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但這樣的調整可能會使E的振幅變小，最後導致穿透光能量的損耗。以下是一些具代表性的Jones Matrix，我們可以在OpticStudio的Help System中找到這些資訊。範例下方是一個將Jones Matrix表面作為1/4玻板(quarter wave plate)的案例。範例檔案可由文章頂端的連結下載。

當作者在澳洲Flinders大學教導視光學 (Optometry)時，時常要求學生以OpticStudio建構一組特殊的鏡片，達成夜間、槍械狙擊鏡、辦公環境或者是孩童友善等各式不同的使用目的。同時，非球面鏡參數和影像波前等數值也被列入評分的標準。