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這種方法的缺點是設(shè)計人員可能無法檢查整個系統(tǒng)的性能。例如，沒有辦法考慮所有繞射階數(shù)來檢查點擴展函數(shù)（PSF）。類似地，儘管可以追蹤“非有效”的順序光線，但沒有計算出繞射效率，因此沒有辦法知道雜散光路中的功率比。

在一個沒有鍍膜的光學(xué)面上，定義一條光線可以非常簡單：但是，現(xiàn)在讓我們思考另一個狀況：四分之一波長厚度的膜層 (我們另外設(shè)定一個0.25倍波長厚的物件，位於前述物件表面之上)。如果我們放大來檢視這個四分之一波長物件的話，我們會看到：現(xiàn)在，在這個圖中，我們有了幾個疑問：(1) 入射的光線交會於這個表面的 “哪裡”？(2) 光線在 “哪裡” 分裂的？(3) “哪一條” 光線是入射光？

注意，上圖中Jones Matrix表面並沒有曲率半徑(Radius)的欄位。如上一個小節(jié)所說，這種表面通常用在準(zhǔn)直光束垂直入射的情況，因此必須是一個平面。我們可以在下圖的分類數(shù)據(jù)報告(Prescription data)看到矩陣中的元素已被輸入鏡頭數(shù)據(jù)編輯器(Lens Data Editor)。在這個案例中，Jones Matrix被用來當(dāng)作x方向上的1/4玻板。

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我們在一個光學(xué)系統(tǒng)中有幾組透鏡元件，它們沿著光軸沿著預(yù)定義的軌跡移動，從而提供了光學(xué)系統(tǒng)最終焦距（變焦係數(shù)）的變化。在 Alvarez變焦鏡頭的情況下，我們有一對所謂的Alvarez鏡頭，這些鏡頭元件相互之間的橫向位移提供了光學(xué)系統(tǒng)焦距的變化。傳統(tǒng)變焦鏡頭與 Alvarez變焦鏡頭的主要區(qū)別在於，傳統(tǒng)系統(tǒng)鏡頭沿光軸運動，而Alvarez系統(tǒng)鏡頭則沿垂直於光軸的方向運動。