neper的案例
二/三維晶粒建模軟件neper幫助文檔學習2
$ neper -T -n 100 -domain "cube(3,1,0.33)"
neper -T -n 100 -domain "cube(3,1,0.33)"
neper -V n100-id1.tess -datacellcol id -print img1
neper -T -n 100 -domain "cylinder(2,4,500)"
neper -V n100-id1.tess -showedge "cyl==0" -datacellcol id -print img1
neper -T -n 1000 -domain "sphere(2,500)"
neper -V n1000-id1.tess -showedge "polynb>1" -datacellcol id -print img1
neper -T -n 100 -domain "cylinder(2,2,8)"
neper -V n100-id1.tess -datacellcol id -print img1
neper -T -n 100 -domain "sphere(2,40)"
neper -V n100-id1.tess -datacellcol id -print img1
4.
展開 二/三維晶粒建模軟件Neper的安裝及使用教程
安裝neper
官網下載neper，https://neper.info/
下載neper并雙擊解壓，然后進入neper下的src目錄：
cd /home/zhiyuan/neper-4.1.2/src
此時需要安裝最后一個依賴，否則neper編譯后運行測試文件報錯
sudo apt-get install mpich
在該目錄下創建一個build文件夾，并執行編譯：
mkdir build
cd build
cmake ..
然后接著運行以下安裝命令：
make
sudo make install
4. 全部安裝完成
然后運行以下命令進行測試
make test
測試通過后，新建立一個文件夾，用于存放neper運行后文件，
然后在該文件夾下運行終端，輸入以下命令生成一個.tess文件：
neper -T -n 100
使用以下命令將上述生成的文件可視化：
neper -V n100-id1.tess -datacellcol id -print image_1
（其中，n1000-id1.tess是上一步生成的晶體文件名，image_1是輸出圖片的文件名）
生成的圖片如下：
在neper工作目錄下運行終端，然后輸入neper可以查看其版本等信息
安裝過程中參考：https://geomatlab.com/neper-install/
所有參考帖子如有侵權，請聯系刪除。
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（4）make
（5）sudo make install
測試：
neper -T -n 100
neper -M n100-id1.tess -elttype hex
neper -V n100-id1.tess,n100-id1.msh -dataelsetcol id -print image
neper -M n100-id1.tess -elttype hex -format inp
最后分享一下我安裝的虛擬機（只裝有neper的純凈版虛擬機），該版本是neper的4.0.0版本，如果有同學需要直接拿來使用，可以直接下載解壓使用（如果鏈接失效，請私信），當然也可以用上述鏈接的一些安裝方法的參考自行安裝。
本人在虛擬機中安裝了neper，就是按照上述的一些方法安裝的，在mesh輸出inp文件的時候可能會提示“核心轉儲中止”，但是沒有影響我的使用，請謹慎選擇！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！
還有如果有同學需要damask和neper、ABAQUS等，請參考我的另一篇帖子——基于linux虛擬機的晶體塑性有限元計算平臺（已安裝damask和neper等）》
http://www.yqgqt.org.cn/content/post/1287159
【VMware】如何打開已有虛擬機：https://jingyan.baidu.com/article/6181c3e0c44ebd152ef15332.html
最后附上測試視頻：
neper測試.mp4
展開 二/三維晶粒建模軟件Neper功能及中文幫助文檔（可輔助使用）
前面帖子講述了如何安裝、使用neper及如何生成inp導入abaqus，那么想熟練地使用neper該如何辦呢，毫無疑問，任何軟件其最好的學習資料就是幫助文檔，下面附上neper的中文幫助文檔，可以中英對照著學習，更快、更準。
下面給出一些neper能做出的效果（官網www.neper.info）：
1 Generalities
$ neper -T -n 1000
$ neper -T -n 1000 -domain "cylinder(1,100)"
$ neper -T -n 1000 -domain "sphere(1,1000)"
gene_gene.rar
2 Tessellations from morphological properties
$ neper -T -n 1000 -morpho voronoi (or $ neper -T -n 1000)
$ neper -T -n 1000 -morpho graingrowth
$ neper -T -n 1000 -morpho "diameq:dirac(1),1-sphericity:lognormal(0.145,0.03)"
gene_morp.rar
3 Cell groups to represent phases
$ neper -T -n 1000 -group "id<=500?1:2" -o gene_grou_1
$ neper -T -n 1000 -group "vol>=0.001?
展開 
三維 voronoi 建模工具 neper 的實例和安裝
直觀感受 neper
在上面的命令中，沒有指定劃分網格的單元類型，默認采用的是四面體。執行下面的命令之后，就渲染出了 voronoi 模型的網格劃分效果圖。
命令：neper -V n100-id1.tess,n100-id1.msh -dataelsetcol id -print img
我們把劃分網格的命令增加一個參數：“-elttype hex”，代表采用六面體進行網格劃分。渲染后的效果見下圖。
生成的 .inp 文件
生成的 .inp 文件里面包含*Node *Element *Elset 關鍵字的信息。
neper 的安裝，使用 neper 最大的障礙
對 linux 系統不熟悉，阻礙了一部分人使用 neper，不懂得安裝 neper 讓大多數人用不了 neper。
下面做一個簡單介紹，如果想知道具體細節，還請聯系本人。
首先，準備 linux 系統，這是最簡單的一步。可以安裝虛擬機、如果是 win10 現在可以兼容類似原生系統的 linux 環境。后者優于前者，但這些方法都不是最好的。原因在于個人計算機性能有限，可能在使用 neper 的時候體驗更差了。最好的方式是購買云服務器，自動就搭建好了 linux 系統，而且根據你的性能需求可以隨時升級配置。使用最低配置，每月不到 50元，經濟實惠，方便好用。
當然，用云服務器還得學習使用 ssh 遠程登錄，SFTP 文件傳輸。這些雖然簡單，但是技能零碎，沒有人帶路還是比較棘手。
然后，做基礎準備。在 linux 系統安裝各種工具，比如：pip、gcc、cmake 等等。
開始可以安裝 neper 了。在linux 用 wget、pip、yum 來獲取安裝包和依賴包，不少人在這步就寸步難行了。接著，開始編譯 neper 。
展開 二/三維晶粒建模軟件Neper中生成inp文件后如何導入abaqus
上一個帖子將了建立三維晶粒的幾種方式，重點介紹了如何在neper中構件三維晶粒，本帖將對neper中生成晶粒后如何導入abaqus進行詳細講解，其實步驟并不麻煩，主要還是要熟悉neper幫助文檔，主要的步驟如下：
a. 直接打開neper的工作目錄neper-workfile，然后在此目錄下右鍵打開終端，
b. 生成一個自定義的晶粒模型，
neper -T -n 50 -domain "cube(100,60,30)" -morpho gg
c. 可視化晶粒
neper -V n50-id1.tess -datacellcol id -print img1
d. 網格劃分
1 自由網格劃分（后面指定格式后可以生成inp文件）
neper -M n50-id1.tess
（neper -M n50-id1.tess -format inp）
2 映射網格劃分（后面指定格式后可以生成inp文件）
neper -M n50-id1.tess -elttype hex
（neper -M n50-id1.tess -elttype hex -format inp）
注意：下面命令可以進行自由網格劃分并在界面添加cohesive單元
neper -M n50-id1.tess -interface cohesive -format inp
e.
展開 二/三維晶粒建模軟件neper幫助文檔學習3
接上一個帖子：二/三維晶粒建模軟件neper幫助文檔學習2
neper每個模塊下的例子命令
4、Visualization Module (-V)的例子
Below are some examples of use of neper -V.
1. Print out tessellation n10-id1.tess with cells colored from their identifiers and an image
size of 900 × 450 pixels.
$ neper -V n10-id1.tess -datacellcol id -imagesize 900:450 -print img
2. Print out tessellation n10-id1.tess with cells colored from crystal orientations and semi-
transparency.
$ neper -V n10-id1.tess -datacellcol ori -datacelltrs 0.5 -print img
3. Print out mesh n10-id1.msh with elements colored from scalar values written in file v and
a scale ranging from 0 to 100.
$ neper -V n10-id1.msh -dataeltcol "real:file(v)" -dataeltscale 0:100 \
-print img
4.
展開 基于開源軟件Neper建立梯度晶粒尺寸多晶模型
本文介紹了一種梯度晶粒尺寸的多晶體模型的建立方法，需結合開源軟件Neper（https://neper.info/）使用。
二、建模方法與結果
根據需求生成對應的種子點坐標文件，提供給neper軟件，即可生成梯度模型。
#強大的neper-三維voronoi泰森多邊形建立#
reprint link
Mailing lists
There are two mailing lists for Neper, which you may find useful to subscribe to:
neper-announce
: the “read-only” list for important news: new releases, bug fixes, etc. (low traffic, highly recommended!).
neper-users
: the “read-write” list for users. Please send all questions, bug reports, requests or any errors or omissions in this manual to this list.
展開 二/三維晶粒建模軟件neper幫助文檔學習4
關于neper每個模塊的詳細講解在幫助文檔的P11-P66，感興趣的大家可以詳細去研究下，在此不再做過多贅述，下面附上幫助文檔
neper4.1.2幫助文檔.rar
NEPER 轉abaqus幾何建模方法
Neper2CAE-master.zip
neper轉abaqus幾何建模代碼，#python
基于huang.for結合cohesive單元模擬晶粒之間的晶界開裂
此外，晶粒網格選擇了三角形單元，neper生成2維cohesive單元時似乎不支持四邊形單元劃分（<a href="https://github.com/neperfepx/neper/discussions/98" rel="noopener noreferrer" target="_blank">https://github.com/neperfepx/neper/discussions/98</a>），另外一個討論中（<a href="https://github.com/neperfepx/neper/discussions/481" rel="noopener noreferrer" target="_blank">https://github.com/neperfepx/neper/discussions/481</a>）作者說明了它不適用于六面體網格，但Neper2CAE似乎可以完成這項工作，感興趣的讀者可以自行查找。</p><p> 從neper導出inp文件后，需要對該inp文件進行一個簡單的前處理，為每一個晶粒建立單獨的材料并輸入材料參數，這部分工作可以參考Github上的工作Neper2Abaqus（<a href="https://github.com/smrg-uob/Neper2Abaqus?tab=readme-ov-file" rel="noopener noreferrer" target="_blank">https://github.com/smrg-uob/Neper2Abaqus?tab=readme-ov-file</a>）。
展開 Abaqus 泰森插件-voronoi 3D
Neper與voronoi 3D插件生成對比
最后在這里，筆者覺得有必要特別強調一下這個多相、雙相晶體模型。這也是此插件的一個優勢所在。事實上，Neper官方寫的可以生成多相、雙相晶體模型，但目前版本(v4.4.1) 的劃分是根據晶粒編號或者體積大小等區分相，Neper命令如下：neper -T -n 1000 -group "id<=500?1:2"。而采用voronoi 3D插件可以直接控制每相的體積分數，可以說是very nice 了。兩款軟件所生成的模型對比如圖5所示。
(a)Neper (b) voronoi 3D
圖5. 多相(雙相) 晶體模型
綜上所述，對于晶體塑性科研人員來說是這是相當不錯的一個Abaqus插件了。如果各位科研人員需要此插件，可以通過公眾號聯系我們。
公眾號:320科技工作室
展開 Abaqus 泰森插件-voronoi 3D
Neper與voronoi 3D插件生成對比
最后在這里，筆者覺得有必要特別強調一下這個多相、雙相晶體模型。這也是此插件的一個優勢所在。事實上，Neper官方寫的可以生成多相、雙相晶體模型，但目前版本(v4.4.1) 的劃分是根據晶粒編號或者體積大小等區分相，Neper命令如下：neper -T -n 1000 -group "id<=500?1:2"。而采用voronoi 3D插件可以直接控制每相的體積分數，可以說是very nice 了。兩款軟件所生成的模型對比如圖5所示。
(a)Neper (b) voronoi 3D
圖5. 多相(雙相) 晶體模型
綜上所述，對于晶體塑性科研人員來說是這是相當不錯的一個Abaqus插件了。如果各位科研人員需要此插件，可以通過公眾號聯系我們。
公眾號:320科技工作室
展開 二/三維晶粒建模軟件neper-如何快速上手？
幫助文檔 結合 官網例子 可以更快速掌握neper的使用
