云計算在生命科學領域更多的應用場景
北鯤云超算平臺全面考慮到了用戶在操作過程之中的各種“痛點問題”。譬如，北鯤云超算平臺就曾經幫助某上市藥企CADD部門提供云計算服務，建立專屬計算區，用戶可以并行調動200-400 Nvidia v100卡，將計算時間從數周計算降至2小時，計算效率提高數百倍。
北鯤云在云計算領域有著多年的技術積累與沉淀，自主研發的北鯤云超算平臺也在不斷的完善，讓用戶在使用的過程中有更好的體驗，同時也為云計算提供更多應用場景。
展開 AlphaFold2“登陸”北鯤云平臺，云計算助力科研大放異彩
“工欲善其事，必先利其器”，作為將云計算與生命科學領域研究相結合的倡導者，北鯤云超算平臺已經安裝了AlphaFold2，并且開放了Nvidia Tesla A100、 Nvidia Tesla V100 的GPU資源，幫助研究人員解析新蛋白結構。
目前，為了讓用戶進一步為體驗AlphaFold2使用便利，北鯤云從行業發展的實際情況出發，正式部署上線了AlphaFold2。在北鯤云的平臺之上，用戶無需安裝AlphaFold2，僅需花費短短一分鐘的實踐，在瀏覽器火鶴北鯤云客戶端都可以登錄北鯤云超算平臺，啟動工作站，并加載AlphaFold2模板，即可啟用AlphaFold2進行蛋白質結構預測。便捷的使用環境，進一步減少了各種冗余步驟，為用戶有效節省操作時間，深入探索生命科研領域的奧妙之處。
不僅如此，北鯤云堅持以“提升算力”為發展目標，通過并行AI云通過云主機平臺和裸金屬云服務等多平臺，提供A100\V100等多型號海量算力資源，支持多機多卡調度，免費使用3TB數據集，一鍵賬號登錄，全面考慮廣大用戶的操作痛點問題，不斷優化平臺使用的便捷程度。
在使用AlphaFold2的過程當中，北鯤云技術支持員表示，仍有許多的研究人員，會遇到操作問題，以及軟件運行問題，北鯤云也繼續堅持用戶體驗為重，為用戶提供為7*24小時在線技術支持，為科研工作者提供更多便捷的服務。
展開 
北鯤云探索醫藥研發,云計算再添新應用場景
北鯤云超算平臺擁有280萬IOPS和20GB/s吞吐能力的并行文件系統,高IOPS、高吞吐,高速的計算能力將大幅度提升企業工作效率,幫助企業縮短藥物篩選的時間,加快藥物研發的進程;同時,北鯤云擁有海量云端異構資源,最大化提高本地資源的利用率,當本地算力資源不能滿足企業需求時,資源能夠自動溢到云上,能按需擴展資源,來實現不同數據庫的并行計算；北鯤云最低僅需0.08元/核時,超低的計費價格,按需付費靈活的方式,大大降低了藥物篩選的成本。
除虛擬篩選外,北鯤云還提供了基因測序、蛋白折疊、蛋白結構模擬、分子對接、分子動力學模擬等應用場景的高性能計算解決方案,助力生命科學領域的研究和發展。
展開 云計算深度挖掘“創新潛力”，北鯤云深耕生命科學領域
面對快速發展的當今社會，唯有借助尖端技術，才能取得革命性的突破，從而助推人類社會不斷超前發展，而云計算技術，無疑就是這樣一種尖端技術。深圳北鯤云計算有限公司（以下簡稱 “北鯤云”）認為，云計算技術的強大之處，不僅僅在于突出的實用功能，以及內斂的創新力量等方面。更體現在于其較為廣泛的適應力之上，能夠運用于許多行業，并且發揮重要價值。譬如說，時下大熱的生命科學、生物制藥領域當中，就經常出現云計算技術的身影。
解決數據難題，提供藥物治療“最優解”方案
北鯤云指出，云計算技術“不務虛、只務實”，在生命科學領域成功取得了實打實的傲人成績。譬如，基因技術可以對孕婦進行無創傷的產前先天遺傳缺陷檢測，并且根據基因特征片段提早預防癌癥。但很顯然，基因數據的產出量無疑是一個“天文數字”，并且一直保持增長狀態。常規測序儀無法承擔如此數量級的管理任務，并且對計算力擁有很高的要求。在這種情況之下，必須要依靠云計算技術的幫助，才能真正為萬千用戶提供藥物治療的“最優解”方案。此外，云計算技術還將在“蛋白設計”年代當中，持續發揮創新價值，讓人類得以從最微觀的地方解釋各種疾病發生的實質原因。
如今，北鯤云基于基因測序、靶標發現、虛擬篩選、分子動力學模擬等應用場景，為生命科學行業用戶提供一站式的生物信息學及計算化學領域整體解決方案，切實解決棘手的數據難題，助推基因技術領域不斷發展。
解決使用痛點問題，切實做到“想用戶之所想”
為了能夠幫助生物科學領域的廣大客戶，切實解決各種使用過程當中的各種痛點問題，北鯤云針對性地優化服務方案，推出了許多創新措施。譬如，服務一體化功能，可提供從數據、軟件到算力的全流程服務，為用戶打造一體化的生物信息、計算化學等科研環境；硬件自動更新功能，接入北鯤云資源后，硬件持續更新，用戶可實時調用最新硬件資源。
展開 云計算重塑生命科學行業，北鯤云加速生物制藥企業轉型
科技的發展加速了許多行業的發展，云計算的日漸成熟也在不斷地重塑著生命科學行業，從而使得傳統的藥物研發企業面臨著從研發成本到藥物供應途徑乃至專利到期等諸多問題，不斷攀升的研發成本，導致藥物供應途徑減少，進一步導致研發效率降低，甚至最終影響到專科到期前能否將研發成本收回。
因此，許多藥物研發企業不得不考慮如何協作創新,降低藥物研發的復雜性，這也是云計算給生命科學行業帶來的變革。北鯤云超算平臺作為一個將云上的高性能計算平臺，準確把握住生命科學行業所面臨的困局，能夠結合生命科學領域的不同場景制定企業專屬的解決方案。借助北鯤云的行業解決方案。,企業能夠加快藥物研發的進程，進而加快上市時間，同時，提升企業的算力集群功能。方便企業進行資源分配及管理。
對于高校用戶來說，如果沒有獨立的高性能計算集群，用戶也可以在北鯤云平臺直接使用軟件進行計算。比如最近備受業界關注的AlphaFold2，據悉，DeepMind不僅公開了 AlphaFold2的源代碼，而且還免費開放了AlphaFold數據集。
面對已經開源的AlphaFold2，許多從事生物大分子研究的同學肯定想嘗試一些這個能夠高度準確預測人類98.5%蛋白質的軟件。然而，AlphaFold2對于硬件設備的要求卻相當高，專業人事給出的參考配置如下：
Nvidia A100售價高達7萬，硬件設備價格都差不多，當然你還需要人力來配置，人工費用另算。當然，你也可以直接在北鯤云超算平臺使用GPU核時。
在存儲方面來說，AlphaFold2訓練好的模型加數據庫下載下來是428 GB大小的文件，解壓后需要2.2T的空間，因此用戶至少需要3T的存儲空間，而北鯤云超算平臺能夠為用戶提供PB級別的存儲空間。
展開 北鯤云超算平臺如何將云計算與高性能計算結合
近幾年，隨著“上云“概念的普及，而且云計算技術逐漸趨于成熟，許多有自建機房或者集群的高性能計算行業企業都開始上云。但是因為對于云技術的不了解，這些企業非常需要一個完善的企業上云方案。北鯤云計算有限公司就是的能夠為高性能計算行業企業提供一站式上云解決方案的公司。
那么北鯤云如何將云計算與高性能計算結合起來呢?在北鯤云年初獲得Pre-A輪融資時，談及為何選擇云超算作為創業方向時，創始人馮建新表示，在多年的工作中發現當前的云計算市場上企業在云資源管理方面有很多可以提高和優化的工作。從需求側來看，企業內部通常通過預定系統來申請和釋放云服務器資源，但資源申請無法實時匹配，經常會出現資源過剩，亦或不足導致大量計算任務排隊，工作效率較低。 從供給端來看，公有云廠商有大量的云服務器處于空閑當中，據統計云服務器平均空閑比高達50%左右。北鯤云基于此打造了北鯤云一站式云超算平臺，當用戶提交任務時，無需提前購買資源，從北鯤云超算平臺里自動匹配到最合適的公有云資源去執行高性能計算任務，當任務執行完畢的時候自動釋放資源，大幅提高了公有云廠商云服務器的利用率。并且北鯤云針對國內市場的特點，最早提出了競價服務器管理方案，通過此機制，企業可以提供比同行更低報價的算力解決方案。
企業可以通過北鯤云超算平臺提供的私有模式、混合模式以及云上模式將企業異構的資源整合，并隨之將業務遷移上云。北鯤云超算平臺在這個階段重塑了硬件資源層，解決了硬件資源彈性伸縮問題，并且能夠將上層應用開發和運維產生根本變革，將云上的彈性、敏捷性等云的特性釋放。從而大幅提高企業的工作效率。
北鯤云超算平臺通過那幾種模式將云計算與高性能計算結合呢？有以下三種方式：
北鯤云SaaS模式：為所有有高性能計算需求的客戶提供算力SaaS服務。
展開 北鯤云超算平臺如何將云計算與高性能計算結合
近幾年，隨著“上云“概念的普及，而且云計算技術逐漸趨于成熟，許多有自建機房或者集群的高性能計算行業企業都開始上云。但是因為對于云技術的不了解，這些企業非常需要一個完善的企業上云方案。北鯤云計算有限公司就是的能夠為高性能計算行業企業提供一站式上云解決方案的公司。
那么北鯤云如何將云計算與高性能計算結合起來呢?在北鯤云年初獲得Pre-A輪融資時，談及為何選擇云超算作為創業方向時，創始人馮建新表示，在多年的工作中發現當前的云計算市場上企業在云資源管理方面有很多可以提高和優化的工作。從需求側來看，企業內部通常通過預定系統來申請和釋放云服務器資源，但資源申請無法實時匹配，經常會出現資源過剩，亦或不足導致大量計算任務排隊，工作效率較低。 從供給端來看，公有云廠商有大量的云服務器處于空閑當中，據統計云服務器平均空閑比高達50%左右。北鯤云基于此打造了北鯤云一站式云超算平臺，當用戶提交任務時，無需提前購買資源，從北鯤云超算平臺里自動匹配到最合適的公有云資源去執行高性能計算任務，當任務執行完畢的時候自動釋放資源，大幅提高了公有云廠商云服務器的利用率。并且北鯤云針對國內市場的特點，最早提出了競價服務器管理方案，通過此機制，企業可以提供比同行更低報價的算力解決方案。
企業可以通過北鯤云超算平臺提供的私有模式、混合模式以及云上模式將企業異構的資源整合，并隨之將業務遷移上云。北鯤云超算平臺在這個階段重塑了硬件資源層，解決了硬件資源彈性伸縮問題，并且能夠將上層應用開發和運維產生根本變革，將云上的彈性、敏捷性等云的特性釋放。從而大幅提高企業的工作效率。
北鯤云超算平臺通過那幾種模式將云計算與高性能計算結合呢？有以下三種方式：
北鯤云SaaS模式：為所有有高性能計算需求的客戶提供算力SaaS服務。
展開 「北鯤云」連續完成B和B+輪融資，驅動云上高性能計算新引擎
「北鯤云」作為高性能計算服務平臺，針對不同行業客戶，提供具有行業針對性HPC Cloud服務，能夠高效協同多個云平臺，綜合調配各家資源，為客戶提供高性能低成本的計算服務，對提高國內HPC計算效率和業內服務質量具有深遠意義。”
北鯤云助力生命科學，高性能計算突破屏障
北鯤云高性能運算平臺幫助生命科學領域實際解決客觀問題，把研究成果落實下去，而不是停留表面，突破現階段限制生命科學研究發展的客觀屏障。北鯤云以多年的云計算領域的經驗和沉淀打造的高性能運算平臺為生命科學主力，同時也為可以應有到更多的場景中而努力。
北鯤云計算，用技術成就生物科學領域發展
高性能計算的應用在生命科學領域的研究和發展當中起到了至關重要的作用，輔助學科發展的同時也讓很多沒有可靠超算平臺的機構受到了限制。
生命科學的研究的主要內容是生物信息，通過采集、處理、存儲、傳播、分析和解釋等，再通過綜合利用生物學，計算機科學和信息技術從而揭開數據龐大而復雜的生物數據所隱藏的生物學奧秘。生物的基因數量是數以億萬計的，在這個龐大的數據基礎上，無論是儲存還是分析運算都是一個挑戰。
北鯤云超算平臺能有效地解決這個問題，用戶通過超算平臺，使用瀏覽器就可以直接登錄簡單方便，同時利用北鯤云跨地區的GBPS級別專線，可以直接下載云端儲存的數據，同時為了保障數據的安全性，在傳輸的過程中會增加多種安全保障措施，加密，審計，監控，防火墻等等，最重要的是北鯤云超算平臺降低成本可達90%左右，讓科研在不增加資金的基礎上，能夠進行更多的項目研究。
深圳北鯤云計算有限公司用了3年的時間完成了從誕生到蛻變的過程，深耕云計算領域，實際上在生命科學領域的云計算應用就是把算法、程序、生物信息高科技技術相結合并且應用于生產當中，大數據云計算需要很多技術支持，也需要可靠的平臺。
任何事物的誕生和發展都需要一定的前提和條件，對社會發展，人類發展起著關鍵作用得生命科學在北鯤云超算平臺得協助下有了突破性的進展。而這近幾年是開始，在未來越來越多生物信息還會被發掘，更多的數據被堆積，屆時云計算就是連接計算機和生物基因組數據的橋梁，有北鯤云超算平臺的協助可能計算只是一瞬間的事情，而北鯤云也在不斷地創新技術，為生命科學領域提供更強有力的助力，加快實驗進程成果轉化，更好地造福人類，推動社會發展。
展開 北鯤云計算：為藥企研發的飛速發展提供助力
基于這些真實存在的問題，北鯤云研發團隊專門研發了北鯤云計算平臺。來為用戶提供從數據、軟件到算力的全流程服務，打造專業一體化的生物信息、計算化學等科研環境。同時，為了提高工作效率北鯤云超算平臺還預裝了300+行業主流應用軟件。無需手動安裝開箱即用且兼容多種作業模式，省時省力。更值得一提的是，接入北鯤云資源后，由于硬件更新及時用戶能快速的獲取生物信息。由于北鯤云計算的先進技術引領，那些傳統的數據問題都將統統被解決。
目前，北鯤云計算平臺還在不斷創新技術，為生命科學領域提供更強有力的支持和幫助。加快實驗進程成果轉化，將來更好地造福人類，促進生命科學不斷向前發展。
展開 北鯤云超算平臺如何成為就生命科學云計算領域先行者？
北鯤云超算平臺如何成為就生命科學云計算領域先行者？
盡管云計算在國內已經發展了十余年之久，但仍然是個相對新穎的事物。近幾年隨著互聯網大廠對于公有云的建設，以及“新基建”的提出，國內云計算公司迅速發展，北鯤云超算平臺作為在云計算領域、國內生命科學行業的SaaS應用的先行者，北鯤云成立于歐洲硅谷—斯德哥爾摩Kista，致力于為全球生命科學行業提供基于云計算模式的商業解決方案。
如今，分子生物學根本離不開計算機的幫助。很多研究機構都建立了專門的計算中心，處理過多的數據。然而，隨著越來越多的生物分子數據被解析，生物信息學專家不得不借用計算機行業的另一套策略，也就是云計算（或分布式計算）。基于云計算的系統不同于本地化的存儲和分析數據，它將強度很大的工作程序化地按需分派到成百上千的遠程服務器上。當然，云計算的另一個優勢在于能夠幫助研究機構避免更多的花費。
作為Cloud-HPC的先行者北鯤云已經成功服務中國數千家企業、研究所及高校。北鯤云現有業務和產品包括Cloud-HPC SaaS平臺、以及生命科學行業解決方案。北鯤云超算SaaS平臺主要為個人用戶提供算力服務，而鯤云超算行業解決方案是為高校及企業用戶量身定制的，針對企業不同的上云情況，為企業提供云上、混合云、以及私有云等模式。
北鯤云超算平臺除了能夠為用戶提供大量的遠程服務器外，還可以為生命科學行業用戶提供基礎軟件，幫助用戶執行復雜的計算任務，并在成千上萬臺服務器間進行有效分配。并且能夠提供高速的每臺服務器和網絡間的基礎通信。
北鯤云計算的另一大優勢在于操作的簡便性，至少是對熟悉計算機編程的研究人員來說。“只要懂點Java編程就足以在非常大的集群中運行大規模的分析任務，即便不擅長使用命令行，研究人員同樣可以通過北鯤云超算平臺提供的圖形界面進行作業。
展開 北鯤云告訴你足夠的存儲空間在高性能計算有多重要
對于很多有高性能計算需求的用戶來說，通常比較關注的是計算的硬件配置是否是最新的，因為這往往關系到計算效率。但性能計算與任何一項技術一樣，都需要分步驟完成，除了計算速度，在高性能完成一項計算任務后，所用到的存儲空間最終了決定這項任務是否能夠成功執行。北鯤云計算小編就帶你一起來了解一下存儲的重要性。
隨著異構計算越來越多的應用，包括傳統高性能計算和新興的云計算都開始大規模的采用異構計算方式，包括GPU、FPGA、ARM等諸多架構芯片的出現，讓整個計算市場呈現出“百花齊放”的情形。
網絡層面上，北鯤云小編注意到，從每年兩屆的超算TOP500榜單的數據來看，100G網絡是以太網的“標配”；而在注重傳輸效率和低延遲的InfiniBand網絡中，200G的HDR標準則成為主流。從這個角度來說，高性能計算的發展可謂是突飛猛進，從計算到網絡的變化使得數據的處理和傳輸越發效率，在這樣飛速發展的狀態下，存儲空間就成為高性能計算發展中另一個不可忽視的重要環節。
存儲對于高性能計算有多重要？
以往在談到高性能計算的時候，我們更在意計算的速度，因為那時候計算能力還有較大的提升空間；而如今，異構計算的出現讓計算效率呈指數級提升，而高速網絡也讓這些計算成果讓數據本身能夠發揮更大的價值，在高性能計算主體升級后，作為高性能計算重要組成部分的存儲環節，如果沒有隨之升級，就會成為制約高性能計算發展瓶頸。
從上個世紀90年代提出的生物基因工程測序到最近大火出圈的AlphaFold2模型，無一不說明高性能計算在生命科學領域的成功應用。無論是計算過程中出現的臨時數據，還是計算完成后的結果輸出，都是相當龐大的數據。因此，如果存儲不足，也就意味著計算不得不中斷，當然，如果沒有足夠的存儲空間，計算結果數據同樣不能順利地發揮其價值。
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