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假如我們將Jones Matrix當作x方向上的檢偏鏡(analyzer) (Areal = +1，其餘元素皆為0)，則只有x方向的偏振光可以順利通過，穿透率(Transmission)也因此減為原本的一半。注意: Analyze...Polarization中的所有分析功能均有Settings的選項，提供使用者直接輸入入射光的偏振態(tài)。

透射和反射全像的繞射波和穿透波的TE(橫向電場)的偏振電場可以用以下4個公式計算。注意，在這個理論中，能量被假設為只在入射波、零階（直射波）和一階繞射波之間交換。若要消除這個限制，需要嚴格耦合波分析理論。對於TM(橫向磁場)極化，我們可以簡單地將κ替換為κTM，如下所示，仍然使用前面的公式。